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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs运行出错，求方案，谢谢！！！
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至尊木虫 (正式写手)

[求助] gromacs运行出错，求方案，谢谢！！！

我做一蛋白/配体复合物的动力学，用gromacs, em.mdp文件有如下设置：
rlist    =0.2
rcoulomb       =0.2
rvdw       =0.2
由于蛋白和配体距离太近，故做如此设置，若将值设大点，如0.5或1.0，蛋白会变形或配体远离蛋白，故必须这样设置。

但运行能量优化时，提出如下：
steepest descents converged to machine precision in 56 steps ,but did not reach the requested Fmax<1000
用共轭梯度法也是如此，

运行位置限制性模拟（pr md）时，提示如下：
1－4interaction between 310 and 318 at distance 3.887 which is larger than the 1-4 table size 1.2nm

请问如何解决以上三个问题，谢谢！！！
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1楼2012-03-04 12:20:01
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至尊木虫 (正式写手)
顶一下
2楼2012-03-08 09:05:51
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0419xuhao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2012-03-11 10:44:33
em没有正常结束吧~将能量最小化的步数调大点试试呢
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3楼2012-03-08 17:30:13
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patent

至尊木虫 (正式写手)
em正常结束也是如此
将能量最小化的步数调大点也没有用呀，因为在没有达到设定的步数之前体系已达到了设定的精度，并自动停止
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4楼2012-03-09 20:51:21
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469187892

银虫 (小有名气)
顶一下 我也是类似的问题
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加油！
5楼2012-11-29 14:31:37
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-30 09:29:15
你能说出“rlist    =0.2
rcoulomb       =0.2
rvdw       =0.2
”
的意思吗？
根据我的理解，你这样设置必然有问题
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6楼2012-11-29 14:48:42
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469187892

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-02 10:30:26
http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... /complex/05_EM.html
我看这个教程上模拟的蛋白配体复合物的，没有把值调这么低啊，如果能量不收敛的话，你可以把这步生成的gro文件作为初始结构，再优化，如果接近1000的话，可以用cg优化
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加油！
7楼2012-11-30 16:39:30
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