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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » grompp无法识别原子类型
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

[求助] grompp无法识别原子类型

本人在学习溶菌酶的gromacs教程的时候，在运行grompp的时候出现了无法识别原子类型的问题，在网上进行搜索之后，发现有相关的解决办法，就是直接定义原子类型，但是还是不行，请问虫虫们市怎么解决这样的问题的啊？


Program grompp, VERSION 4.0.7
Source code file: ../../../../src/kernel/toppush.c, line: 1643

Fatal error:
No such moleculetype NA
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1楼2012-04-29 11:47:01
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, thank you 2012-04-29 14:15:29
这个问题好解决，
你仔细看看你所选用的力场，
“No such moleculetype NA ” 没有这种分子类型，看看你的 top  文件中有没有把这种分子加进去？
在你的力场中有没有这种分子的定义？
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2楼2012-04-29 12:06:38
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-04-29 12:06:38:
这个问题好解决，
你仔细看看你所选用的力场，
“No such moleculetype NA ” 没有这种分子类型，看看你的 top  文件中有没有把这种分子加进去？
在你的力场中有没有这种分子的定义？

我的文件有三个topol.top，#topol.top.1，#topol.top.2#，其中一个命名位topol.top的文件市增加了，其他的没有，我用的力场是opls力场，里面定义了NA了
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3楼2012-04-29 12:45:37
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, thank you 2012-04-29 15:00:54
wuhaigang: 金币+2, ★有帮助 2012-04-29 15:31:59
在你的topol.top文件里面有没有把定义NA的参数引用进去？
就是有没有把参数 #include    ？？
如果力场中有此分子定义，且正确引用，这个问题就解决了！
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4楼2012-04-29 14:57:19
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-04-29 14:57:19:
在你的topol.top文件里面有没有把定义NA的参数引用进去？
就是有没有把参数 #include    ？？
如果力场中有此分子定义，且正确引用，这个问题就解决了！

我解决了，是我安装的问题。呵呵 谢谢了
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5楼2012-04-29 15:32:25
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tianyueli

金虫 (小有名气)
我也出现了同样的问题
Program grompp_mpi, VERSION 4.0.5
Source code file: toppush.c, line: 1641

Fatal error:
No such moleculetype NA
不知楼主是怎样解决的？
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6楼2012-12-05 10:44:37
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫
引用回帖:
6楼: Originally posted by tianyueli at 2012-12-05 10:44:37
我也出现了同样的问题
Program grompp_mpi, VERSION 4.0.5
Source code file: toppush.c, line: 1641

Fatal error:
No such moleculetype NA
不知楼主是怎样解决的？

如果其他方法试过了没用，就重新装一遍就行了，我觉得是安装未完全的原因
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7楼2012-12-07 10:16:30
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tianyueli

金虫 (小有名气)
嗯，谢谢楼主，我再试试看吧！
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8楼2012-12-07 20:42:58
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