24小时热门版块排行榜    

查看: 1988  |  回复: 7

lmzxcom1

金虫 (著名写手)

[求助] 添加氨基酸残基

本人在做两个蛋白质的融合,中间需要添加一段连接多肽,想模拟一下融合之后的蛋白质构象会不会发生变化,两个蛋白质的pdb我已经做好了,怎么添加多肽的?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-26 19:35:32
没有结构,那一般同源模建好了
2楼2011-11-26 09:20:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmzxcom1

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jawang at 2011-11-26 09:20:43:
没有结构,那一般同源模建好了

我用sybyl试过了,只能模建其中同源性最高的,能不能用多个模板做呢
3楼2011-11-26 15:13:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-26 19:36:02
引用回帖:
3楼: Originally posted by lmzxcom1 at 2011-11-26 15:13:13:
我用sybyl试过了,只能模建其中同源性最高的,能不能用多个模板做呢

可以使用多个模板,多建出几个模型,然后从中选取最可能的
4楼2011-11-26 15:57:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmzxcom1

金虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jawang at 2011-11-26 15:57:44:
可以使用多个模板,多建出几个模型,然后从中选取最可能的

不知道我说清楚了没,我有两个蛋白质,用氨基酸连接起来之后形成一个大蛋白质,制作fasta文件,模建的过程只能构建其中一个蛋白质,另一部分会被miss的
5楼2011-11-26 17:02:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-11-26 19:36:09
引用回帖:
5楼: Originally posted by lmzxcom1 at 2011-11-26 17:02:19:
不知道我说清楚了没,我有两个蛋白质,用氨基酸连接起来之后形成一个大蛋白质,制作fasta文件,模建的过程只能构建其中一个蛋白质,另一部分会被miss的

确实没懂,你不是只缺少连接的部分吗?同源模建这部分就好了
另外两个蛋白你不是说都有了的吗?
难道要全部模建那大蛋白?
6楼2011-11-26 19:13:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmzxcom1

金虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jawang at 2011-11-26 19:13:53:
确实没懂,你不是只缺少连接的部分吗?同源模建这部分就好了
另外两个蛋白你不是说都有了的吗?
难道要全部模建那大蛋白?

你意思是我把中间缺失的单独模建出来,再接上去么?怎么接上去的
7楼2011-11-26 21:30:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lmzxcom1(金币+10): 谢谢 2011-11-28 10:04:09
引用回帖:
7楼: Originally posted by lmzxcom1 at 2011-11-26 21:30:19:
你意思是我把中间缺失的单独模建出来,再接上去么?怎么接上去的

我当时用的是sybyl7,里面的loop搜寻,就是这样子的,指定好loop连接的起始和结尾的蛋白质,然后执行模建,就可以建出连接这两部分的loop了。
你看看这部分的manul吧
8楼2011-11-28 08:35:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lmzxcom1 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 能否申诉? +4 echo8914667 2026-08-30 5/250 2026-08-30 21:11 by echo8914667
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 面上意见出来了 +9 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 18/900 2026-08-30 16:47 by 黄鸟于飞Chao
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 29号明天会评吗 +3 笨笨唐 2026-08-28 3/150 2026-08-30 09:29 by cww8181
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +4 349506619 2026-08-28 4/200 2026-08-29 22:41 by alongwaytogo
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 基金不中,共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 国合现在查不到了吗? +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
请填处理意见