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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Sybyl中，可不可以将分子随意放到蛋白质某个氨基酸残基附近？
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lixin240

木虫 (正式写手)

[交流] Sybyl中，可不可以将分子随意放到蛋白质某个氨基酸残基附近？

Sybyl中，可不可以将分子随意放到蛋白质某个氨基酸残基的附近？甚至展示其与氨基酸残基发挥某种作用，想要做这种图，以说明自己的化合物设计目的。
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1楼2013-01-23 15:23:11
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
lixin240: 金币+1, 3Q 2013-01-23 17:30:57
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-01-31 18:37:47
就目前来说好像不太行吧，最多说在某个残基附近
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2楼2013-01-23 16:16:23
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qustwq

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
lixin240: 金币+5, 3q，还有一个小问题，另有金币相赠 2013-01-24 15:23:51
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-31 18:37:38
这个可以手动把它放到你想放的位置，然后显示两者形成的氢键。至于别的作用就不知道怎么显示了
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3楼2013-01-24 09:48:18
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lixin240

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by qustwq at 2013-01-24 09:48:18
这个可以手动把它放到你想放的位置，然后显示两者形成的氢键。至于别的作用就不知道怎么显示了

怎么放呢？这种效果也行，求指点一二～
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4楼2013-01-24 15:23:23
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qustwq

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
lixin240: 金币+5, 3Q 2013-01-24 18:20:28
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-31 18:38:00
把这配体和受体放在两个工作区域里面，选择只移动一个区域内的分子。因为好久不用sybyl了，所以电脑上已经卸载了忘了具体操作步骤了！
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5楼2013-01-24 16:03:48
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lixin240

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by qustwq at 2013-01-24 16:03:48
把这配体和受体放在两个工作区域里面，选择只移动一个区域内的分子。因为好久不用sybyl了，所以电脑上已经卸载了忘了具体操作步骤了！

我这样试过，但是优化好的分子构象不能改变（不知道可不可以去改变？），还有就是放到两个工作区后，在调整分子取向的时候，在空间上分子与蛋白产生了距离，也就是分子取向调节好了就脱离蛋白很远了，不知道我说清楚了没有，呵呵
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6楼2013-01-24 18:22:39
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qustwq

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-31 18:38:15
按照我对你的回复的理解认为，优化好的分子构象刚然不能手动去改变，要不然优化就没有意义了。至于你说的分子取向调节好后离蛋白很远的问题，你尝试一下能否按住鼠标的滚珠移动分子。
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7楼2013-01-31 09:41:05
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