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mengsk

金虫 (著名写手)

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[求助] gromacs oplsaa 力场中的原子类型

请高手给个gromacs oplsaa 力场，个原子类型的描述，如：CA, CB, CW, C_2, C_3 各是什么类型的C原子？或者给个网站或数据库之类的。谢谢！

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奋斗中的小木虫

1楼 2012-05-22 11:05:51

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金虫 (小有名气)

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专业: 理论和计算化学

oplsaa力场中原子类型的名字不是CA，CB，CW之类的吧？而是opls-001这样排号的。在rtp文件里各残基中出现的CA,CB中的AB之类，是残基中的C的编号。假如做的分子不是生物分子是个碳链，那么就像itp文件里atom那一列，完全可以自己定义C1,C2...C10，它在力场中的原子类型定义还是opls_xxx. 原子类型的描述在atp文件里有

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6楼2012-05-29 17:51:12

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