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【求助】gromacs出现了一个问题
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做GROMACS的时候出现了一个问题： sys.top是这样的： ; ; File 'sys.top' was generated ; By user: zhu (503) ; On host: apollo2 ; At date: Wed Mar 12 15:48:05 2008 ; ; This is your topology file ; drg ; ; Include forcefield parameters #include "ffG53a6.itp" ; Include surfacetant topology #include "drg.itp" ; Include water topology #include "spce.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif ; Include generic topology for ions #include "ions.itp" [ system ] ; Name DRG [ molecules ] ; Compound #mols DRG 27 SOL 6490 而建好了盒子，并且插入了水分子的 GRO文件时这样的： http://pic.muchong.com/file.php?id=164 但是当grompp -f minim.mdp -c outt.gro -p sys.top -o input.tpr 的时候，出现了这样的错误： number of coordinates in coordinate file (outt.gro, 21279) does not match topology (sys.top, 20226) |
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