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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs oplsaa 力场中的原子类型
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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] gromacs oplsaa 力场中的原子类型

请高手给个gromacs oplsaa 力场，个原子类型的描述，如：CA, CB, CW, C_2, C_3 各是什么类型的C原子？或者给个网站或数据库之类的。谢谢！
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奋斗中的小木虫
1楼 2012-05-22 11:05:51
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visualization

金虫 (小有名气)
oplsaa力场中原子类型的名字不是CA，CB，CW之类的吧？而是opls-001这样排号的。在rtp文件里各残基中出现的CA,CB中的AB之类，是残基中的C的编号。假如做的分子不是生物分子是个碳链，那么就像itp文件里atom那一列，完全可以自己定义C1,C2...C10，它在力场中的原子类型定义还是opls_xxx. 原子类型的描述在atp文件里有
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6楼2012-05-29 17:51:12
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604758762

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-22 20:55:24
在gromacs安装软件的top里面有
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2楼2012-05-22 20:46:52
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 604758762 at 2012-05-22 20:46:52
在gromacs安装软件的top里面有

请问你是指 ffbonded.itp, ffnonbonded.itp, forcefield.itp, gbsa.itp 还是什么？我看了里面没有具体的描述。问了师兄，也都说没见到具体描述。请你说得具体点好吗？谢谢!
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奋斗中的小木虫
3楼2012-05-25 09:59:58
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604758762

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-25 10:54:29
引用回帖:
3楼: Originally posted by mengsk at 2012-05-25 09:59:58
请问你是指 ffbonded.itp, ffnonbonded.itp, forcefield.itp, gbsa.itp 还是什么？我看了里面没有具体的描述。问了师兄，也都说没见到具体描述。请你说得具体点好吗？谢谢!

应该是在.rtp文件里面，和上面说的几个文件在一个文件夹下
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4楼2012-05-25 10:41:04
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