版块导航: 正在加载中...

客户端APP下载

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】gromacs出现了一个问题

做GROMACS的时候出现了一个问题：
sys.top是这样的：
;
;    File 'sys.top' was generated
;    By user: zhu (503)
;    On host: apollo2
;    At date: Wed Mar 12 15:48:05 2008
;
;    This is your topology file
;    drg
;
; Include forcefield parameters
#include "ffG53a6.itp"

; Include surfacetant topology
#include "drg.itp"

; Include water topology
#include "spce.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct    fcx       fcy       fcz
1 1    1000    1000    1000
#endif

; Include generic topology for ions
#include "ions.itp"

[ system ]
; Name
DRG

[ molecules ]
; Compound       #mols
DRG             27
SOL          6490
而建好了盒子，并且插入了水分子的 GRO文件时这样的：
http://pic.muchong.com/file.php?id=164
但是当grompp -f minim.mdp -c outt.gro -p sys.top -o input.tpr
的时候，出现了这样的错误：
number of coordinates in coordinate file (outt.gro, 21279)
         does not match topology (sys.top, 20226)

» 猜你喜欢

论文终于录用啦！满足毕业条件了已经有17人回复
不自信的我已经有5人回复
磺酰氟产物，毕不了业了！已经有4人回复
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球已经有8人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

GROMACS安装时总是出现configure: error: Unknown FFT library，请问是什么原因已经有9人回复
Gromacs中，mdrun出错已经有5人回复
在gromacs中运行mdrun命令时出错已经有10人回复
【讨论】minimizer出现问题已经有8人回复
在网上求助计算化学问题时的注意事项-Sobereva 已经有6人回复
【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢已经有11人回复
【求助】gromacs的又一个问题已经有22人回复
【求助】Gromacs运行出错已经有4人回复
【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道已经有50人回复
【求助】求助Gromacs中关于g_hbond的out文件的问题已经有10人回复
【求助】有关gromacs得两个问题已经有10人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2010-11-30 22:12:15

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zanzhang

禁虫 (初入文坛)

本帖内容被屏蔽

3楼2010-12-09 18:34:34

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zanzhang

禁虫 (初入文坛)

本帖内容被屏蔽

8楼2010-12-12 19:38:24

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 zyj8119 的主题更新