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Gromacs/Amber/NAMD
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legendcd7688
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Gromacs
]
top文件里的cgnr必须按顺序吗?
(2/1051)
吉米爱多
2014-11-21
2014-12-25 10:52:07
by
吉米爱多
[
Gromacs
]
[已完结]
有没有做胶体分子动力学的?可否赐教一下itp文件要怎么生成的?
(0/439)
白玉浴血
2014-12-25
2014-12-25 08:33:57
by
白玉浴血
[
Gromacs
]
[已完结]
真是跪求了,AmberTools里的MCPB
(评阅+1)
(1/819)
面条向上
2014-12-23
2014-12-24 21:49:44
by
面条向上
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
求助gromacs
(评阅+1)
(0/587)
XUEZEXU
2014-12-21
2014-12-21 21:24:41
by
XUEZEXU
[
Gromacs
]
[已完结]
控温中的时间参数
(评阅+1)
(0/545)
cyl001
2014-12-19
2014-12-19 16:39:08
by
cyl001
[
Gromacs
]
[已完结]
求助 PDB文件里面有一个乙酰化修饰的赖氨酸残基应该使用什么力场?
(0/599)
w306320951
2014-12-17
2014-12-17 20:49:21
by
w306320951
[
Gromacs
]
[已完结]
求助
(0/403)
也许以后
2014-12-17
2014-12-17 10:53:30
by
也许以后
[
Gromacs
]
[已完结]
动力学负载平衡
(评阅+1)
(0/223)
cyl001
2014-12-17
2014-12-17 10:06:35
by
cyl001
[
Gromacs
]
[已完结]
求大神指点
(2/355)
白玉浴血
2014-12-16
2014-12-16 14:12:49
by
白玉浴血
[
Gromacs
]
计算g_mmpbsa
(1/1312)
zhuimeng08
2014-10-15
2014-12-16 12:03:56
by
atmdd
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs把蛋白的二级结构跑散了怎么办
(评阅+1)
(3/796)
maggie凤
2014-12-10
2014-12-16 11:51:00
by
awaken2013
[
Gromacs
]
[已完结]
怎样使Gromacs得到的蛋白RMSF曲线更平滑一点
(0/587)
maggie凤
2014-12-15
2014-12-15 16:30:34
by
maggie凤
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs运行npt
(3/863)
明月照清渠
2014-12-12
2014-12-13 23:42:16
by
060622124
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs中NVE参数的设定
(0/599)
明月照清渠
2014-12-13
2014-12-13 16:07:15
by
明月照清渠
[
Gromacs
]
[已完结]
如何在VMD中将多个氨基酸连接起来
(4/1302)
YAYA_Z
2014-12-12
2014-12-13 08:51:07
by
YAYA_Z
[
Gromacs
]
[已完结]
如何调整体系在盒子中的位置
(0/1813)
水静花闲
2014-12-12
2014-12-12 09:42:09
by
水静花闲
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD热容(Specific Heat Capacity)分析 - 如何计算 NVE 体系下的热容?
(4/1264)
gn02530640
2014-12-10
2014-12-10 12:33:23
by
lsloneil
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs 4.5.5 以上版本的template 修改
(评阅+1)
(0/297)
yechao258
2014-12-08
2014-12-08 22:27:13
by
yechao258
[
Gromacs
]
gromacs 中rdf问题
(评阅+1)
(1/1695)
zhuxinzhe
2014-12-05
2014-12-05 15:30:19
by
声梦奇缘001
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs能否设定温降速率?
(评阅+1)
(1/339)
fish637
2014-10-21
2014-12-05 03:56:06
by
wbn
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs里rdf图里的纵坐标g(r)物理含义
(评阅+1)
(1/2642)
xwwjd
2014-09-19
2014-12-05 01:09:49
by
wbn
[
Gromacs
]
[已完结]
请问怎样得到碳纳米管的itp呢?
(评阅+1)
(8/1040)
白玉浴血
2014-12-03
2014-12-04 16:46:22
by
白玉浴血
[
Gromacs
]
[已完结]
用Amber计算结合自由能时py出现的cpptraj failed with prmtop com.prmtop!错误
(评阅+1)
(0/1082)
上官若轩
2014-12-04
2014-12-04 10:10:56
by
上官若轩
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs模拟中位置限制性模拟的问题!!
(1/1256)
zhangmao511
2014-11-25
2014-12-03 20:43:11
by
zhangmao511
[
Gromacs
]
请问这是什么情况?
(5/1229)
白玉浴血
2014-12-03
2014-12-03 18:25:59
by
syhorchid
[
Gromacs
]
[已完结]
求助GROMACS中周期性边界条件可以只取一個方向吗?
(评阅+1)
(3/690)
HSE06
2014-12-01
2014-12-03 08:48:23
by
lisuperyao
[
Gromacs
]
[已完结]
Tinker- xyzedit 无法归质心 跑动力学 小分子无法固定问题 期待解答
(评阅+1)
(0/514)
不落不落
2014-12-02
2014-12-02 21:10:35
by
不落不落
[
Gromacs
]
[已完结]
有关单个氨基酸分子的pdb文件
(评阅+1)
(1/983)
cyl001
2014-11-28
2014-12-02 06:38:05
by
wbf3ng
[
Gromacs
]
询问,这是什么情况?
(评阅+1)
(3/584)
christina1st
2014-11-29
2014-12-01 08:57:17
by
fangsteel
[
Gromacs
]
[已完结]
top 文件保存不起,什么原因
(评阅+1)
(4/828)
qiulinqiong
2014-11-27
2014-12-01 08:39:13
by
smutao
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD中给一个壁面施加一定的压力
(评阅+1)
(0/662)
syfct
2014-11-30
2014-11-30 18:14:09
by
syfct
[
Gromacs
]
[已完结]
求硫酸氢根pdb文件,送金币
(0/264)
阿七TANK
2014-11-28
2014-11-28 09:44:08
by
阿七TANK
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
求助
(0/211)
阿七TANK
2014-11-28
2014-11-28 09:30:11
by
阿七TANK
[
Gromacs
]
[已完结]
如何获取力场参数文件?
(4/2591)
jj2006
2011-09-08
2014-11-27 06:02:28
by
紫薇愿
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs跑复合物,能量最小化前用grompp处理输入文件时出现这种情况怎么办
(评阅+1)
(1/802)
YILUK
2014-11-25
2014-11-26 15:11:50
by
YILUK
[
Gromacs
]
[已完结]
大家做RESP是按照Amber软件教程A0还是用R.E.P软件来操作的?
(0/431)
wiggle
2014-11-25
2014-11-25 14:57:22
by
wiggle
[
Gromacs
]
【求助】重金求助:gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件
(评阅+1)
(8/2885)
liyang1533
2010-12-21
2014-11-22 14:44:33
by
白玉浴血
[
Gromacs
]
[已完结]
Windows 下进行NAMD模拟时如何使用多核计算或者是提高CPU使用率?
(1/1376)
gn02530640
2014-11-20
2014-11-22 14:40:17
by
wbf3ng
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs 运行GPU加速命令的问题
(评阅+1)
(3/2014)
zhangmao511
2014-11-19
2014-11-21 14:26:11
by
wangyq126
[
Gromacs
]
[已完结]
Ubuntu下安装FFTW3.3.4时候报错,求助!!
(2/1736)
zhangmao511
2014-11-17
2014-11-18 21:13:35
by
zhangmao511
[
Gromacs
]
[已完结]
用GPU做Heating时报错 amber14
(0/391)
whlei_0127
2014-11-18
2014-11-18 14:50:19
by
whlei_0127
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
[NAMD] 在立方盒子裡面插入多條多肽鏈
(2/341)
gn02530640
2014-08-29
2014-11-18 13:32:47
by
gn02530640
[
Gromacs
]
[已完结]
关于namd周期性边界的问题
(0/839)
syfct
2014-11-18
2014-11-18 11:13:10
by
syfct
[
Gromacs
]
[已完结]
g_rdf命令 能否对角度进行设置
(评阅+1)
(1/707)
十年磨练
2014-11-14
2014-11-17 09:48:21
by
十年磨练
[
Gromacs
]
[已完结]
膜蛋白模拟的2个问题(膜的选择)!!
(评阅+2)
(4/686)
zhangmao511
2014-11-12
2014-11-17 00:23:52
by
好好学习444
[
Gromacs
]
[已完结]
膜蛋白Gromacs模拟的问题
(评阅+1)
(5/1489)
zhangmao511
2014-11-07
2014-11-16 00:32:15
by
zhangmao511
[
Gromacs
]
[已完结]
patch的用法
(评阅+1)
(3/804)
916756502
2014-11-13
2014-11-14 08:49:14
by
916756502
[
Gromacs
]
[已完结]
运行速度慢
(2/651)
董露214314
2014-11-11
2014-11-12 10:20:40
by
董露214314
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
膜蛋白模拟,能量最小化无法收敛的问题!!
(评阅+1)
(1/981)
zhangmao511
2014-11-11
2014-11-12 09:06:36
by
zhangmao511
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs进行分子模拟时,pdb2gmx不认识小分子残基,怎么办,以及如何导入糖的力场
(8/3148)
zhzj2011
2014-08-20
2014-11-10 18:43:03
by
SunnyRain0.0
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs中的mdp文件的编译问题
(6/2061)
十年磨练
2014-11-06
2014-11-08 16:58:35
by
十年磨练
[
Gromacs
]
[已完结]
在进行NVT的时候生成许多step文件,一直出错,请大家多多指教
(4/1294)
水儿CoCo
2014-10-30
2014-11-08 10:22:48
by
水儿CoCo
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs膜蛋白添加水模拟的一个问题
(4/1620)
zhangmao511
2014-11-07
2014-11-07 14:53:22
by
zhangmao511
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
如何用 VMD 计算 rms displacement(均方位移) 和 torsion/dihedral distribution?
(0/1902)
gn02530640
2014-11-06
2014-11-06 08:09:10
by
gn02530640
[
Gromacs
]
[已完结]
急急急!!分子模拟作业求助!
(2/674)
代三个表
2014-11-05
2014-11-05 18:31:49
by
旺仔小馒头01
[
Gromacs
]
细胞膜模拟的几个教程
(评阅+2)
(10/1196)
好好学习444
2014-11-04
2014-11-05 07:36:13
by
阿Q~~
[
Gromacs
]
【求助】关于氢键络合物
(2/632)
sophia_999
2010-07-26
2014-11-05 05:42:24
by
binni
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs运行中如何取消在lincs中warning的最大限制
(
1
2
)
(10/2033)
fangsteel
2014-08-04
2014-11-03 05:55:04
by
水儿CoCo
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
求Gromacs4.6以上的详细安装教程
(0/454)
伍小贱
2014-11-01
2014-11-01 18:31:55
by
伍小贱
[
Gromacs
]
深圳地区Gromacs软件培训人员招聘
(2/433)
吉米爱多
2014-09-24
2014-10-31 19:00:36
by
吉米爱多
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs软件羟基力场问题
(评阅+1)
(1/737)
marson
2014-06-30
2014-10-31 09:38:25
by
mayun284122
[
Gromacs
]
[已完结]
用charmm软件setup时出错
(1/416)
568286346
2014-10-30
2014-10-30 20:47:45
by
earth
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
用AMBER的xleap为什么总提示第一个position illegal呢?求
(评阅+1)
(0/391)
兰溪清浅
2014-10-29
2014-10-29 22:24:45
by
兰溪清浅
[
Gromacs
]
[已完结]
怎么从cif文件中提取所需要的分子的pdb文件?
(1/3582)
小兵ai石头
2014-10-28
2014-10-29 11:26:43
by
小兵ai石头
[
Gromacs
]
[已完结]
动力学可以真空模拟吗?
(2/1805)
xzz1007
2014-10-21
2014-10-28 16:48:59
by
ktwyw
[
Gromacs
]
[已完结]
求单位换算
(评阅+1)
(5/875)
kjl3283
2014-10-18
2014-10-28 16:01:56
by
kjl3283
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
gromacs跑能量最小化后蛋白四分五裂了
(3/1003)
atmdd
2014-10-27
2014-10-27 20:05:21
by
atmdd
[
Gromacs
]
[已完结]
PDB文件中二硫键显示的问题
(0/1254)
lqq19890727
2014-10-27
2014-10-27 09:28:26
by
lqq19890727
[
Gromacs
]
【求助】manual 运行不了
(评阅+1)
(4/1257)
ptf1242
2010-10-02
2014-10-25 14:44:38
by
japmail
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
NAMD的conf文件,关于 NVE 和 NVT ensemble 的设定差别?
(0/1832)
gn02530640
2014-10-24
2014-10-24 22:51:07
by
gn02530640
[
Gromacs
]
[已完结]
gmx中可以同时使用显性和隐性溶剂吗
(1/729)
astringent
2012-04-13
2014-10-24 08:31:02
by
xxj9618
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs新手,md之后,为什么提不出来结构呢?
(2/586)
xzz1007
2014-10-23
2014-10-23 17:11:41
by
xzz1007
[
Gromacs
]
[已完结]
VMD的bond 随时间的变化tcl脚本
(4/1791)
xwwjd
2014-10-21
2014-10-22 15:11:27
by
xwwjd
[
Gromacs
]
[已完结]
请教GROMACS安装
(8/3050)
wang-yuan
2012-03-22
2014-10-22 08:09:10
by
Young_东方朔
[
Gromacs
]
[已完结]
新手学习 KALP15 in DPPC实例咨询
(1/1682)
好好学习444
2014-09-24
2014-10-21 23:56:57
by
好好学习444
[
Gromacs
]
[已完结]
求助:自由能的分解
(0/1242)
patent
2014-10-21
2014-10-21 23:56:40
by
patent
[
Gromacs
]
[已完结]
prodrg生成小分子不同文件时的问题
(3/1113)
fish637
2014-09-29
2014-10-20 15:41:04
by
wgz_tju
[
Gromacs
]
[已完结]
GMX动力学一直跑不起来,急求帮助!
(
1
2
)
(12/2127)
wungung
2014-10-14
2014-10-17 13:44:00
by
wungung
[
Gromacs
]
[已完结]
购买amber14版本的问题
(0/493)
lifeisall
2014-10-14
2014-10-14 16:53:42
by
lifeisall
[
Gromacs
]
[已完结]
关于vmd识别的二进制轨迹文件,如xtc或者dcd等等,具体的格式是怎么样的?谢谢
(2/4981)
fangsteel
2014-10-11
2014-10-14 09:53:05
by
fangsteel
[
Gromacs
]
[已完结]
Test particle insertion 分析tpi.xvg Gromacs
(0/403)
zxy964777869
2014-10-09
2014-10-09 22:11:52
by
zxy964777869
[
Gromacs
]
[已完结]
为什么我的Gromacs一提交就不走呢? 请教高人,盼回复!
(1/519)
wuyoung
2014-09-23
2014-10-09 16:40:54
by
声梦奇缘001
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
关于用Gromacs计算分子个数的问题
(2/1063)
wungung
2014-10-09
2014-10-09 14:09:28
by
wungung
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
请教:如何用Gromacs计算脂水分配系数
(评阅+1)
(4/698)
wungung
2014-10-08
2014-10-09 08:39:34
by
wungung
[
Gromacs
]
[已完结]
有人做氧化石墨烯的分子模拟不?
(1/897)
little_lion
2014-10-06
2014-10-08 21:50:25
by
luzihen
[
Gromacs
]
用apt-get的方法在一台计算机上安装gromacs可以正常使用吗?
(5/1002)
吉米爱多
2014-09-17
2014-10-08 15:42:01
by
吉米爱多
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
HREMD怎么分析数据?
(评阅+1)
(1/945)
agent99
2014-10-02
2014-10-07 02:05:00
by
agent99
[
Gromacs
]
[已完结]
求助,如何构建聚合物分子PDB文件?
(4/1538)
wo335979123
2014-10-03
2014-10-04 21:53:17
by
wo335979123
[
Gromacs
]
amber
(评阅+1)
(2/1076)
dxl20132009
2014-06-10
2014-10-03 21:18:58
by
muxiachuixue
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs 5.0 安装过程中遇到到问题
(7/1658)
mzlwait
2014-08-23
2014-09-28 16:23:38
by
木头007
[
Gromacs
]
[已完结]
求AMBER14
(0/467)
atmdd
2014-09-26
2014-09-26 11:31:16
by
atmdd
[
Gromacs
]
[已完结]
amber跑轨迹,可以选择性只输出某几个原子的坐标信息吗?
(0/601)
lifeisall
2014-09-24
2014-09-24 10:00:35
by
lifeisall
[
Gromacs
]
[已完结]
请教做MD计算时,蛋白质分子有一部分跑出水盒子
(9/5551)
jackyma
2011-08-04
2014-09-23 11:29:47
by
mr_eleven
[
Gromacs
]
[已完结]
求助:gromacs进行能量最小化时二聚体中单体间的连接键断开
(1/545)
水月笼沙
2014-09-22
2014-09-23 09:05:00
by
水月笼沙
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
gromacs安装出错
(0/1005)
conperint
2014-09-22
2014-09-22 19:13:19
by
conperint
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能
(
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2
)
(12/3281)
邓芳
2013-01-04
2014-09-22 07:56:32
by
混世小子
[
Gromacs
]
【求助】求GROMACS模拟表面活性剂在油水表面的行为的例子
(模拟EPI+1)
(7/2297)
shengxiang
2010-03-09
2014-09-21 18:32:38
by
aky12
[
Gromacs
]
[已完结]
用gromacs进行npt体系md动力学模拟,如何得到过程中吉布斯自由能变化及焓变?
(0/895)
蠢蠢欲动
2014-09-21
2014-09-21 11:29:45
by
蠢蠢欲动
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