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memgr

铜虫 (正式写手)


[交流] 【讨论】minimizer出现问题

我用gromacs能量最小化一个格子中含有聚合物链的体系时出现 下面的提示:The  optimal PME mesh load for parallel simulations is below 0.5   and for highly parallel simulations between 0.25 and 0.33,   for higher performance, increase the cut-off and the PME grid spacing
不懂这是是什么意思,想问一下各位高手谁碰到过,能帮着解决一下吗?
我的minimizer.mdp是:
title                       = coo
cpp                         = /usr/bin/cpp
define                      = -DFLEXIBLE
constraints                 = none
integrator                  = steep
dt                          = 0.01
nsteps                      = 50000
nstlist                     = 10
ns_type                     = grid
rlist                       = 0.9
coulombtype                 = PME
rcoulomb                    = 0.9
vdwtype                     = cut-off
rvdw                        = 0.9
fourierspacing              = 0.12
fourier_nx                  = 0
fourier_ny                  = 0
fourier_nz                  = 0
pme_order                   = 4
ewald_rtol                  = 1e-5
optimize_fft                = yes
emtol                       = 1000.0
emstep                      = 0.01

谢谢各位大侠!!
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memgr

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by ptf1242 at 2011-04-10 12:02:30:
这个我知道 修改傅立叶格子大一点就行

奥 能弱弱的问一句 在哪里修改傅立业格子的大小,还有傅立叶格子是干什么用的,若是不改对结果又影响吗 谢谢
6楼2011-04-12 16:57:52
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