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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 如何补全蛋白上的缺失残基
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DG33

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何补全蛋白上的缺失残基 已有1人参与

PDB里的蛋白有几个地方有若干残基丢失的情况，怎么补全呢。。。请问各位高人应该咋操作呀，据说DS和Sybyl都可以，或者用MOE。也有提到用同源蛋白坐标叠合的方法。。。小弟是菜鸟一只，这些软件以前都没用过，谨向各位高人求教，不胜感激
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1楼 2011-11-02 17:17:18
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lin_lin_lin

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2012-02-06 17:04:12
MOE 可以非常方便的实现补全PDB 中缺失的残基。导入后可以在序列编辑器中的resdiues selector 中选择Empty Residues ，可以看到缺失的残基。然后选择该条链，复制成fst 的序列文件。再将序列导入序列编辑器中。点击序列编辑器中的Homology Modeler ,选择目标是该序列，模板为原来的结构。进行模建，这样就可以补全模拟缺失的结构了！
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7楼2012-02-01 15:59:52
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普通回帖

thetruth345

捐助贵宾 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-11-03 09:39:50
DS里面有proteinrefine的protocol，不过没用过不知道好用不。比较好用就是schrodinger里面的protein prep，这个还不错。我也是新手，嘿嘿，只知道这些咯
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2楼2011-11-03 09:24:27
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记忆中的单车

金虫 (小有名气)
果断领金币，问李老师
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3楼2011-11-03 11:42:53
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DG33

铜虫 (小有名气)
多谢2楼的帮助，能不能说的更具体一点呢，schrodinger操作太复杂了就算了，DS貌似还行，不过还是操作不了，求高人指点啊
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4楼2011-11-05 08:41:17
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libaowei

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2012-02-06 17:04:26
我也想知道，怎么把蛋白质晶体中残缺的Loop区补上
也请楼主摸索明白了  指导我下
希望大家共同进步
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漫漫人生路
5楼2011-11-07 15:59:04
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wnzhao

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-11-08 22:05:49
可以使用sybyl的biopolymer模块，比如LYS缺少了侧链，可以使用
biopolymer >>> Composition >>> Mutate Monomers
选择缺少侧链的LYS然后突变成LYS，那么侧链就加上了。
或者还有其他的方法。
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6楼2011-11-08 17:09:15
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lovedi

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2012-02-06 17:04:05
可以直接提交到网上比如http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/直接给你结构的，DS也可以，最后反正是要优化。
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8楼2012-02-03 11:00:39
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蒙延娟

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2012-02-25 12:14:42
可以用sybyl中biopolymer的Protein Loops进行Search PRODAT Database，选择丢失的残基的代码即可。具体操作可以详看biopolymer的教程相应操作。
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let life be beautiful like summer flower !
9楼2012-02-25 09:55:40
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jianchen7882

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 记忆中的单车 at 2011-11-03 11:42:53
果断领金币，问李老师

你好，还记得具体是怎么做的吗，可以给说一下过程不，谢谢！！！！！
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莫问前程有归，但求今生无悔
10楼2013-12-04 09:37:44
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