应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于gromacs残基不识别的问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
181/2返回列表12下一页
查看: 3162  |  回复: 17
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

孜孜--

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于gromacs残基不识别的问题 已有2人参与

各位大侠本人新手，在MS中建立好模型保存为PDB格式，在GROMACS 的pdb2gmx文件转换过程中提示残基WTR、XXX不识别，应该怎么修改啊，模型中就只有甲烷和水分子。望各位大侠帮忙谢谢。PDB部分文件如下：
ATOM    116  H1  WTR     0      -8.433  -8.515   3.297  1.00  0.00           H   
ATOM    117  H2  WTR     0      -7.625  -8.475   4.565  1.00  0.00           H   
ATOM    118  O   WTR     0      -9.454  -9.539   2.321  1.00  0.00           O   
ATOM    119  H1  WTR     0      -8.999  -9.838   1.505  1.00  0.00           H   
ATOM    120  H2  WTR     0     -10.247  -9.092   1.954  1.00  0.00           H   
ATOM    121  O   WTR     0      -2.009  -9.658   2.177  1.00  0.00           O   
ATOM    122  H1  WTR     0      -2.512  -9.050   2.761  1.00  0.00           H   
ATOM    123  H2  WTR     0      -1.229  -9.113   1.937  1.00  0.00           H   
ATOM    124  O   WTR     0      -5.716  -7.193   2.189  1.00  0.00           O   
ATOM    125  H1  WTR     0      -6.500  -7.367   2.752  1.00  0.00           H   
ATOM    126  H2  WTR     0      -5.714  -6.211   2.162  1.00  0.00           H   
ATOM    127  O   WTR     0      -3.590  -8.038   3.731  1.00  0.00           O   
ATOM    128  H1  WTR     0      -4.330  -7.757   3.150  1.00  0.00           H   
ATOM    129  H2  WTR     0      -3.184  -7.171   3.949  1.00  0.00           H   
ATOM    130  O   WTR     0      -9.418  -5.722   4.469  1.00  0.00           O   
ATOM    131  H1  WTR     0      -8.863  -6.498   4.242  1.00  0.00           H   
ATOM    132  H2  WTR     0      -8.846  -4.995   4.141  1.00  0.00           H   
ATOM    133  O   WTR     0     -10.370 -11.708   3.687  1.00  0.00           O   
ATOM    134  H1  WTR     0     -10.014 -10.888   3.282  1.00  0.00           H   
ATOM    135  H2  WTR     0      -9.803 -11.777   4.485  1.00  0.00           H   
ATOM    136  O   WTR     0      -1.248 -11.771   3.740  1.00  0.00           O   
ATOM    137  H1  WTR     0      -1.456 -11.015   3.149  1.00  0.00           H   
ATOM    138  H2  WTR     0      -0.267 -11.746   3.746  1.00  0.00           H   
ATOM    139  C1  XXX     0      -5.422   0.024   3.023  1.00  0.00           C   
ATOM    140  H1  XXX     0      -4.383   0.390   2.934  1.00  0.00           H   
ATOM    141  H2  XXX     0      -5.419  -1.076   3.125  1.00  0.00           H   
ATOM    142  H3  XXX     0      -5.894   0.477   3.914  1.00  0.00           H   
ATOM    143  H4  XXX     0      -5.992   0.310   2.120  1.00  0.00           H   
ATOM    144  C2  XXX     0      -6.142   0.286   8.925  1.00  0.00           C   
ATOM    145  H5  XXX     0      -6.566   1.304   8.992  1.00  0.00           H   
ATOM    146  H6  XXX     0      -5.568   0.067   9.844  1.00  0.00           H   
ATOM    147  H7  XXX     0      -6.960  -0.449   8.817  1.00  0.00           H   
ATOM    148  H8  XXX     0      -5.470   0.224   8.050  1.00  0.00           H   
ATOM    149  C3  XXX     0      -2.801   6.039  -0.315  1.00  0.00           C   
ATOM    150  H9  XXX     0      -2.026   6.284   0.435  1.00  0.00           H   
ATOM    151  H10 XXX     0      -2.549   6.527  -1.274  1.00  0.00           H   
ATOM    152  H11 XXX     0      -2.845   4.944  -0.457  1.00  0.00           H   
ATOM    153  H12 XXX     0      -3.782   6.406   0.039  1.00  0.00           H
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MDs-Gromacs 新能源

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

aken5555

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-09-02 20:06:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
.....这个残基名字就是指水和甲烷，改成SOL和另外一个名字就行。
赞一下 回复此楼
gromacs
2楼2014-09-03 20:10:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
孜孜--: 金币+5 2014-09-09 10:13:54
你应该去立场文件里找对应的名字，后缀应该是一个.itp文件，改成一致的就好了
赞一下 回复此楼
3楼2014-09-05 16:24:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

孜孜--

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-09-03 20:10:06
.....这个残基名字就是指水和甲烷，改成SOL和另外一个名字就行。

甲烷的名字不知道怎么改呀
赞一下 回复此楼
4楼2014-09-09 09:43:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

孜孜--

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 870277182 at 2014-09-05 16:24:15
你应该去立场文件里找对应的名字，后缀应该是一个.itp文件，改成一致的就好了

甲烷分子的找不到。
赞一下 回复此楼
5楼2014-09-09 10:13:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 孜孜-- at 2014-09-09 09:43:34
甲烷的名字不知道怎么改呀...

用的力场是什么力场？体系是不是合适用粗粒化的方法？
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

青青白白123
gromacs
6楼2014-09-09 17:00:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

孜孜--

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2014-09-09 17:00:21
用的力场是什么力场？体系是不是合适用粗粒化的方法？...

united atom for methane,TIP4P for water.
赞一下 回复此楼
7楼2014-09-09 20:14:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

孜孜--

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2014-09-09 17:00:21
用的力场是什么力场？体系是不是合适用粗粒化的方法？...

我在尝试的过程选择的是gromos43a1和spc,甲烷还是不知道改成什么，应该怎么办？还请大侠帮帮忙，谢谢。
赞一下 回复此楼
8楼2014-09-10 19:09:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 孜孜-- at 2014-09-10 19:09:30
我在尝试的过程选择的是gromos43a1和spc,甲烷还是不知道改成什么，应该怎么办？还请大侠帮帮忙，谢谢。...

如果可以的话，把甲烷当做一个整体可以么，有些力场是有这个残基名字的，比方说CH4这种，既然你可以用联合原子模型，应该可以这么用
赞一下 回复此楼
gromacs
9楼2014-09-10 19:11:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

孜孜--

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2014-09-09 17:00:21
用的力场是什么力场？体系是不是合适用粗粒化的方法？...

请问是不是要在gromos43a1.ff文件里加methanes.itp文件啊，是要自己编写.itp文件吗？
赞一下 回复此楼
10楼2014-09-10 19:17:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 孜孜-- 的主题更新
181/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 土木水利专硕276分求调剂 +3 我想上学！！6 2026-04-05 5/250 2026-04-06 18:50 by 我想上学！！6
[考研] 材料求调剂 +14 一样YWY 2026-04-05 14/700 2026-04-06 14:09 by lqwchd
[考研] 专硕0854初试考材科基，求调剂 +6 3220548044 2026-04-06 9/450 2026-04-06 10:26 by barlinike
[考研] 372分，材料与化工，一志愿湖南大学，求调剂 +3 蓝笺片 2026-04-01 3/150 2026-04-06 09:04 by 无际的草原
[考研] 0854电子信息319求调剂（接受跨专业调剂） +3 星星不眨眼喽 2026-04-05 3/150 2026-04-05 20:20 by 啵啵啵0119
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +8 相信必会光芒万� 2026-04-05 10/500 2026-04-05 12:19 by Hdyxbekcb
[考研] 083200 333求调剂 +3 十二！！ 2026-04-04 3/150 2026-04-05 08:28 by barlinike
[考研] 294求调剂 +6 Grey_Ey 2026-04-02 9/450 2026-04-04 22:07 by hemengdong
[考研] 283分求调剂 +7 小聂爱学习 2026-04-03 7/350 2026-04-04 21:51 by hemengdong
[考研] 求调剂：085600材料与化工，考材科基，总分319 +21 678lucky 2026-03-31 26/1300 2026-04-04 16:22 by dongzh2009
[考研] 293分求调剂，外语为俄语 +6 加一一九 2026-03-31 6/300 2026-04-04 14:57 by 聪明的大松鼠
[考研] 325求调剂 +4 春风不借意 2026-04-04 4/200 2026-04-04 14:46 by 湘农储能材料
[考研] 309求调剂 +6 刘刘刘1231 2026-04-02 7/350 2026-04-04 13:41 by liucky
[考研] 338求调剂 +4 zzz，，r 2026-04-03 4/200 2026-04-03 16:39 by lijunpoly
[考研] 289-求调剂 +4 这里是_ 2026-04-03 4/200 2026-04-03 14:23 by 1753564080
[考研] 求调剂 +3 心想事成可 2026-04-03 3/150 2026-04-03 11:22 by wangjy2002
[考研] 0856初试324分求调剂 +6 想上学求调 2026-04-01 6/300 2026-04-02 11:42 by 星空星月
[考研] 求调剂0703 +5 周嘉尧 2026-03-31 8/400 2026-04-01 20:32 by ltltkkk
[考研] 一志愿西交大080500材料学硕349 +6 jqx1258 2026-03-31 7/350 2026-03-31 21:08 by yuq
[考研] 080500-315分复试调剂 +9 上岸3821 2026-03-31 9/450 2026-03-31 17:29 by 唐沐儿
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭