| 查看: 2041 | 回复: 7 | ||
[求助]
AMBER原子类型怎么修改？
|
| 请教高手，AMBER里面原子类型修改的问题，如果我的小分子不在AMBER自带的力场内，那小分子原子类型改成什么才能让AMBER 识别呢？还有我跑了一圈Sand,怎么确定是正常结束的呢？ |
回复此楼» 猜你喜欢
国自科送审了吗
已经有7人回复
-
收到国自然专家邀请后几年才会有本子送过来评
已经有5人回复
-
研究生做的很差，你们会让毕业吗？
已经有6人回复
-
26年博士申请自荐-电催化
已经有5人回复
-
2026博士或科研助理转27年博士
已经有5人回复
-
夜，静悄悄的
已经有4人回复
-
考博
已经有6人回复
-
一篇MDPI论文改变了学习工作和生活
已经有5人回复
-
26年申博自荐-计算机视觉
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- GROMACS 小分子top文件
已经有9人回复
- 把一个pdb的蛋白质复合物 保存成prmtop 和inpcrd 文件
已经有3人回复
- 三个原子之间的势能面扫描怎么做？
已经有5人回复
- amber中硅原子键参数如何获取？
已经有8人回复
- 请教有机分子中O原子和H原子电荷数怎么计算，O-H键键级怎么计算！谢谢！
已经有4人回复
- 模型中的原子怎么可以单独复制出来，作为示例原子以标注其名称
已经有7人回复
- 【求助】CHEM3D中不识别原子类型。
已经有8人回复
- 【绘图】悬赏：怎么用Gauss View 定位配合物的中心原子
已经有5人回复
sinokang
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 23515.4
- 散金: 167
- 红花: 4
- 帖子: 4196
- 在线: 244.2小时
- 虫号: 771160
- 注册: 2009-05-15
- 专业: 合成药物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
903566945: 金币+20, 1 2012-04-20 09:17:02
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-20 15:58:44
感谢参与，应助指数 +1
903566945: 金币+20, 1 2012-04-20 09:17:02
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-20 15:58:44
| 小分子需要使用Antechamber处理，具体看教程http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/ |
2楼2012-04-19 16:48:04
wangyan10
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 36 (小学生)
- 金币: 8228.5
- 散金: 118
- 红花: 4
- 帖子: 372
- 在线: 255.5小时
- 虫号: 1089510
- 注册: 2010-09-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2012-04-20 09:05:30
4楼2012-04-20 09:18:32
5楼2012-04-20 09:20:39
sinokang
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 23515.4
- 散金: 167
- 红花: 4
- 帖子: 4196
- 在线: 244.2小时
- 虫号: 771160
- 注册: 2009-05-15
- 专业: 合成药物化学
6楼2012-04-20 14:00:31
7楼2012-04-20 16:03:41
8楼2012-09-12 09:22:34