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zhangfan2192

金虫 (著名写手)

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[求助] GROMACS 小分子top文件

刚装好了gromacs，想找个小分子练练手，可是在准备top文件时卡住了，希望高手给点提示。遇到的问题如下：

我尝试的小分子是：HO-CH2-CH2-NH2(MEA)，按照网上的方法在PROGRG网站上画好分子式，生成了一系列文件。然后下载了其中的itp文件并命名为MEA.itp,复制坐标文件为MEA.gro,并手动写了MEA.top文件内容如下：
; Include forcefield parameters
#include "amber03.ff/forcefield.itp"
#include "MEA.itp"

[ system ]
MEA test

[ molecules ]
MEA 1

MEA.gro 文件如下：
PRODRG COORDS
12
1DRG  OAB    1  -1.377 1.841  -4.876
1DRG  HAB    2  -1.396 1.828  -4.974
1DRG  CAD    3  -1.497 1.879  -4.809
1DRG  HAE    4  -1.572 1.801  -4.821
1DRG  HAF    5  -1.528 1.976  -4.847
1DRG  CAC    6  -1.466 1.898  -4.660
1DRG  HAC    7  -1.435 1.801  -4.622
1DRG  HAD    8  -1.391 1.976  -4.649
1DRG  NAA    9  -1.587 1.937  -4.587
1DRG  HAG    10  -1.621 2.024  -4.622
1DRG  HAH    11  -1.564 1.949  -4.490
1DRG  HAA    12  -1.657 1.867  -4.597
0.63400 0.63400 0.63400

当我提交grompp命令时，报错如下：
Fatal error:
Atomtype OA not found

本人新手，不晓得怎么回事，是不是从PRODRG网站上面转化的top文件还需要做些修改？希望知道的不吝赐教，另我用的GROMACS是下的最新版本的。

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相逢是缘！

1楼2012-03-21 23:11:20

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小仆人

新虫 (初入文坛)

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专业: 原子和分子物理

【答案】应助回帖

我认为你的itp 文件是个错误文件，给你个itp 文件的模板看一看
[ moleculetype ]
; molname    nrexcl
UREA          3

[ atoms ]
   1  C          1  UREA    C1    1    0.880229  12.01000    ; amber C  type
   2  O          1  UREA    O2    2 -0.613359  16.00000    ; amber O  type
   3  N2          1  UREA    N3    3 -0.923545  14.01000    ; amber N  type
   4  H2          1  UREA    H4    4    0.395055 1.00800    ; amber H  type
   5  H2          1  UREA    H5    5    0.395055 1.00800    ; amber H  type
   6  N2          1  UREA    N6    6 -0.923545  14.01000    ; amber N  type
   7  H2          1  UREA    H7    7    0.395055 1.00800    ; amber H  type
   8  H2          1  UREA    H8    8    0.395055 1.00800    ; amber H  type