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DG33

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何补全蛋白上的缺失残基 已有1人参与

PDB里的蛋白有几个地方有若干残基丢失的情况,怎么补全呢。。。请问各位高人应该咋操作呀,据说DS和Sybyl都可以,或者用MOE。也有提到用同源蛋白坐标叠合的方法。。。小弟是菜鸟一只,这些软件以前都没用过,谨向各位高人求教,不胜感激
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wnzhao

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-11-08 22:05:49
可以使用sybyl的biopolymer模块,比如LYS缺少了侧链,可以使用
biopolymer >>> Composition >>> Mutate Monomers
选择缺少侧链的LYS然后突变成LYS,那么侧链就加上了。
或者还有其他的方法。
6楼2011-11-08 17:09:15
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thetruth345

捐助贵宾 (小有名气)


ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-11-03 09:39:50
DS里面有proteinrefine的protocol,不过没用过不知道好用不。比较好用就是schrodinger里面的protein prep,这个还不错。我也是新手,嘿嘿,只知道这些咯
2楼2011-11-03 09:24:27
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记忆中的单车

金虫 (小有名气)

果断领金币,问李老师
3楼2011-11-03 11:42:53
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DG33

铜虫 (小有名气)

多谢2楼的帮助,能不能说的更具体一点呢,schrodinger操作太复杂了就算了,DS貌似还行,不过还是操作不了,求高人指点啊
4楼2011-11-05 08:41:17
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