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白玉浴血

木虫 (正式写手)

[求助] 请问怎样得到碳纳米管的itp呢? 已有1人参与

请问怎样得到碳纳米管的itp呢?而且由MS直接转化而来的pdb文件可以作为初始构型进行分子动力学计算吗?
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
白玉浴血: 金币+5, 有帮助 2014-12-04 09:46:19
abinitio: 金币+1, 鼓励交流 2014-12-04 21:10:00
碳纳米管的.itp文件可以通过自己手动来处理。格式可以参考手册上的。还有一种就是通过prodg这个页面软件生成。如果你的碳管是固定的话,那么MS生成的就可以使用
只做不说,明知没地位,坚信有机会
2楼2014-12-03 22:24:59
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白玉浴血

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2014-12-03 22:24:59
碳纳米管的.itp文件可以通过自己手动来处理。格式可以参考手册上的。还有一种就是通过prodg这个页面软件生成。如果你的碳管是固定的话,那么MS生成的就可以使用

你能告诉我,自己写itp时的二面角、电荷等这些参数是根据什么来写的呢
3楼2014-12-04 09:46:05
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

那个你的碳管如果是固定的话就不要考虑这些。这个取决你的体系。如果硬要写的话,可能需要参考文献吧!
只做不说,明知没地位,坚信有机会
4楼2014-12-04 11:27:38
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白玉浴血

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2014-12-04 11:27:38
那个你的碳管如果是固定的话就不要考虑这些。这个取决你的体系。如果硬要写的话,可能需要参考文献吧!

如果固定,那么我的itp应该有什么内容呢?该怎么编写呢
5楼2014-12-04 15:00:20
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 白玉浴血 at 2014-12-04 15:00:20
如果固定,那么我的itp应该有什么内容呢?该怎么编写呢...

按照力场文中的itp写,只写atom项就可以了

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只做不说,明知没地位,坚信有机会
6楼2014-12-04 15:12:30
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白玉浴血

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2014-12-04 15:12:30
按照力场文中的itp写,只写atom项就可以了
...

那残基项还有cgnr和电荷这怎么写呢
7楼2014-12-04 15:23:19
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 白玉浴血 at 2014-12-04 15:23:19
那残基项还有cgnr和电荷这怎么写呢...

手册你看了吗?

[ 发自小木虫客户端 ]
只做不说,明知没地位,坚信有机会
8楼2014-12-04 15:59:28
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白玉浴血

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2014-12-04 15:59:28
手册你看了吗?
...

看啦
9楼2014-12-04 16:46:22
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