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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs 运行pdb2gmx中出错，pdb2gmx: error while loading shared libraries
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piaoluodeyu

金虫 (小有名气)

[求助] gromacs 运行pdb2gmx中出错，pdb2gmx: error while loading shared libraries

刚开始学习gromacs，求指导啊！安装好后想运行tutor中的speptide例子，当pdb2gmx -f speptide.pdb -o speptide1.pdb -p speptide.top中出现
pdb2gmx: error while loading shared libraries: libmpi.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
希望大家不吝赐教 谢谢！
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1楼 2011-11-14 22:14:17
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zeozhou

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-23 08:39:22
要在.bashrc文件中设置一些库文件的路径，这些命令才可以用
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piaoluodeyu
2楼2011-11-22 16:26:35
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piaoluodeyu

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by zeozhou at 2011-11-22 16:26:35:
要在.bashrc文件中设置一些库文件的路径，这些命令才可以用

请问具体应该怎样设置呢！我在shared library中并没有发现这个文件！有没有相关教程可以提供啊！菜鸟问题比较多，先谢谢啦！
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3楼2011-11-22 22:27:41
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zeozhou

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-11-23 19:09:58
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-23 19:10:06
类似于这种

LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/Compiler/11.1/073/lib/intel64:/opt/intel/impi/4.0.0.028/lib64:/opt/fftw/3.2.2-intel64/lib

export LD_LIBRARY_PATH

你要确定你安装intel的编辑器的lib目录是不是跟我的一样。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-11-23 10:03:07
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