应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs oplsaa 力场中的原子类型
71/1返回列表
查看: 3518  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] gromacs oplsaa 力场中的原子类型

请高手给个gromacs oplsaa 力场，个原子类型的描述，如：CA, CB, CW, C_2, C_3 各是什么类型的C原子？或者给个网站或数据库之类的。谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
奋斗中的小木虫
1楼 2012-05-22 11:05:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

604758762

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-22 20:55:24
在gromacs安装软件的top里面有
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-22 20:46:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 604758762 at 2012-05-22 20:46:52
在gromacs安装软件的top里面有

请问你是指 ffbonded.itp, ffnonbonded.itp, forcefield.itp, gbsa.itp 还是什么？我看了里面没有具体的描述。问了师兄，也都说没见到具体描述。请你说得具体点好吗？谢谢!
赞一下 回复此楼
奋斗中的小木虫
3楼2012-05-25 09:59:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

604758762

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-25 10:54:29
引用回帖:
3楼: Originally posted by mengsk at 2012-05-25 09:59:58
请问你是指 ffbonded.itp, ffnonbonded.itp, forcefield.itp, gbsa.itp 还是什么？我看了里面没有具体的描述。问了师兄，也都说没见到具体描述。请你说得具体点好吗？谢谢!

应该是在.rtp文件里面，和上面说的几个文件在一个文件夹下
赞一下 回复此楼
4楼2012-05-25 10:41:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengsk

金虫 (著名写手)
rtp是写残基力场的输入文件，怎么可能会有原子类型的具体描述。不是想生气，是的很上火，也不确定自己的回答是否是别人需要的，至少我再回答之前肯定会自己先check一下。还有一些有过几年学习经验的人，可能真懂得不少，但是对别人的问题回答的很笼统，耍官腔，有些甚至是错的。也请管理员至少大概看一下回帖的人回答的是否靠谱再给加分之类的，营造一个好的学术环境也是很重要的。我发了几次求助文献的，回帖的人完全不靠谱，竟然也给加金币，加金币事小，我这问题还没解决你给来个已经完成，别人也就不能来帮助我了啊！这世道真是无语，各行各业都一个德行！
赞一下(1人) 回复此楼
奋斗中的小木虫
5楼2012-05-28 17:31:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)
oplsaa力场中原子类型的名字不是CA，CB，CW之类的吧？而是opls-001这样排号的。在rtp文件里各残基中出现的CA,CB中的AB之类，是残基中的C的编号。假如做的分子不是生物分子是个碳链，那么就像itp文件里atom那一列，完全可以自己定义C1,C2...C10，它在力场中的原子类型定义还是opls_xxx. 原子类型的描述在atp文件里有
赞一下 回复此楼
6楼2012-05-29 17:51:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by visualization at 2012-05-29 17:51:12
oplsaa力场中原子类型的名字不是CA，CB，CW之类的吧？而是opls-001这样排号的。在rtp文件里各残基中出现的CA,CB中的AB之类，是残基中的C的编号。假如做的分子不是生物分子是个碳链，那么就像itp文件里atom那一列，完 ...

对，opls-aa的原子类型是opls_XXX的形式，CA、CB、CW与其有对应关系，在gromacs/top/oplsaa.ff/ffnonbonded.itp文件中，
如：
opls_135   CT
opls_141   CM
opls_150   C=
...
你在ffbonded.itp中定义键长、键角、二面角之类的用的就是后一种形式。

恩，原子类型的描述就在atomtypes.atp文件中，不过都不详细。
赞一下(2人) 回复此楼
奋斗中的小木虫
7楼2012-05-30 22:04:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mengsk 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 6/300 2026-11-14 08:59 by dHydBGAkDh6v
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +6 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 7/350 2026-11-13 10:55 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:20 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +7 czAiolzR0IJC 2026-11-10 9/450 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-12 10:38 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:30 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:14 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +7 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-12 10:03 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-12 09:46 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 9/450 2026-11-12 09:24 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +8 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 12/600 2026-11-12 09:21 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 6/300 2026-11-12 07:09 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-12 06:25 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 10/500 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 4/200 2026-11-12 02:23 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 7/350 2026-11-12 00:44 by 9fOTqj074tIg
[考博] 申请环境，微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭