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zxy964777869铜虫 (正式写手)
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如何用MS的纳米管坐标转到gromacs可识别的文件
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1、如何将MS的纳米管坐标转换到gromacs可识别的gro文件，以及怎样产生相应的gromacs力场文件？用PRODRG2转换的话，上传什么样格式的坐标呢？ 2、在构建模型方面，若考虑纳米管输运的话，被输运气体或分子应如何放置在纳米管的两个开口端，尽量在管腔内无输运物分子的存在，此处不知可否调大碳原子的范德华半径来实现。 3、纳米管输运用gromacs的哪种力场描述最好。charmm or amber or gromacs? 本虫新手，问题可能描述的不是很清楚，还望见谅。 以上3个问题回答若中肯，各悬赏5个金币。 谢谢 |
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【答案】应助回帖
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zxy964777869: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回答，问题已解决。 2012-05-07 22:12:37
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-08 08:04:45
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zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-08 08:04:45
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问题1： 干嘛要转换成gro 啊？MS 可以输出PDB就行了，gromacs那么博爱，pdb就能直接读入的。力场文件，你是说itp 文件吗？你可以根据相应的参考文件，获取相应的数据，然后自己写个小程序就能实现了。 问题2：不了解，找找相关文献吧，这方面的文献应该挺多的。 问题3：还是看文献，找引用率高的文章，看看人家用什么呗 祝好运！ |
2楼2012-05-07 15:37:33
shengxiang
木虫 (著名写手)
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3楼2012-05-07 15:46:05
zxy964777869
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由于对gromacs的学习刚刚上手，不太清楚立场参数如何调用以及计算执行的流程。比如有的文献上说纳米管用CHARMM22力场，碳原子类型为CA型，这个时候是不是就不用再指定力场参数了？4楼2012-05-07 22:17:43
zxy964777869
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zxy964777869
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再问一个问题，我在网上查到用g_x2top生成纳米管pdb文件的top文件，选用ffgmx2力场，碳原子定义为Cx类型，链接：http://apps.hi.baidu.com/share/detail/31674146 ：请问它定义那个n2t文件的作用是什么？ 那能不能直接在pdb文件中将碳原子定义为Cx类型，然后再在力场那个文件(nb.itp和b.itp)中添加Cx原子类型以及键参数？ 谢谢，麻烦你了! |
7楼2012-05-08 09:33:18
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chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-05-08 13:11:40
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-05-08 13:11:40
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g_x2top 工具我没有用过，抱歉，n2t文件的作用我也不知道。 建议你先仔细看看手册对这个命令的讲解，手册是最好的指导教程。 我用过pdb2gmx，你也可以试试 pdb中可以修改碳原子的名字和类型，使用vmd 很简单就可以： set sel [atomselect top "这些选择你需要修改的碳原子"] $sel set name Cx $sel set type Cx $all writepdb ok.pdb 最后这个命令时保存修改过的PDB 力场文件中你的有碳纳米管的定义 不管是 nb.itp还是b.itp ，哪个里面有定义碳纳米管，就对应的修改就行了。 |
8楼2012-05-08 09:46:56