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lixin240

木虫 (正式写手)


[交流] Sybyl中,可不可以将分子随意放到蛋白质某个氨基酸残基附近?

Sybyl中,可不可以将分子随意放到蛋白质某个氨基酸残基的附近?甚至展示其与氨基酸残基发挥某种作用,想要做这种图,以说明自己的化合物设计目的。
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)


★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
lixin240: 金币+1, 3Q 2013-01-23 17:30:57
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-01-31 18:37:47
就目前来说好像不太行吧,最多说在某个残基附近
2楼2013-01-23 16:16:23
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qustwq

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
lixin240: 金币+5, 3q,还有一个小问题,另有金币相赠 2013-01-24 15:23:51
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-31 18:37:38
这个可以手动把它放到你想放的位置,然后显示两者形成的氢键。至于别的作用就不知道怎么显示了
3楼2013-01-24 09:48:18
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lixin240

木虫 (正式写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by qustwq at 2013-01-24 09:48:18
这个可以手动把它放到你想放的位置,然后显示两者形成的氢键。至于别的作用就不知道怎么显示了

怎么放呢?这种效果也行,求指点一二~
4楼2013-01-24 15:23:23
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qustwq

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
lixin240: 金币+5, 3Q 2013-01-24 18:20:28
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-31 18:38:00
把这配体和受体放在两个工作区域里面,选择只移动一个区域内的分子。因为好久不用sybyl了,所以电脑上已经卸载了忘了具体操作步骤了!
5楼2013-01-24 16:03:48
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lixin240

木虫 (正式写手)


引用回帖:
5楼: Originally posted by qustwq at 2013-01-24 16:03:48
把这配体和受体放在两个工作区域里面,选择只移动一个区域内的分子。因为好久不用sybyl了,所以电脑上已经卸载了忘了具体操作步骤了!

我这样试过,但是优化好的分子构象不能改变(不知道可不可以去改变?),还有就是放到两个工作区后,在调整分子取向的时候,在空间上分子与蛋白产生了距离,也就是分子取向调节好了就脱离蛋白很远了,不知道我说清楚了没有,呵呵
6楼2013-01-24 18:22:39
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qustwq

木虫 (正式写手)


★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-31 18:38:15
按照我对你的回复的理解认为,优化好的分子构象刚然不能手动去改变,要不然优化就没有意义了。至于你说的分子取向调节好后离蛋白很远的问题,你尝试一下能否按住鼠标的滚珠移动分子。
7楼2013-01-31 09:41:05
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