24小时热门版块排行榜    

查看: 1967  |  回复: 7

lmzxcom1

金虫 (著名写手)

[求助] 添加氨基酸残基

本人在做两个蛋白质的融合,中间需要添加一段连接多肽,想模拟一下融合之后的蛋白质构象会不会发生变化,两个蛋白质的pdb我已经做好了,怎么添加多肽的?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-26 19:35:32
没有结构,那一般同源模建好了
2楼2011-11-26 09:20:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmzxcom1

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jawang at 2011-11-26 09:20:43:
没有结构,那一般同源模建好了

我用sybyl试过了,只能模建其中同源性最高的,能不能用多个模板做呢
3楼2011-11-26 15:13:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-26 19:36:02
引用回帖:
3楼: Originally posted by lmzxcom1 at 2011-11-26 15:13:13:
我用sybyl试过了,只能模建其中同源性最高的,能不能用多个模板做呢

可以使用多个模板,多建出几个模型,然后从中选取最可能的
4楼2011-11-26 15:57:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmzxcom1

金虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jawang at 2011-11-26 15:57:44:
可以使用多个模板,多建出几个模型,然后从中选取最可能的

不知道我说清楚了没,我有两个蛋白质,用氨基酸连接起来之后形成一个大蛋白质,制作fasta文件,模建的过程只能构建其中一个蛋白质,另一部分会被miss的
5楼2011-11-26 17:02:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-11-26 19:36:09
引用回帖:
5楼: Originally posted by lmzxcom1 at 2011-11-26 17:02:19:
不知道我说清楚了没,我有两个蛋白质,用氨基酸连接起来之后形成一个大蛋白质,制作fasta文件,模建的过程只能构建其中一个蛋白质,另一部分会被miss的

确实没懂,你不是只缺少连接的部分吗?同源模建这部分就好了
另外两个蛋白你不是说都有了的吗?
难道要全部模建那大蛋白?
6楼2011-11-26 19:13:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmzxcom1

金虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jawang at 2011-11-26 19:13:53:
确实没懂,你不是只缺少连接的部分吗?同源模建这部分就好了
另外两个蛋白你不是说都有了的吗?
难道要全部模建那大蛋白?

你意思是我把中间缺失的单独模建出来,再接上去么?怎么接上去的
7楼2011-11-26 21:30:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lmzxcom1(金币+10): 谢谢 2011-11-28 10:04:09
引用回帖:
7楼: Originally posted by lmzxcom1 at 2011-11-26 21:30:19:
你意思是我把中间缺失的单独模建出来,再接上去么?怎么接上去的

我当时用的是sybyl7,里面的loop搜寻,就是这样子的,指定好loop连接的起始和结尾的蛋白质,然后执行模建,就可以建出连接这两部分的loop了。
你看看这部分的manul吧
8楼2011-11-28 08:35:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lmzxcom1 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 我面上完蛋了 +9 且听虎啸 2026-08-20 10/500 2026-08-24 20:08 by 苦寒来香
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤?
[基金申请] 人气不行了 +9 fansofjerry 2026-08-21 9/450 2026-08-24 17:48 by zhaozhengxin
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +6 图啦图啦 2026-08-24 6/300 2026-08-24 17:44 by 小小红帆
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 明天应该可查了!? +4 chengyan1220 2026-08-23 4/200 2026-08-24 08:47 by gloomy6159
[基金申请] 什么时候开奖? +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见