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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 如何补全蛋白上的缺失残基
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DG33

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何补全蛋白上的缺失残基 已有1人参与

PDB里的蛋白有几个地方有若干残基丢失的情况，怎么补全呢。。。请问各位高人应该咋操作呀，据说DS和Sybyl都可以，或者用MOE。也有提到用同源蛋白坐标叠合的方法。。。小弟是菜鸟一只，这些软件以前都没用过，谨向各位高人求教，不胜感激
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1楼 2011-11-02 17:17:18
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记忆中的单车

金虫 (小有名气)
果断领金币，问李老师
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3楼2011-11-03 11:42:53
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thetruth345

捐助贵宾 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-11-03 09:39:50
DS里面有proteinrefine的protocol，不过没用过不知道好用不。比较好用就是schrodinger里面的protein prep，这个还不错。我也是新手，嘿嘿，只知道这些咯
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2楼2011-11-03 09:24:27
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DG33

铜虫 (小有名气)
多谢2楼的帮助，能不能说的更具体一点呢，schrodinger操作太复杂了就算了，DS貌似还行，不过还是操作不了，求高人指点啊
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4楼2011-11-05 08:41:17
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libaowei

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2012-02-06 17:04:26
我也想知道，怎么把蛋白质晶体中残缺的Loop区补上
也请楼主摸索明白了  指导我下
希望大家共同进步
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漫漫人生路
5楼2011-11-07 15:59:04
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