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[交流]
【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
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[root@xiaojianhui xiaojianhui]# cd xiao/ [root@xiaojianhui xiao]# cd gromacs-4.5.3.tar.gz bash: cd: gromacs-4.5.3.tar.gz: 不是目录 [root@xiaojianhui xiao]# cd gromacs-4.5.3 [root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]# ./configure checking build system type... i686-pc-linux-gnu checking host system type... i686-pc-linux-gnu checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c checking whether build environment is sane... yes checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p checking for gawk... gawk checking whether make sets $(MAKE)... yes checking how to create a ustar tar archive... gnutar checking for cc... no checking for icc... no checking for xlc... no checking for gcc... no configure: error: in `/home/xiaojianhui/xiao/gromacs-4.5.3': configure: error: no acceptable C compiler found in $PATH See `config.log' for more details. [root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]# make make: *** 没有指明目标并且找不到 makefile。 停止。 [root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]# |
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xiao_2008(金币+1):谢谢参与
xiao_2008(金币+10): 谢谢 2011-01-21 09:51:18
ghcacj(金币+10): 谢谢 2011-01-23 15:43:52
xiao_2008(金币+1):谢谢参与
xiao_2008(金币+10): 谢谢 2011-01-21 09:51:18
ghcacj(金币+10): 谢谢 2011-01-23 15:43:52
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root@xiaojianhui xiaojianhui]# cd xiao/ [root@xiaojianhui xiao]# cd gromacs-4.5.3.tar.gz #tar -zxvf gromacs-4.5.3.tar.gz bash: cd: gromacs-4.5.3.tar.gz: 不是目录 [root@xiaojianhui xiao]# cd gromacs-4.5.3 [root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]# ./configure ./configure ... 将编译器等等信息加上. checking build system type... i686-pc-linux-gnu checking host system type... i686-pc-linux-gnu checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c checking whether build environment is sane... yes checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p checking for gawk... gawk checking whether make sets $(MAKE)... yes checking how to create a ustar tar archive... gnutar checking for cc... no checking for icc... no checking for xlc... no checking for gcc... no 你cc, icc xlc, gcc都没有..... configure: error: in `/home/xiaojianhui/xiao/gromacs-4.5.3': configure: error: no acceptable C compiler found in $PATH 提醒你了.... See `config.log' for more details. [root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]# make configure都没有通过, make什么呢? make: *** 没有指明目标并且找不到 makefile。 停止。 [root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]# 请参阅 http://www.gromacs.org/Downloads ... s?highlight=install Gromacs的安装非常方便, 但是不代表如果你什么功课都没有做就能成功编译. |
2楼2011-01-21 00:56:30
4楼2011-01-21 08:43:36
5楼2011-01-21 09:53:18
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xiao_2008(金币+1):谢谢参与
xiao_2008(金币+3): 谢谢 2011-01-21 11:49:28
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-01-23 15:44:07
xiao_2008(金币+1):谢谢参与
xiao_2008(金币+3): 谢谢 2011-01-21 11:49:28
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-01-23 15:44:07
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6楼2011-01-21 10:53:15
7楼2011-01-21 11:31:47
8楼2011-02-16 13:50:36
附GROMACS安装手册
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zh1987hs(金币+5): 谢谢 2011-02-18 22:49:30
zh1987hs(金币+5): 谢谢 2011-02-18 22:49:30
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gromacs安装 2010-03-22 17:28 http://www.gromacs.org/gromacs/i ... n-instructions.html 1、下载fftw http://www.fftw.org/download.html 2、下载gromacs http://www.gromacs.org/gromacs/downloads/source-code.html 使用root权限 3、安装fftw #tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz #tar -zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz #cd fftw-3.1.2 #./configure --enable-float #make #make install 4、安装gromacs #cd ../gromacs-3.3.1/ ./configure make make install 默认的是把程序安装到了/usr/local/gromacs/目录下。 ( 默认的是把程序安装到了/usr/local/gromacs/目录下。 编辑主目录下的.bash_profile文件，在其中加入下面的一行： export PATH=/usr/local/gromacs/i686-pc-linux-gnu/bin:$PATH 保存退出后，运行 source .bash_profile(或者是 .bashrc)让PATH路径生效。参考online的tutorial运行/usr/local/gromacs/share/tutor目录下的教程其中以root帐号登陆安装，这很重要，否则没有权限哈。 ) 由于是使用默认安装. #export CPPFLAGS=-I/usr/local/include (#export CPPFLAGS=-I/home/joe/fftw/include) #export LDFLAGS=-L/usr/local/lib (#export LDFLAGS=-L/home/joe/fftw/lib) #./configure --with-fft=fftw3 (#./configure --with-fft=fftw2 #如果是老版的fftw的话) #make #make install #make links #这样可以直接使用命令 #luck #用这个测试安装是否成功,会很幽默的返回名言 ( 当前我用的安装过程如下 1.Linux下root登陆 2.下载fftw3-3.0.1-4.i386.rpm和gromacs-3.3-1.i386.rpm两个软件 3.安装此软件 命令是 #rpm -ive fftw3-3.0.1-4.i386.rpm #rpm -ive gromacs-3.3-1.i386.rpm 4.这样两个软件就已经安装成功另外，在官方网站（www.gromacs.org）的安装说明中也提到了讲tutor文件夹复制到用户新的文件夹。（在摸索这一步过程中吃了很多苦头，我不知道上面提到的安装中是不是编辑文件就可以达到这一步，我是linux和gromacs双重菜鸟，当然不会编辑bash文件了）我的方法是下载gromacs-3.3.1.tar.gz之后解压缩，然后在/share下找到tutor文件夹，将其copy出来到新的文件夹。这个文件夹中有几个gromacs自带的算例，对程序的上手很有帮助. 5.运行#luck 然后可以看到诸如 "Jesus Can't Save You, Though It's Nice to Think He Tried" (Black Crowes)或者"Beat On the Brat With a Baseball Bat" (The Ramones)之类的语句，证明你的安装成功了！ 6.按照网上提到的安装说明，gromacs是被安装在了/usr/local/gromcas下。而在我提到的安装后，gromacs被安装在了/usr/bin之下安装成功，其实，关于gromacs的安装和使用，还是应该多看官方网站的tutor，毕竟这是一个free software，所以他的tutor是相当详尽的。因为这是一个free software 所以，需要大家一起努力为了gromacs更广泛的应用努力。 ) gromacs的文件类型 常用的gromacs文件有以下类型： 1. Molecular topology files (.top) 初学分子模拟的我暂时称之为分子拓扑文件（不知道别人都是怎么翻译的），top file是pdb2gmx自动将PDB格式文件转化生成的 2. Molecular structure files (.pdb .gro) 这种结构文件包括pdb gro两种，pdb2gmx将pdb文件转化为top文件的同时也将pdb转化为了gro。gro和pdb都是结构文件，它们的不同在于格式，gro file还保存了velocities当然，如果你用不到v时，也可直接使用pdb格式的结构文件另外，genbox程序用于生成研究对象周围箱中的溶剂分子，首先需要定义合适的盒子的尺寸大小。genbox的output file是gro。genbox同时还讲原有的top文件修改为假如溶剂分子后的top文件 3. Molecular dynamics parameter files (.mdp) mdp files其实是一个参数文件，包括了要做分子动力学模拟所需的例如time-step, number of steps, tempratures, pressure等等 4. Index files (.ndx) 5. Run input file (.tpr) 将上面提到的四种文件组合生成tpr文件，也就是 top + gro + mdp + ndx = tpr tpr file包括了要run分子动力学模拟所需要的所有信息 grompp程序处理所有的input文件生成tpr 6. Trajectory files (.trr) 轨道文件，读取trr文件对我来说走了很多弯路，曾经试图尝试使用guassview和vmd1.8.4等读图工具读取。后来跑到smth得知读取trr在gromacs中有一种自带程序ngmx。这种软件读取trr文件需要x windows，当时我用win系统ssh连接linux，当然无法读取了，汗～ 另外，在官方网站上有gromacs的flow chart－－ http://www.gromacs.org/external/online-reference-manual.html 做的相当不错，能够帮助深刻理解文件和程序的相互作用 以下在gromacs-3.3.1/share/tutor/nmr1/ 下 1. Convert the pdb-file to a gromacs structure file (.gro / .pdb) and a gromacs topology file (.top) @pdb2gmx -ignh -f pep.pdb -p pep.top -o pep.gro (#gromacs的预处理程序pdb2gmx) 这个命令之后有一个force field 的选择 系统给出了11种力场，具体以后实际计算中如何选择力场还是应该多参阅文献和gromacs说明书的。 2. Solvate the peptide in water @editconf -bt cubic -f pep.gro -o pep_box.gro -c -d 0.5 3. 体系放入盒子之后在盒子中注入水 @genbox -cp pep_box.gro -cs -p pep.top -o pep_water.gro 之后看加水之后的top文件用命令 //@tail speptide.top 其中SOL后面的数字就是genbox加入盒子的水分子的数目。 4.Editconf程序的另一个用途是讲gro文件转化回pdb 这时可以讲speptide_water.gro转化回pdb观察 @editconf -f pep_water.gro -o pep_water.pdb 拖回本机 用spbdv或者vmd观察。 5. The next step is to generate index file, in the tutor of gromacs, we are told that there are a set of index groups to select. Unfortunately, I did not find them, so I have to use make_ndx to generate one. @make_ndx -f pep_water.gro 6. Perform an energy minimization of the peptide in solvent. Now the simulation system is almost ready. Before we can start the dynamics, we must perform an energy minimization, to alleviate any bad contacts (atoms overlapping such that a significant repulsion would result, causing numerical problems in the simulation) that might be present in the system. @grompp -v -f grompp.mdp -c pep_water.gro -p pep.top -o pep_nmr1.tpr 7. After the 6th command, the bad contacs have been removed. So we can do energy minimization now. @mdrun -v -s pep_nmr1.tpr -o pep_nmr1.trr -c after_nmr1.gro -g nmr1.log windows下看linux的远程桌面的其中一种简单解决办法(可能比Xmanager, Hummingbird Exceed简单) 要求linux装vncserver,配置参照 http://www.blogcn.com/User6/qkboy/blog/23548218.html(使用VNC远程管理linux桌面) 1. 用IE访问http://192.168.1.102:5803/ 登陆即可,不过需要Java Runtime Environment的支持jre 或 2. http://chinaunix.net/jh/4/495459.html(远程桌面设置part2:putty vnc + ssh tunneling) PS: http://www.realvnc.com/cgi-bin/download.cgi 不用填也可以proceed to download. 我下载的windows zip安装版,只安装viewer就行了. 运行putty,输入服务器的ip地址,输入一个名字作为session的名字,按save保存. 单击对话框左边的tunnels来选择相关设置,在source port里输入5901，在Destination里输入localhost:5901,按Add添加 单击左边session,回到session设置,按save重新保存.按open即可登录到服务器. 连接登陆,然后运行vnc-viewer,连接localhost:1,登录,打开一个终端.进入 gromacs-3.3.1/share/tutor/nmr1/ @ngmx -f pep_nmr1.trr -s pep_nmr1.tpr @editconf -f after_em.gro -o after_em.pdb g_rdf -n index 运行不了，ly说本机上可以，可能是安装的问题 Mean square displacement (MSD) function determines how much on average a molecule has moved with time nohup <程序名> & eg1: nohup mdrun -v >&log & tail -f log eg2: mdrun -v -s pr -e pr -o pr -c after_pr -g prlog >& pr.job & tail -f pr.job (现在还在做例子 约19:15能够跑完，只能明天看结果了) 看结果，赫赫！ mv fname newfname 1 SCP Water StarDict & log |
9楼2011-02-16 13:52:11
10楼2011-06-22 11:29:06
11楼2011-07-04 04:41:22
12楼2011-07-04 17:09:03
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2011-01-21 04:05
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