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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 添加氨基酸残基
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)

[求助] 添加氨基酸残基

本人在做两个蛋白质的融合，中间需要添加一段连接多肽，想模拟一下融合之后的蛋白质构象会不会发生变化，两个蛋白质的pdb我已经做好了，怎么添加多肽的？
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1楼 2011-11-25 19:23:48
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jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-26 19:35:32
没有结构，那一般同源模建好了
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2楼2011-11-26 09:20:43
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jawang at 2011-11-26 09:20:43:
没有结构，那一般同源模建好了

我用sybyl试过了，只能模建其中同源性最高的，能不能用多个模板做呢
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3楼2011-11-26 15:13:13
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jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-26 19:36:02
引用回帖:
3楼: Originally posted by lmzxcom1 at 2011-11-26 15:13:13:
我用sybyl试过了，只能模建其中同源性最高的，能不能用多个模板做呢

可以使用多个模板，多建出几个模型，然后从中选取最可能的
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4楼2011-11-26 15:57:44
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jawang at 2011-11-26 15:57:44:
可以使用多个模板，多建出几个模型，然后从中选取最可能的

不知道我说清楚了没，我有两个蛋白质，用氨基酸连接起来之后形成一个大蛋白质，制作fasta文件，模建的过程只能构建其中一个蛋白质，另一部分会被miss的
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5楼2011-11-26 17:02:19
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jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-11-26 19:36:09
引用回帖:
5楼: Originally posted by lmzxcom1 at 2011-11-26 17:02:19:
不知道我说清楚了没，我有两个蛋白质，用氨基酸连接起来之后形成一个大蛋白质，制作fasta文件，模建的过程只能构建其中一个蛋白质，另一部分会被miss的

确实没懂，你不是只缺少连接的部分吗？同源模建这部分就好了
另外两个蛋白你不是说都有了的吗？
难道要全部模建那大蛋白？
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6楼2011-11-26 19:13:53
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jawang at 2011-11-26 19:13:53:
确实没懂，你不是只缺少连接的部分吗？同源模建这部分就好了
另外两个蛋白你不是说都有了的吗？
难道要全部模建那大蛋白？

你意思是我把中间缺失的单独模建出来，再接上去么？怎么接上去的
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7楼2011-11-26 21:30:19
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jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lmzxcom1(金币+10): 谢谢 2011-11-28 10:04:09
引用回帖:
7楼: Originally posted by lmzxcom1 at 2011-11-26 21:30:19:
你意思是我把中间缺失的单独模建出来，再接上去么？怎么接上去的

我当时用的是sybyl7,里面的loop搜寻，就是这样子的，指定好loop连接的起始和结尾的蛋白质，然后执行模建，就可以建出连接这两部分的loop了。
你看看这部分的manul吧
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8楼2011-11-28 08:35:06
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