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lmzxcom1

金虫 (著名写手)

[求助] 添加氨基酸残基

本人在做两个蛋白质的融合,中间需要添加一段连接多肽,想模拟一下融合之后的蛋白质构象会不会发生变化,两个蛋白质的pdb我已经做好了,怎么添加多肽的?
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jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-26 19:35:32
没有结构,那一般同源模建好了
2楼2011-11-26 09:20:43
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jawang at 2011-11-26 09:20:43:
没有结构,那一般同源模建好了

我用sybyl试过了,只能模建其中同源性最高的,能不能用多个模板做呢
3楼2011-11-26 15:13:13
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jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-26 19:36:02
引用回帖:
3楼: Originally posted by lmzxcom1 at 2011-11-26 15:13:13:
我用sybyl试过了,只能模建其中同源性最高的,能不能用多个模板做呢

可以使用多个模板,多建出几个模型,然后从中选取最可能的
4楼2011-11-26 15:57:44
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jawang at 2011-11-26 15:57:44:
可以使用多个模板,多建出几个模型,然后从中选取最可能的

不知道我说清楚了没,我有两个蛋白质,用氨基酸连接起来之后形成一个大蛋白质,制作fasta文件,模建的过程只能构建其中一个蛋白质,另一部分会被miss的
5楼2011-11-26 17:02:19
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jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-11-26 19:36:09
引用回帖:
5楼: Originally posted by lmzxcom1 at 2011-11-26 17:02:19:
不知道我说清楚了没,我有两个蛋白质,用氨基酸连接起来之后形成一个大蛋白质,制作fasta文件,模建的过程只能构建其中一个蛋白质,另一部分会被miss的

确实没懂,你不是只缺少连接的部分吗?同源模建这部分就好了
另外两个蛋白你不是说都有了的吗?
难道要全部模建那大蛋白?
6楼2011-11-26 19:13:53
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jawang at 2011-11-26 19:13:53:
确实没懂,你不是只缺少连接的部分吗?同源模建这部分就好了
另外两个蛋白你不是说都有了的吗?
难道要全部模建那大蛋白?

你意思是我把中间缺失的单独模建出来,再接上去么?怎么接上去的
7楼2011-11-26 21:30:19
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jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lmzxcom1(金币+10): 谢谢 2011-11-28 10:04:09
引用回帖:
7楼: Originally posted by lmzxcom1 at 2011-11-26 21:30:19:
你意思是我把中间缺失的单独模建出来,再接上去么?怎么接上去的

我当时用的是sybyl7,里面的loop搜寻,就是这样子的,指定好loop连接的起始和结尾的蛋白质,然后执行模建,就可以建出连接这两部分的loop了。
你看看这部分的manul吧
8楼2011-11-28 08:35:06
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