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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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903566945

金虫 (正式写手)

[求助] AMBER原子类型怎么修改？

请教高手，AMBER里面原子类型修改的问题，如果我的小分子不在AMBER自带的力场内，那小分子原子类型改成什么才能让AMBER 识别呢？还有我跑了一圈Sand,怎么确定是正常结束的呢？
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1楼 2012-04-17 20:38:21
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sinokang

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
903566945: 金币+20, 1 2012-04-20 09:17:02
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-20 15:58:44
小分子需要使用Antechamber处理，具体看教程http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/
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2楼2012-04-19 16:48:04
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-20 15:58:54
跑一圈SANDER是什么意思呢？用AMBER进行动力学模拟，查看结果直接看out文件就行，那里面应该有你想要的信息，比如这个动力学是否正常结束等。
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努力的生活着
3楼2012-04-20 09:05:30
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903566945

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangyan10 at 2012-04-20 09:05:30:
跑一圈SANDER是什么意思呢？用AMBER进行动力学模拟，查看结果直接看out文件就行，那里面应该有你想要的信息，比如这个动力学是否正常结束等。

按照教程跑了一次SANDER，但是不知道模拟有没有出错，out文件里也没有说正常结束啊。
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4楼2012-04-20 09:18:32
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903566945

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sinokang at 2012-04-19 16:48:04:
小分子需要使用Antechamber处理，具体看教程http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/

我的小分子，不在它自带的力场参数里，所以只有手动改原子类型让AMBER识别，比如C我可以改成C2类型的，但是N、O、H等，我要改成什么类型的，你知道吗？
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5楼2012-04-20 09:20:39
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sinokang

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-20 15:59:11
引用回帖:
5楼: Originally posted by 903566945 at 2012-04-20 09:20:39:
我的小分子，不在它自带的力场参数里，所以只有手动改原子类型让AMBER识别，比如C我可以改成C2类型的，但是N、O、H等，我要改成什么类型的，你知道吗？

C有很多不同的类型，都改成C2显然是不对的
Amber已经提供了生成小分子的参数的工具Antechamber，教程上面很详细，自己好好看看
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6楼2012-04-20 14:00:31
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903566945

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by sinokang at 2012-04-20 14:00:31:
C有很多不同的类型，都改成C2显然是不对的
Amber已经提供了生成小分子的参数的工具Antechamber，教程上面很详细，自己好好看看

教程看多很多遍了，也实验了很多次，每次都是a=loadpdb xx.pdb那一步出错，用a=loadmol2 xx.mol2也试过了，出错
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7楼2012-04-20 16:03:41
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youyouzio

银虫 (初入文坛)
不知道解决了没有，你用这个试试，我用的这个
a=loadpdb xx.mol2
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8楼2012-09-12 09:22:34
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