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DG33

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何补全蛋白上的缺失残基 已有1人参与

PDB里的蛋白有几个地方有若干残基丢失的情况,怎么补全呢。。。请问各位高人应该咋操作呀,据说DS和Sybyl都可以,或者用MOE。也有提到用同源蛋白坐标叠合的方法。。。小弟是菜鸟一只,这些软件以前都没用过,谨向各位高人求教,不胜感激
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lin_lin_lin

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2012-02-06 17:04:12
MOE 可以非常方便的实现补全PDB 中缺失的残基。导入后可以在序列编辑器中的resdiues selector 中选择Empty Residues ,可以看到缺失的残基。然后选择该条链,复制成fst 的序列文件。再将序列导入序列编辑器中。点击序列编辑器中的Homology Modeler ,选择目标是该序列,模板为原来的结构。进行模建,这样就可以补全模拟缺失的结构了!
7楼2012-02-01 15:59:52
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普通回帖

thetruth345

捐助贵宾 (小有名气)


ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-11-03 09:39:50
DS里面有proteinrefine的protocol,不过没用过不知道好用不。比较好用就是schrodinger里面的protein prep,这个还不错。我也是新手,嘿嘿,只知道这些咯
2楼2011-11-03 09:24:27
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记忆中的单车

金虫 (小有名气)

果断领金币,问李老师
3楼2011-11-03 11:42:53
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DG33

铜虫 (小有名气)

多谢2楼的帮助,能不能说的更具体一点呢,schrodinger操作太复杂了就算了,DS貌似还行,不过还是操作不了,求高人指点啊
4楼2011-11-05 08:41:17
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libaowei

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2012-02-06 17:04:26
我也想知道,怎么把蛋白质晶体中残缺的Loop区补上
也请楼主摸索明白了  指导我下
希望大家共同进步
漫漫人生路
5楼2011-11-07 15:59:04
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wnzhao

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-11-08 22:05:49
可以使用sybyl的biopolymer模块,比如LYS缺少了侧链,可以使用
biopolymer >>> Composition >>> Mutate Monomers
选择缺少侧链的LYS然后突变成LYS,那么侧链就加上了。
或者还有其他的方法。
6楼2011-11-08 17:09:15
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lovedi

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2012-02-06 17:04:05
可以直接提交到网上比如http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/直接给你结构的,DS也可以,最后反正是要优化。
8楼2012-02-03 11:00:39
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蒙延娟

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2012-02-25 12:14:42
可以用sybyl中biopolymer的Protein Loops进行Search PRODAT Database,选择丢失的残基的代码即可。具体操作可以详看biopolymer的教程相应操作。
let life be beautiful like summer flower !
9楼2012-02-25 09:55:40
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jianchen7882

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 记忆中的单车 at 2011-11-03 11:42:53
果断领金币,问李老师

你好,还记得具体是怎么做的吗,可以给说一下过程不,谢谢!!!!!
莫问前程有归,但求今生无悔
10楼2013-12-04 09:37:44
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