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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs oplsaa 力场中的原子类型
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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] gromacs oplsaa 力场中的原子类型

请高手给个gromacs oplsaa 力场，个原子类型的描述，如：CA, CB, CW, C_2, C_3 各是什么类型的C原子？或者给个网站或数据库之类的。谢谢！
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奋斗中的小木虫
1楼 2012-05-22 11:05:51
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604758762

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-22 20:55:24
在gromacs安装软件的top里面有
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2楼2012-05-22 20:46:52
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 604758762 at 2012-05-22 20:46:52
在gromacs安装软件的top里面有

请问你是指 ffbonded.itp, ffnonbonded.itp, forcefield.itp, gbsa.itp 还是什么？我看了里面没有具体的描述。问了师兄，也都说没见到具体描述。请你说得具体点好吗？谢谢!
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奋斗中的小木虫
3楼2012-05-25 09:59:58
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604758762

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-25 10:54:29
引用回帖:
3楼: Originally posted by mengsk at 2012-05-25 09:59:58
请问你是指 ffbonded.itp, ffnonbonded.itp, forcefield.itp, gbsa.itp 还是什么？我看了里面没有具体的描述。问了师兄，也都说没见到具体描述。请你说得具体点好吗？谢谢!

应该是在.rtp文件里面，和上面说的几个文件在一个文件夹下
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4楼2012-05-25 10:41:04
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mengsk

金虫 (著名写手)
rtp是写残基力场的输入文件，怎么可能会有原子类型的具体描述。不是想生气，是的很上火，也不确定自己的回答是否是别人需要的，至少我再回答之前肯定会自己先check一下。还有一些有过几年学习经验的人，可能真懂得不少，但是对别人的问题回答的很笼统，耍官腔，有些甚至是错的。也请管理员至少大概看一下回帖的人回答的是否靠谱再给加分之类的，营造一个好的学术环境也是很重要的。我发了几次求助文献的，回帖的人完全不靠谱，竟然也给加金币，加金币事小，我这问题还没解决你给来个已经完成，别人也就不能来帮助我了啊！这世道真是无语，各行各业都一个德行！
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奋斗中的小木虫
5楼2012-05-28 17:31:24
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visualization

金虫 (小有名气)
oplsaa力场中原子类型的名字不是CA，CB，CW之类的吧？而是opls-001这样排号的。在rtp文件里各残基中出现的CA,CB中的AB之类，是残基中的C的编号。假如做的分子不是生物分子是个碳链，那么就像itp文件里atom那一列，完全可以自己定义C1,C2...C10，它在力场中的原子类型定义还是opls_xxx. 原子类型的描述在atp文件里有
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6楼2012-05-29 17:51:12
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by visualization at 2012-05-29 17:51:12
oplsaa力场中原子类型的名字不是CA，CB，CW之类的吧？而是opls-001这样排号的。在rtp文件里各残基中出现的CA,CB中的AB之类，是残基中的C的编号。假如做的分子不是生物分子是个碳链，那么就像itp文件里atom那一列，完 ...

对，opls-aa的原子类型是opls_XXX的形式，CA、CB、CW与其有对应关系，在gromacs/top/oplsaa.ff/ffnonbonded.itp文件中，
如：
opls_135   CT
opls_141   CM
opls_150   C=
...
你在ffbonded.itp中定义键长、键角、二面角之类的用的就是后一种形式。

恩，原子类型的描述就在atomtypes.atp文件中，不过都不详细。
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奋斗中的小木虫
7楼2012-05-30 22:04:24
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