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patent至尊木虫 (正式写手)
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[求助]
gromacs运行出错，求方案，谢谢！！！
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我做一蛋白/配体复合物的动力学，用gromacs, em.mdp文件有如下设置： rlist =0.2 rcoulomb =0.2 rvdw =0.2 由于蛋白和配体距离太近，故做如此设置，若将值设大点，如0.5或1.0，蛋白会变形或配体远离蛋白，故必须这样设置。 但运行能量优化时，提出如下： steepest descents converged to machine precision in 56 steps ,but did not reach the requested Fmax<1000 用共轭梯度法也是如此， 运行位置限制性模拟（pr md）时，提示如下： 1－4interaction between 310 and 318 at distance 3.887 which is larger than the 1-4 table size 1.2nm 请问如何解决以上三个问题，谢谢！！！ |
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2楼2012-03-08 09:05:51
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【答案】应助回帖
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chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-02 10:30:26
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http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... /complex/05_EM.html 我看这个教程上模拟的蛋白配体复合物的，没有把值调这么低啊，如果能量不收敛的话，你可以把这步生成的gro文件作为初始结构，再优化，如果接近1000的话，可以用cg优化 |
7楼2012-11-30 16:39:30
30