应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs出现了一个问题
111/1返回列表
查看: 2354  |  回复: 10
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 zyj8119 的 5 个金币

zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】gromacs出现了一个问题

做GROMACS的时候出现了一个问题：
sys.top是这样的：
;
;       File 'sys.top' was generated
;       By user: zhu (503)
;       On host: apollo2
;       At date: Wed Mar 12 15:48:05 2008
;
;       This is your topology file
;       drg
;
; Include forcefield parameters
#include "ffG53a6.itp"

; Include surfacetant topology
#include "drg.itp"

; Include water topology
#include "spce.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include generic topology for ions
#include "ions.itp"

[ system ]
; Name
    DRG

[ molecules ]
; Compound        #mols
    DRG              27
    SOL            6490
而建好了盒子，并且插入了水分子的 GRO文件时这样的：
http://pic.muchong.com/file.php?id=164
但是当grompp -f minim.mdp -c outt.gro -p sys.top -o input.tpr
的时候，出现了这样的错误：
number of coordinates in coordinate file (outt.gro, 21279)
             does not match topology (sys.top, 20226)
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼2010-11-30 22:12:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-11-30 22:12:15:
做GROMACS的时候出现了一个问题：
sys.top是这样的：
;
;       File 'sys.top' was generated
;       By user: zhu (503)
;       On host: apollo2
;       At date: Wed Mar 12 15:48:05 2008
;
;    ...

itp文件：
;      
;      
;       This file was generated by PRODRG version AA081006.0504
;       PRODRG written/copyrighted by Daan van Aalten
;       and Alexander Schuettelkopf
;      
;       Questions/comments to dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk
;      
;       When using this software in a publication, cite:
;       A. W. Schuettelkopf and D. M. F. van Aalten (2004).
;       PRODRG - a tool for high-throughput crystallography
;       of protein-ligand complexes.
;       Acta Crystallogr. D60, 1355--1363.
;      
;      

[ moleculetype ]
; Name nrexcl
DRG      3

[ atoms ]
;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass
     1       CH3     1  DRG     CAA     1    0.000  15.0350   
     2       CH2     1  DRG     CAH     2   -0.008  14.0270   
     3       CH2     1  DRG     CAJ     2   -0.007  14.0270   
     4       CH2     1  DRG     CAN     2   -0.008  14.0270   
     5       CH1     1  DRG     CAY     2    0.032  13.0190   
     6       CH2     1  DRG     CAL     2   -0.009  14.0270   
     7       CH3     1  DRG     CAC     3    0.019  15.0350   
     8       CH2     1  DRG     CAP     3    0.142  14.0270   
     9        OA     1  DRG     OAT     3   -0.111  15.9994   
    10         C     1  DRG     CAW     3    0.227  12.0110   
    11         O     1  DRG     OAF     3   -0.387  15.9994   
    12       CH2     1  DRG     CAR     3    0.037  14.0270   
    13       CH1     1  DRG     CBA     3    0.073  13.0190   
    14     SDMSO     1  DRG     SAV     4    0.600  32.0600   
    15        OM     1  DRG     OAE     4   -0.562  15.9994   
    16         H     1  DRG     HBD     4   -0.056   1.0080   
    17       CH2     1  DRG     CAS     4    0.018  14.0270   
    18         C     1  DRG     CAX     5    0.227  12.0110   
    19         O     1  DRG     OAG     5   -0.387  15.9994   
    20        OA     1  DRG     OAU     5   -0.111  15.9994   
    21       CH2     1  DRG     CAQ     5    0.142  14.0270   
    22       CH1     1  DRG     CAZ     5    0.073  13.0190   
    23       CH2     1  DRG     CAM     5    0.037  14.0270   
    24       CH3     1  DRG     CAD     5    0.019  15.0350   
    25       CH2     1  DRG     CAO     6    0.006  14.0270   
    26       CH2     1  DRG     CAK     6    0.006  14.0270   
    27       CH2     1  DRG     CAI     6    0.006  14.0270   
    28       CH3     1  DRG     CAB     6   -0.018  15.0350   

[ bonds ]
; ai  aj  fu    c0, c1, ...
   2   1   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAH  CAA   
   2   3   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAH  CAJ   
   3   4   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAJ  CAN   
   5   4   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAY  CAN   
   5   6   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAY  CAL   
   5   8   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAY  CAP   
   6   7   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAL  CAC   
   8   9   2    0.143   8180000.0    0.143   8180000.0 ;   CAP  OAT   
  10   9   2    0.136  10200000.0    0.136  10200000.0 ;   CAW  OAT   
  10  11   2    0.123  16600000.0    0.123  16600000.0 ;   CAW  OAF   
  10  12   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAW  CAR   
  13  12   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CBA  CAR   
  13  14   2    0.195   4950000.0    0.195   4950000.0 ;   CBA  SAV   
  13  17   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CBA  CAS   
  14  15   2    0.153   8040000.0    0.153   8040000.0 ;   SAV  OAE   
  14  16   2    0.133   8870000.0    0.133   8870000.0 ;   SAV  HBD   
  18  17   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAX  CAS   
  18  19   2    0.123  16600000.0    0.123  16600000.0 ;   CAX  OAG   
  18  20   2    0.136  10200000.0    0.136  10200000.0 ;   CAX  OAU   
  21  20   2    0.143   8180000.0    0.143   8180000.0 ;   CAQ  OAU   
  22  21   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAZ  CAQ   
  22  23   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAZ  CAM   
  22  25   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAZ  CAO   
  23  24   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAM  CAD   
  25  26   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAO  CAK   
  26  27   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAK  CAI   
  27  28   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAI  CAB   

[ pairs ]
; ai  aj  fu    c0, c1, ...
   1   4   1                                           ;   CAA  CAN   
   2   5   1                                           ;   CAH  CAY   
   3   6   1                                           ;   CAJ  CAL   
   3   8   1                                           ;   CAJ  CAP   
   4   7   1                                           ;   CAN  CAC   
   4   9   1                                           ;   CAN  OAT   
   5  10   1                                           ;   CAY  CAW   
   6   9   1                                           ;   CAL  OAT   
   7   8   1                                           ;   CAC  CAP   
   8  11   1                                           ;   CAP  OAF   
   8  12   1                                           ;   CAP  CAR   
   9  13   1                                           ;   OAT  CBA   
  10  14   1                                           ;   CAW  SAV   
  10  17   1                                           ;   CAW  CAS   
  11  13   1                                           ;   OAF  CBA   
  12  15   1                                           ;   CAR  OAE   
  12  16   1                                           ;   CAR  HBD   
  12  18   1                                           ;   CAR  CAX   
  13  19   1                                           ;   CBA  OAG   
  13  20   1                                           ;   CBA  OAU   
  14  18   1                                           ;   SAV  CAX   
  15  17   1                                           ;   OAE  CAS   
  16  17   1                                           ;   HBD  CAS   
  17  21   1                                           ;   CAS  CAQ   
  18  22   1                                           ;   CAX  CAZ   
  19  21   1                                           ;   OAG  CAQ   
  20  23   1                                           ;   OAU  CAM   
  20  25   1                                           ;   OAU  CAO   
  21  24   1                                           ;   CAQ  CAD   
  21  26   1                                           ;   CAQ  CAK   
  22  27   1                                           ;   CAZ  CAI   
  23  26   1                                           ;   CAM  CAK   
  24  25   1                                           ;   CAD  CAO   
  25  28   1                                           ;   CAO  CAB   

[ angles ]
; ai  aj  ak  fu    c0, c1, ...
   1   2   3   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAA  CAH  CAJ   
   2   3   4   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAH  CAJ  CAN   
   3   4   5   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAJ  CAN  CAY   
   4   5   6   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAN  CAY  CAL   
   4   5   8   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAN  CAY  CAP   
   6   5   8   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAL  CAY  CAP   
   5   6   7   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAY  CAL  CAC   
   5   8   9   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAY  CAP  OAT   
   8   9  10   2    109.5       380.0    109.5       380.0 ;   CAP  OAT  CAW   
   9  10  11   2    124.0       730.0    124.0       730.0 ;   OAT  CAW  OAF   
   9  10  12   2    115.0       610.0    115.0       610.0 ;   OAT  CAW  CAR   
  11  10  12   2    121.0       685.0    121.0       685.0 ;   OAF  CAW  CAR   
  10  12  13   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAW  CAR  CBA   
  12  13  14   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAR  CBA  SAV   
  12  13  17   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAR  CBA  CAS   
  14  13  17   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   SAV  CBA  CAS   
  13  14  15   2    109.5       518.0    109.5       518.0 ;   CBA  SAV  OAE   
  13  14  16   2    109.5       447.3    109.5       447.3 ;   CBA  SAV  HBD   
  15  14  16   2    109.5       447.3    109.5       447.3 ;   OAE  SAV  HBD   
  13  17  18   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CBA  CAS  CAX   
  17  18  19   2    121.0       685.0    121.0       685.0 ;   CAS  CAX  OAG   
  17  18  20   2    115.0       610.0    115.0       610.0 ;   CAS  CAX  OAU   
  19  18  20   2    124.0       730.0    124.0       730.0 ;   OAG  CAX  OAU   
  18  20  21   2    109.5       380.0    109.5       380.0 ;   CAX  OAU  CAQ   
  20  21  22   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   OAU  CAQ  CAZ   
  21  22  23   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAQ  CAZ  CAM   
  21  22  25   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAQ  CAZ  CAO   
  23  22  25   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAM  CAZ  CAO   
  22  23  24   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAZ  CAM  CAD   
  22  25  26   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAZ  CAO  CAK   
  25  26  27   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAO  CAK  CAI   
  26  27  28   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAK  CAI  CAB   

[ dihedrals ]
; ai  aj  ak  al  fu    c0, c1, m, ...
   5   4   8   6   2     35.3  334.8       35.3  334.8   ; imp   CAY  CAN  CAP  CAL   
  10   9  11  12   2      0.0  167.4        0.0  167.4   ; imp   CAW  OAT  OAF  CAR   
  13  12  17  14   2     35.3  334.8       35.3  334.8   ; imp   CBA  CAR  CAS  SAV   
  14  13  16  15   2     35.3  334.8       35.3  334.8   ; imp   SAV  CBA  HBD  OAE   
  18  17  19  20   2      0.0  167.4        0.0  167.4   ; imp   CAX  CAS  OAG  OAU   
  22  21  23  25   2     35.3  334.8       35.3  334.8   ; imp   CAZ  CAQ  CAM  CAO   
   4   3   2   1   1      0.0    5.9 3      0.0    5.9 3 ; dih   CAN  CAJ  CAH  CAA   
   5   4   3   2   1      0.0    5.9 3      0.0    5.9 3 ; dih   CAY  CAN  CAJ  CAH   
   8   5   4   3   1      0.0    5.9 3      0.0    5.9 3 ; dih   CAP  CAY  CAN  CAJ   
   7   6   5   4   1      0.0    5.9 3      0.0    5.9 3 ; dih   CAC  CAL  CAY  CAN   
   9   8   5   4   1      0.0    5.9 3      0.0    5.9 3 ; dih   OAT  CAP  CAY  CAN   
   5   8   9  10   1      0.0    1.3 3      0.0    1.3 3 ; dih   CAY  CAP  OAT  CAW   
  12  10   9   8   1      0.0    3.8 3      0.0    3.8 3 ; dih   CAR  CAW  OAT  CAP   
  13  12  10   9   1      0.0    1.0 6      0.0    1.0 6 ; dih   CBA  CAR  CAW  OAT   
  17  13  12  10   1      0.0    5.9 3      0.0    5.9 3 ; dih   CAS  CBA  CAR  CAW   
  12  13  14  16   1      0.0    2.9 3      0.0    2.9 3 ; dih   CAR  CBA  SAV  HBD   
  18  17  13  12   1      0.0    5.9 3      0.0    5.9 3 ; dih   CAX  CAS  CBA  CAR   
  13  17  18  20   1      0.0    1.0 6      0.0    1.0 6 ; dih   CBA  CAS  CAX  OAU   
  17  18  20  21   1      0.0    3.8 3      0.0    3.8 3 ; dih   CAS  CAX  OAU  CAQ   
  22  21  20  18   1      0.0    1.3 3      0.0    1.3 3 ; dih   CAZ  CAQ  OAU  CAX   
  25  22  21  20   1      0.0    5.9 3      0.0    5.9 3 ; dih   CAO  CAZ  CAQ  OAU   
  24  23  22  21   1      0.0    5.9 3      0.0    5.9 3 ; dih   CAD  CAM  CAZ  CAQ   
  26  25  22  21   1      0.0    5.9 3      0.0    5.9 3 ; dih   CAK  CAO  CAZ  CAQ   
  27  26  25  22   1      0.0    5.9 3      0.0    5.9 3 ; dih   CAI  CAK  CAO  CAZ   
  28  27  26  25   1      0.0    5.9 3      0.0    5.9 3 ; dih   CAB  CAI  CAK  CAO
赞一下 回复此楼
2楼2010-11-30 22:43:19
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zanzhang

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
3楼2010-12-09 18:34:34
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zanzhang at 2010-12-09 18:34:34:
number of coordinates in coordinate file (outt.gro, 21279)
             does not match topology (sys.top, 20226)
说的很清楚了，gro文件和top文件的原子数不一致

但是不知道怎么解决。
赞一下 回复此楼
4楼2010-12-09 19:14:54
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuyanjuan

金虫 (小有名气)
gro 文件和top文件的分子数一致吗？
赞一下 回复此楼
5楼2010-12-09 20:19:28
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by liuyanjuan at 2010-12-09 20:19:28:
gro 文件和top文件的分子数一致吗？

这些我都查过，一致。
赞一下 回复此楼
6楼2010-12-09 20:20:26
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

juanjuan0618

铜虫 (小有名气)
你的top文件和gro文件中的原子数目不一致
赞一下 回复此楼
7楼2010-12-10 10:25:20
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zanzhang

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
8楼2010-12-12 19:38:24
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
zyj8119(金币+10):非常感谢。。。 2010-12-12 22:45:49
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-11-30 22:43:19:

itp文件：
;      
;      
;       This file was generated by PRODRG version AA081006.0504
;       PRODRG written/copyrighted by Daan van Aalten
;       and Alexander Schuettelkopf
;       ...

这种问题在GMX中是经常遇到的，需要进行简单的手动修改，楼主请仔细检查以下问题：
1.你在模拟的过程中是否GENION过？在include下有没有包含加入离子的mol数？
2.如果加入离子，仔细观察你的top文件，是不是不包含离子的坐标？打开gro文件，观察最下方添加的离子坐标，copy到top里，替换掉相应数目的水，比如加了2个离子，则替换掉两个水，即6个原子
3.加入的底物摩尔数是否正确？
思考以上三个问题，如果还未解决，我们在交流
赞一下 回复此楼
9楼2010-12-12 22:42:18
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaimen

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by zh1987hs at 2010-12-12 22:42:18
这种问题在GMX中是经常遇到的，需要进行简单的手动修改，楼主请仔细检查以下问题：
1.你在模拟的过程中是否GENION过？在include下有没有包含加入离子的mol数？
2.如果加入离子，仔细观察你的top文件，是不是不包 ...

还没有加入离子就出现了这个问题怎么办
赞一下 回复此楼
11楼2015-09-26 12:32:04
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
liuyanjuan10楼
2010-12-13 16:45   回复  
相关版块跳转 我要订阅楼主 zyj8119 的主题更新
111/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件) SCI英文润色翻译-EnPapers美团队-先修改后付款
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] F口信息学部拿面上，大概需要什么样的成果 +7 _奋黎_ 2024-06-16 12/600 2024-06-18 07:41 by ld_cauchy
[硕博家园] 硕博巨婴，也许才刚刚开始 +33 SNaiL1995 2024-06-12 85/4250 2024-06-18 00:06 by 博士求上上岸
[基金申请] 太卷了 +12 shuigubio 2024-06-17 23/1150 2024-06-17 22:38 by master_110
[找工作] 杭电、天津科技、青农和宁波工程学院如何选？ +12 味道很好啊 2024-06-13 23/1150 2024-06-17 22:16 by 半简体
[考博] 这个博士要读吗 +9 Sea Breeze 2024-06-16 17/850 2024-06-17 19:50 by zeolitess
[基金申请] 最新消息：2024国自然下载文件名变了 +15 dream200606 2024-06-16 28/1400 2024-06-17 19:04 by 6543yes
[论文投稿] 审稿问题：为什么荧光激发波长和紫外吸收波长差的大？ 10+5 sdawege 2024-06-14 10/500 2024-06-17 18:54 by HH-探针
[有机交流] 车间生产，真空度很高，温度很高，但减压蒸馏速度很慢。 10+12 召唤鬼泣lL 2024-06-13 38/1900 2024-06-17 16:46 by 科研虫子小助手
[教师之家] 饶议：什么制度能保障大学普通教师不用为领导拎包，不用看领导脸色 +10 zju2000 2024-06-12 16/800 2024-06-17 14:54 by 大天尊
[催化] 镍负载氧化铝的保存问题 8+3 lwn0130 2024-06-15 4/200 2024-06-17 10:48 by adaihao
[硕博家园] 博士毕业高校和就业的相关问题 +6 SCITOPPP 2024-06-14 10/500 2024-06-17 10:08 by SCITOPPP
[基金申请] 博士后创新人才支持计划公示 +9 aishida144 2024-06-14 15/750 2024-06-16 09:52 by msjy
[论文投稿] 投了一篇4区的SCI，审稿人一个拒稿，一个小修，编辑给了大修。 +9 安稳22123 2024-06-13 10/500 2024-06-14 23:45 by jurkat.1640
[基金申请] 面上基金有一个（两个）C是不是就没戏了.... 5+3 zzzm116 2024-06-13 17/850 2024-06-14 22:26 by lzt8076
[基金申请] 工材E口JQ有消息了吗 +4 babyduck 2024-06-11 4/200 2024-06-14 17:23 by firepick
[论文投稿] 最近写了一篇控制优化领域的文章，可以投哪里啊？有没有水一些的期刊推荐 +7 香瓜木香 2024-06-12 13/650 2024-06-14 07:05 by 香瓜木香
[论文投稿] 文章proof要求使用机构的邮箱 5+3 不可不信缘 2024-06-11 11/550 2024-06-14 07:00 by 3001160025
[硕博家园] 机械研究生如何拿到年薪40+w +13 阿巴阿巴哦哦 2024-06-11 15/750 2024-06-13 15:40 by 113745685
[有机交流] 原料反应完了，怎么知道是产物还是中间体 +6 小胡在努力 2024-06-11 8/400 2024-06-13 13:33 by 091602
[基金申请] 博后特助这周出结果吗？往年都是啥时候啊？ +13 jsqy 2024-06-12 17/850 2024-06-12 19:55 by Lynn212
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭