| 查看: 1781 | 回复: 6 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
patent至尊木虫 (正式写手)
|
[求助]
gromacs运行出错，求方案，谢谢！！！
|
||
|
我做一蛋白/配体复合物的动力学，用gromacs, em.mdp文件有如下设置： rlist =0.2 rcoulomb =0.2 rvdw =0.2 由于蛋白和配体距离太近，故做如此设置，若将值设大点，如0.5或1.0，蛋白会变形或配体远离蛋白，故必须这样设置。 但运行能量优化时，提出如下： steepest descents converged to machine precision in 56 steps ,but did not reach the requested Fmax<1000 用共轭梯度法也是如此， 运行位置限制性模拟（pr md）时，提示如下： 1－4interaction between 310 and 318 at distance 3.887 which is larger than the 1-4 table size 1.2nm 请问如何解决以上三个问题，谢谢！！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
0857调剂
已经有5人回复
-
欢迎采矿、地质、岩土、计算机、人工智能等专业的同学报考
已经有5人回复
-
279求调剂
已经有4人回复
-
284求调剂
已经有8人回复
-
材料复试调剂
已经有4人回复
-
本子写完了，给DS兄弟看了，得了92分
已经有7人回复
-
求调剂
已经有6人回复
-
材料学硕318求调剂
已经有13人回复
-
一志愿郑大材料学硕298分，求调剂
已经有5人回复
-
材料化工调剂
已经有13人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Gromacs中，mdrun出错
已经有5人回复
- 在gromacs中运行mdrun命令时出错
已经有10人回复
- gromacs 运行pdb2gmx中出错，pdb2gmx: error while loading shared libraries
已经有3人回复
- Gromacs做steep之后做cg出错
已经有5人回复
- gromacs运行出错
已经有3人回复
- gromacs做全原子模拟时候，突然到MD这一步出错
已经有6人回复
- 【求助】gromacs周期性边界条件问题
已经有9人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】gromacs的又一个问题
已经有22人回复
- 【求助】Gromacs运行出错
已经有4人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】gromacs出现错误：This usually means your system is exploding
已经有3人回复
- 【求助】求助Gromacs中关于g_hbond的out文件的问题
已经有10人回复
469187892
银虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 909.7
- 散金: 15
- 帖子: 54
- 在线: 21.1小时
- 虫号: 1441709
- 注册: 2011-10-14
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-02 10:30:26
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-02 10:30:26
|
http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... /complex/05_EM.html 我看这个教程上模拟的蛋白配体复合物的，没有把值调这么低啊，如果能量不收敛的话，你可以把这步生成的gro文件作为初始结构，再优化，如果接近1000的话，可以用cg优化 |
7楼2012-11-30 16:39:30
0419xuhao
金虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 2957.5
- 散金: 70
- 红花: 1
- 帖子: 104
- 在线: 71.6小时
- 虫号: 871726
- 注册: 2009-10-14
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2012-03-08 17:30:13
patent
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 14650.5
- 散金: 20
- 帖子: 459
- 在线: 849.5小时
- 虫号: 57321
- 注册: 2005-01-29
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
4楼2012-03-09 20:51:21
469187892
银虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 909.7
- 散金: 15
- 帖子: 54
- 在线: 21.1小时
- 虫号: 1441709
- 注册: 2011-10-14
- 专业: 理论和计算化学
5楼2012-11-29 14:31:37
