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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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memgr

铜虫 (正式写手)


[交流] 【讨论】minimizer出现问题

我用gromacs能量最小化一个格子中含有聚合物链的体系时出现 下面的提示:The  optimal PME mesh load for parallel simulations is below 0.5   and for highly parallel simulations between 0.25 and 0.33,   for higher performance, increase the cut-off and the PME grid spacing
不懂这是是什么意思,想问一下各位高手谁碰到过,能帮着解决一下吗?
我的minimizer.mdp是:
title                       = coo
cpp                         = /usr/bin/cpp
define                      = -DFLEXIBLE
constraints                 = none
integrator                  = steep
dt                          = 0.01
nsteps                      = 50000
nstlist                     = 10
ns_type                     = grid
rlist                       = 0.9
coulombtype                 = PME
rcoulomb                    = 0.9
vdwtype                     = cut-off
rvdw                        = 0.9
fourierspacing              = 0.12
fourier_nx                  = 0
fourier_ny                  = 0
fourier_nz                  = 0
pme_order                   = 4
ewald_rtol                  = 1e-5
optimize_fft                = yes
emtol                       = 1000.0
emstep                      = 0.01

谢谢各位大侠!!
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bridgeqbf

新虫 (初入文坛)



御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-13 09:20:29
This is just energy minimization. No high precision is needed.
7楼2011-04-12 20:52:30
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匿名

用户注销 (正式写手)


memgr(金币+2): 2011-04-25 20:41:30
memgr(金币+1): 2011-07-13 15:04:05
本帖仅楼主可见
2楼2011-03-29 09:22:15
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come4c

铁虫 (初入文坛)


★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-29 12:38:34
memgr(金币+2): 2011-04-25 20:41:39
memgr(金币+2): 2011-04-25 20:41:41
这个只是个建议性质的,不是错误,cut-off越大结果越精确,但计算量也越大,而且不能超过盒子最小线度的一半,如果是并行计算为了效率高都设的较小。

我觉得一般设在0.9-1.2之间比较好吧,看具体对象了
3楼2011-03-29 11:04:29
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shengxiang

木虫 (著名写手)


★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-29 12:38:45
我也觉得cut-off不是致命错误,因为它的只是牵扯到一个计算的精确度的问题,不过你可以试试,看提示似乎是库仑力cut-off的问题~~~
4楼2011-03-29 11:21:26
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