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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】minimizer出现问题
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memgr

铜虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】minimizer出现问题

我用gromacs能量最小化一个格子中含有聚合物链的体系时出现 下面的提示：The  optimal PME mesh load for parallel simulations is below 0.5   and for highly parallel simulations between 0.25 and 0.33,   for higher performance, increase the cut-off and the PME grid spacing
不懂这是是什么意思，想问一下各位高手谁碰到过，能帮着解决一下吗？
我的minimizer.mdp是：
title                       = coo
cpp                         = /usr/bin/cpp
define                      = -DFLEXIBLE
constraints                 = none
integrator                  = steep
dt                          = 0.01
nsteps                      = 50000
nstlist                     = 10
ns_type                     = grid
rlist                       = 0.9
coulombtype                 = PME
rcoulomb                    = 0.9
vdwtype                     = cut-off
rvdw                        = 0.9
fourierspacing              = 0.12
fourier_nx                  = 0
fourier_ny                  = 0
fourier_nz                  = 0
pme_order                   = 4
ewald_rtol                  = 1e-5
optimize_fft                = yes
emtol                       = 1000.0
emstep                      = 0.01

谢谢各位大侠！！
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1楼 2011-03-28 15:00:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)
memgr(金币+2): 2011-04-25 20:41:30
memgr(金币+1): 2011-07-13 15:04:05
本帖仅楼主可见
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2楼2011-03-29 09:22:15
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come4c

铁虫 (初入文坛)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-29 12:38:34
memgr(金币+2): 2011-04-25 20:41:39
memgr(金币+2): 2011-04-25 20:41:41
这个只是个建议性质的，不是错误，cut-off越大结果越精确，但计算量也越大，而且不能超过盒子最小线度的一半，如果是并行计算为了效率高都设的较小。

我觉得一般设在0.9-1.2之间比较好吧，看具体对象了
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-03-29 11:04:29
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shengxiang

木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-29 12:38:45
我也觉得cut-off不是致命错误，因为它的只是牵扯到一个计算的精确度的问题，不过你可以试试，看提示似乎是库仑力cut-off的问题~~~
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-03-29 11:21:26
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ptf1242

金虫 (正式写手)
★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-10 14:36:16
这个我知道 修改傅立叶格子大一点就行
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2011-04-10 12:02:30
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memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ptf1242 at 2011-04-10 12:02:30:
这个我知道 修改傅立叶格子大一点就行

奥 能弱弱的问一句 在哪里修改傅立业格子的大小，还有傅立叶格子是干什么用的，若是不改对结果又影响吗 谢谢
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6楼2011-04-12 16:57:52
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bridgeqbf

新虫 (初入文坛)
★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-13 09:20:29
This is just energy minimization. No high precision is needed.
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-04-12 20:52:30
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bridgeqbf at 2011-04-12 20:52:30:
This is just energy minimization. No high precision is needed.

什么意思？
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8楼2011-04-12 22:13:11
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小_书_虫_

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by memgr at 2011-04-12 16:57:52
奥 能弱弱的问一句 在哪里修改傅立业格子的大小，还有傅立叶格子是干什么用的，若是不改对结果又影响吗 谢谢...

; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
fourierspacing = 0.16 ；使用PME或PPPM时， FFT网格的最大网格间距。默认为 (0.12)，单位为 [nm] 。
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9楼2015-10-20 15:05:18
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