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²é¿´: 1991  |  »Ø¸´: 8
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ÎÒÓÃgromacsÄÜÁ¿×îС»¯Ò»¸ö¸ñ×ÓÖк¬ÓоۺÏÎïÁ´µÄÌåϵʱ³öÏÖ ÏÂÃæµÄÌáʾ£ºThe  optimal PME mesh load for parallel simulations is below 0.5   and for highly parallel simulations between 0.25 and 0.33,   for higher performance, increase the cut-off and the PME grid spacing
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ÎÒµÄminimizer.mdpÊÇ£º
title                       = coo
cpp                         = /usr/bin/cpp
define                      = -DFLEXIBLE
constraints                 = none
integrator                  = steep
dt                          = 0.01
nsteps                      = 50000
nstlist                     = 10
ns_type                     = grid
rlist                       = 0.9
coulombtype                 = PME
rcoulomb                    = 0.9
vdwtype                     = cut-off
rvdw                        = 0.9
fourierspacing              = 0.12
fourier_nx                  = 0
fourier_ny                  = 0
fourier_nz                  = 0
pme_order                   = 4
ewald_rtol                  = 1e-5
optimize_fft                = yes
emtol                       = 1000.0
emstep                      = 0.01

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ghcacj(½ð±Ò+2): лл 2011-03-29 12:38:34
memgr(½ð±Ò+2): 2011-04-25 20:41:39
memgr(½ð±Ò+2): 2011-04-25 20:41:41
Õâ¸öÖ»ÊǸö½¨ÒéÐÔÖʵ쬲»ÊÇ´íÎó£¬cut-offÔ½´ó½á¹ûÔ½¾«È·£¬µ«¼ÆËãÁ¿Ò²Ô½´ó£¬¶øÇÒ²»Äܳ¬¹ýºÐ×Ó×îСÏ߶ȵÄÒ»°ë£¬Èç¹ûÊDz¢ÐмÆËãΪÁËЧÂʸ߶¼ÉèµÄ½ÏС¡£

ÎÒ¾õµÃÒ»°ãÉèÔÚ0.9-1.2Ö®¼ä±È½ÏºÃ°É£¬¿´¾ßÌå¶ÔÏóÁË
3Â¥2011-03-29 11:04:29
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²é¿´È«²¿ 9 ¸ö»Ø´ð

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memgr(½ð±Ò+2): 2011-04-25 20:41:30
memgr(½ð±Ò+1): 2011-07-13 15:04:05
±¾Ìû½öÂ¥Ö÷¿É¼û
2Â¥2011-03-29 09:22:15
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shengxiang

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ghcacj(½ð±Ò+2): лл 2011-03-29 12:38:45
ÎÒÒ²¾õµÃcut-off²»ÊÇÖÂÃü´íÎó£¬ÒòΪËüµÄÖ»ÊÇÇ£³¶µ½Ò»¸ö¼ÆËãµÄ¾«È·¶ÈµÄÎÊÌ⣬²»¹ýÄã¿ÉÒÔÊÔÊÔ£¬¿´ÌáÊ¾ËÆºõÊÇ¿âÂØÁ¦cut-offµÄÎÊÌâ~~~
4Â¥2011-03-29 11:21:26
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ptf1242

½ð³æ (ÕýʽдÊÖ)


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Óù½£½­ºþ(½ð±Ò+1): лл 2011-04-10 14:36:16
Õâ¸öÎÒÖªµÀ Ð޸ĸµÁ¢Ò¶¸ñ×Ó´óÒ»µã¾ÍÐÐ
5Â¥2011-04-10 12:02:30
ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû
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[ÂÛÎÄͶ¸å] Journal of Mechanical Science and Technology +3 Russ_ss 2026-03-25 5/250 2026-03-27 10:49 by ½С¹û»­´ó±ý
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ÐÅÏ¢Ìáʾ
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