应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » GROMACS 小分子top文件
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
101/1返回列表
查看: 4189  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zhangfan2192

金虫 (著名写手)

[求助] GROMACS 小分子top文件

刚装好了gromacs，想找个小分子练练手，可是在准备top文件时卡住了，希望高手给点提示。遇到的问题如下：

我尝试的小分子是：HO-CH2-CH2-NH2(MEA)，按照网上的方法在PROGRG网站上画好分子式，生成了一系列文件。然后下载了其中的itp文件并命名为MEA.itp,复制坐标文件为MEA.gro,并手动写了MEA.top文件内容如下：
; Include forcefield parameters
#include "amber03.ff/forcefield.itp"
#include "MEA.itp"

[ system ]
MEA test

[ molecules ]
MEA   1

MEA.gro 文件如下：
PRODRG COORDS
   12
    1DRG  OAB      1  -1.377   1.841  -4.876
    1DRG  HAB      2  -1.396   1.828  -4.974
    1DRG  CAD      3  -1.497   1.879  -4.809
    1DRG  HAE      4  -1.572   1.801  -4.821
    1DRG  HAF      5  -1.528   1.976  -4.847
    1DRG  CAC      6  -1.466   1.898  -4.660
    1DRG  HAC      7  -1.435   1.801  -4.622
    1DRG  HAD      8  -1.391   1.976  -4.649
    1DRG  NAA      9  -1.587   1.937  -4.587
    1DRG  HAG     10  -1.621   2.024  -4.622
    1DRG  HAH     11  -1.564   1.949  -4.490
    1DRG  HAA     12  -1.657   1.867  -4.597
   0.63400   0.63400   0.63400

当我提交grompp命令时，报错如下：
Fatal error:
Atomtype OA not found

本人新手，不晓得怎么回事，是不是从PRODRG网站上面转化的top文件还需要做些修改？希望知道的不吝赐教，另我用的GROMACS是下的最新版本的。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
相逢是缘！
1楼 2012-03-21 23:11:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

saabx

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-22 19:26:12
zhangfan2192: 金币+2, ★有帮助 2012-03-25 09:44:52
itp文件是不是和gro文件对应的？
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-03-22 18:15:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfan2192

金虫 (著名写手)
★
zh1987hs: 金币+1, 鼓励交流 2012-03-22 22:48:17
引用回帖:
2楼: Originally posted by saabx at 2012-03-22 18:15:25:
itp文件是不是和gro文件对应的？

itp文件和gro文件都是从PRODRG生成的
赞一下 回复此楼
相逢是缘！
3楼2012-03-22 22:08:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ti_pn

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-23 09:04:49
zhangfan2192: 金币+2, ★有帮助 2012-03-25 09:45:13
你查看一下Gromacs安装目录下的力场文件（我不知道你用的是什么力场），看那里有没有定义OA这么一种原子类型，没有的话，你要加上（当然，你需要把相对应的作用参数也加上，不然这个原子可以认为是不存在的），或把你生成的itp与gro的原子类型一处改为场文件相同。
赞一下 回复此楼
4楼2012-03-23 09:02:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfan2192

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ti_pn at 2012-03-23 09:02:14:
你查看一下Gromacs安装目录下的力场文件（我不知道你用的是什么力场），看那里有没有定义OA这么一种原子类型，没有的话，你要加上（当然，你需要把相对应的作用参数也加上，不然这个原子可以认为是不存在的），或 ...

多谢你的提醒，如果有时间的话，你能以MEA分子为例（就是建立MEA溶液的模型以及相关密度的计算优化），把其在gromacs中计算的详细步骤写出来吗？非常感谢！
赞一下 回复此楼
相逢是缘！
5楼2012-03-25 09:47:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小仆人

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我认为 你的itp 文件是个错误文件，给你个itp 文件的模板看一看
[ moleculetype ]
; molname       nrexcl
UREA             3

[ atoms ]
     1  C             1  UREA     C1      1     0.880229  12.01000       ; amber C  type
     2  O             1  UREA     O2      2    -0.613359  16.00000       ; amber O  type
     3  N2            1  UREA     N3      3    -0.923545  14.01000       ; amber N  type
     4  H2            1  UREA     H4      4     0.395055   1.00800       ; amber H  type
     5  H2            1  UREA     H5      5     0.395055   1.00800       ; amber H  type
     6  N2            1  UREA     N6      6    -0.923545  14.01000       ; amber N  type
     7  H2            1  UREA     H7      7     0.395055   1.00800       ; amber H  type
     8  H2            1  UREA     H8      8     0.395055   1.00800       ; amber H  type
赞一下 回复此楼
Jesus shall take the highest honor
6楼2013-10-04 04:22:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小仆人

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你的itp完全就不是itp， 是个gro
赞一下 回复此楼
Jesus shall take the highest honor
7楼2013-10-04 04:23:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

这itp怎么这么简单，都没写键长键角参数啊，原子类型也没定义
赞一下 回复此楼
gromacs
8楼2013-10-10 22:11:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵昕0326

新虫 (初入文坛)
楼主您好，我在学习NAMD，但是在准备氯仿的top文件时遇到了问题，一些参数没有 ，请问该怎么办?谢谢楼主
赞一下 回复此楼
9楼2016-08-21 22:32:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xianglei1118

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ti_pn at 2012-03-23 09:02:14
你查看一下Gromacs安装目录下的力场文件（我不知道你用的是什么力场），看那里有没有定义OA这么一种原子类型，没有的话，你要加上（当然，你需要把相对应的作用参数也加上，不然这个原子可以认为是不存在的），或把 ...

请问一下怎么获得给itp文件中加入新内容的权限？
赞一下 回复此楼
10楼2016-11-03 10:25:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhangfan2192 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085602调剂 初试总分335 +9 19123253302 2026-04-05 9/450 2026-04-06 06:14 by houyaoxu
[考研] 294求调剂 +4 Grey_Ey 2026-04-01 5/250 2026-04-05 23:05 by Grey_Ey
[考研] 材料专硕322分 +10 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-04 10/500 2026-04-05 21:22 by 学员8dgXkO
[考研] 348求调剂 +3 车厘子zzz 2026-04-05 3/150 2026-04-05 20:30 by 啵啵啵0119
[考研] 326求调剂 +3 顾若浮生 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:32 by 蓝云思雨
[考研] 080200学硕，机械工程专业277分，求带走！ +7 瓶子PZ 2026-03-31 7/350 2026-04-05 17:49 by liucky
[考研] 318求调剂 +11 ykyhsa 2026-04-05 13/650 2026-04-05 12:44 by aidndnjck
[考研] 求调剂 +4 wos666 2026-04-03 4/200 2026-04-05 11:48 by arrow8852
[考研] 能动调剂326专硕 +4 wan112233 2026-04-04 4/200 2026-04-04 22:47 by yu221
[考研] 怎么删帖子啊 +3 缝曦1000 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:20 by 土木硕士招生
[考研] 材料295 +13 小英11 2026-04-03 14/700 2026-04-04 09:02 by 来看流星雨10
[考研] 301求调剂 +14 A_JiXing 2026-04-01 14/700 2026-04-03 18:31 by ls刘帅
[考研] 285求调剂 +5 AZMK 2026-04-03 8/400 2026-04-03 18:17 by AZMK
[考研] 专硕085601求调剂 +7 suyifei 2026-04-03 8/400 2026-04-03 14:00 by 欣喜777
[考研] 285求调剂 +6 FZAC123 2026-03-30 6/300 2026-04-03 12:22 by xingguangj
[考研] 一志愿山东大学化学与化工学院材料与化工专硕，360分求调剂 +4 不愿透露姓名的� 2026-04-02 4/200 2026-04-03 09:29 by 遗忘消失的灆
[考研] 348求调剂 +11 zzzzyk123 2026-04-01 11/550 2026-04-02 16:52 by Wang200018
[考研] 食品学硕362求调剂 +3 xuanxianxian 2026-04-01 3/150 2026-04-01 21:05 by 啊李999
[考研] 求调剂：一志愿：南京大学 专业：0705 总分320 ，本科985，四六级已过 +3 lfy760306 2026-03-31 3/150 2026-04-01 01:57 by Creta
[考研] 293求调剂 +3 末未mm 2026-03-30 5/250 2026-03-30 17:23 by 王保杰33
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭