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DG33

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何补全蛋白上的缺失残基 已有1人参与

PDB里的蛋白有几个地方有若干残基丢失的情况,怎么补全呢。。。请问各位高人应该咋操作呀,据说DS和Sybyl都可以,或者用MOE。也有提到用同源蛋白坐标叠合的方法。。。小弟是菜鸟一只,这些软件以前都没用过,谨向各位高人求教,不胜感激
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lin_lin_lin

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2012-02-06 17:04:12
MOE 可以非常方便的实现补全PDB 中缺失的残基。导入后可以在序列编辑器中的resdiues selector 中选择Empty Residues ,可以看到缺失的残基。然后选择该条链,复制成fst 的序列文件。再将序列导入序列编辑器中。点击序列编辑器中的Homology Modeler ,选择目标是该序列,模板为原来的结构。进行模建,这样就可以补全模拟缺失的结构了!
7楼2012-02-01 15:59:52
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thetruth345

捐助贵宾 (小有名气)


ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-11-03 09:39:50
DS里面有proteinrefine的protocol,不过没用过不知道好用不。比较好用就是schrodinger里面的protein prep,这个还不错。我也是新手,嘿嘿,只知道这些咯
2楼2011-11-03 09:24:27
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记忆中的单车

金虫 (小有名气)

果断领金币,问李老师
3楼2011-11-03 11:42:53
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DG33

铜虫 (小有名气)

多谢2楼的帮助,能不能说的更具体一点呢,schrodinger操作太复杂了就算了,DS貌似还行,不过还是操作不了,求高人指点啊
4楼2011-11-05 08:41:17
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