| 查看: 3653 | 回复: 17 | ||||
[求助]
关于gromacs残基不识别的问题 已有2人参与
|
|
各位大侠本人新手，在MS中建立好模型保存为PDB格式，在GROMACS 的pdb2gmx文件转换过程中提示残基WTR、XXX不识别，应该怎么修改啊，模型中就只有甲烷和水分子。望各位大侠帮忙谢谢。PDB部分文件如下： ATOM 116 H1 WTR 0 -8.433 -8.515 3.297 1.00 0.00 H ATOM 117 H2 WTR 0 -7.625 -8.475 4.565 1.00 0.00 H ATOM 118 O WTR 0 -9.454 -9.539 2.321 1.00 0.00 O ATOM 119 H1 WTR 0 -8.999 -9.838 1.505 1.00 0.00 H ATOM 120 H2 WTR 0 -10.247 -9.092 1.954 1.00 0.00 H ATOM 121 O WTR 0 -2.009 -9.658 2.177 1.00 0.00 O ATOM 122 H1 WTR 0 -2.512 -9.050 2.761 1.00 0.00 H ATOM 123 H2 WTR 0 -1.229 -9.113 1.937 1.00 0.00 H ATOM 124 O WTR 0 -5.716 -7.193 2.189 1.00 0.00 O ATOM 125 H1 WTR 0 -6.500 -7.367 2.752 1.00 0.00 H ATOM 126 H2 WTR 0 -5.714 -6.211 2.162 1.00 0.00 H ATOM 127 O WTR 0 -3.590 -8.038 3.731 1.00 0.00 O ATOM 128 H1 WTR 0 -4.330 -7.757 3.150 1.00 0.00 H ATOM 129 H2 WTR 0 -3.184 -7.171 3.949 1.00 0.00 H ATOM 130 O WTR 0 -9.418 -5.722 4.469 1.00 0.00 O ATOM 131 H1 WTR 0 -8.863 -6.498 4.242 1.00 0.00 H ATOM 132 H2 WTR 0 -8.846 -4.995 4.141 1.00 0.00 H ATOM 133 O WTR 0 -10.370 -11.708 3.687 1.00 0.00 O ATOM 134 H1 WTR 0 -10.014 -10.888 3.282 1.00 0.00 H ATOM 135 H2 WTR 0 -9.803 -11.777 4.485 1.00 0.00 H ATOM 136 O WTR 0 -1.248 -11.771 3.740 1.00 0.00 O ATOM 137 H1 WTR 0 -1.456 -11.015 3.149 1.00 0.00 H ATOM 138 H2 WTR 0 -0.267 -11.746 3.746 1.00 0.00 H ATOM 139 C1 XXX 0 -5.422 0.024 3.023 1.00 0.00 C ATOM 140 H1 XXX 0 -4.383 0.390 2.934 1.00 0.00 H ATOM 141 H2 XXX 0 -5.419 -1.076 3.125 1.00 0.00 H ATOM 142 H3 XXX 0 -5.894 0.477 3.914 1.00 0.00 H ATOM 143 H4 XXX 0 -5.992 0.310 2.120 1.00 0.00 H ATOM 144 C2 XXX 0 -6.142 0.286 8.925 1.00 0.00 C ATOM 145 H5 XXX 0 -6.566 1.304 8.992 1.00 0.00 H ATOM 146 H6 XXX 0 -5.568 0.067 9.844 1.00 0.00 H ATOM 147 H7 XXX 0 -6.960 -0.449 8.817 1.00 0.00 H ATOM 148 H8 XXX 0 -5.470 0.224 8.050 1.00 0.00 H ATOM 149 C3 XXX 0 -2.801 6.039 -0.315 1.00 0.00 C ATOM 150 H9 XXX 0 -2.026 6.284 0.435 1.00 0.00 H ATOM 151 H10 XXX 0 -2.549 6.527 -1.274 1.00 0.00 H ATOM 152 H11 XXX 0 -2.845 4.944 -0.457 1.00 0.00 H ATOM 153 H12 XXX 0 -3.782 6.406 0.039 1.00 0.00 H |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MDs-Gromacs | 新能源 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
aken5555» 猜你喜欢
估计是周四
已经有3人回复
-
基金啊基金
已经有3人回复
-
科研孤儿太难了
已经有15人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有10人回复
-
言之凿凿，明天官网会通知放榜？
已经有17人回复
-
时间戳又变了
已经有17人回复
-
今天系统多次维护，明天很可能放榜！
已经有11人回复
-
时间戳变了，能看出什么问题？
已经有23人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有22人回复
-
放榜前的不淡定
已经有12人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs进行分子模拟时，pdb2gmx不认识小分子残基，怎么办，以及如何导入糖的力场
已经有8人回复
- amber 里生成pdb文件的命令
已经有8人回复
- 请教关于gromacs计算单个氨基酸残基与配体相互作用能的问题
已经有5人回复
- tinker使用oplsaa力场的原子类型定义问题
已经有4人回复
- 小分子的pdb文件怎么获得？
已经有6人回复
- 请问如何获取小分子的pdb文件
已经有13人回复
- Gromacs中添加CHARMM力场
已经有41人回复
- Sybyl中，可不可以将分子随意放到蛋白质某个氨基酸残基附近？
已经有6人回复
- gromacs oplsaa 力场中的原子类型
已经有6人回复
- gmx不认小分子PDB残基怎么办？？
已经有4人回复
- 重组蛋白前面会不会有其他的氨基酸残基
已经有11人回复
- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】heme中三价铁的力场参数
已经有10人回复
- 【求助】有关gromacs得两个问题
已经有10人回复
- 【求助】PDB文件的数据怎么看？
已经有9人回复
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1215.1
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.5小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
2楼2014-09-03 20:10:06
3楼2014-09-05 16:24:15
4楼2014-09-09 09:43:34
5楼2014-09-09 10:13:48
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1215.1
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.5小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
6楼2014-09-09 17:00:21
7楼2014-09-09 20:14:01
8楼2014-09-10 19:09:30
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1215.1
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.5小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
9楼2014-09-10 19:11:35
10楼2014-09-10 19:17:17
40