应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs oplsaa 力场中的原子类型
51/1返回列表
查看: 3307  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] gromacs oplsaa 力场中的原子类型

请高手给个gromacs oplsaa 力场，个原子类型的描述，如：CA, CB, CW, C_2, C_3 各是什么类型的C原子？或者给个网站或数据库之类的。谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
奋斗中的小木虫
1楼 2012-05-22 11:05:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)
oplsaa力场中原子类型的名字不是CA，CB，CW之类的吧？而是opls-001这样排号的。在rtp文件里各残基中出现的CA,CB中的AB之类，是残基中的C的编号。假如做的分子不是生物分子是个碳链，那么就像itp文件里atom那一列，完全可以自己定义C1,C2...C10，它在力场中的原子类型定义还是opls_xxx. 原子类型的描述在atp文件里有
赞一下 回复此楼
6楼2012-05-29 17:51:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

604758762

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-22 20:55:24
在gromacs安装软件的top里面有
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-22 20:46:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 604758762 at 2012-05-22 20:46:52
在gromacs安装软件的top里面有

请问你是指 ffbonded.itp, ffnonbonded.itp, forcefield.itp, gbsa.itp 还是什么？我看了里面没有具体的描述。问了师兄，也都说没见到具体描述。请你说得具体点好吗？谢谢!
赞一下 回复此楼
奋斗中的小木虫
3楼2012-05-25 09:59:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

604758762

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-25 10:54:29
引用回帖:
3楼: Originally posted by mengsk at 2012-05-25 09:59:58
请问你是指 ffbonded.itp, ffnonbonded.itp, forcefield.itp, gbsa.itp 还是什么？我看了里面没有具体的描述。问了师兄，也都说没见到具体描述。请你说得具体点好吗？谢谢!

应该是在.rtp文件里面，和上面说的几个文件在一个文件夹下
赞一下 回复此楼
4楼2012-05-25 10:41:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 h4CP7TrQR8Lg 2026-08-22 4/200 2026-08-23 20:55 by 0p9y1isJp2jM
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 19:34 by lXgU0RvNTDC9
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 19:22 by lXgU0RvNTDC9
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 7/350 2026-08-23 19:10 by lXgU0RvNTDC9
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 8/400 2026-08-23 18:58 by lXgU0RvNTDC9
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 5/250 2026-08-23 18:55 by lXgU0RvNTDC9
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 h4CP7TrQR8Lg 2026-08-22 5/250 2026-08-23 12:09 by LR9qGULyN2ew
[基金申请] 什么时候开奖？ +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 10/500 2026-08-23 07:17 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 04:04 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 03:40 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭