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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】蛋白质上的非正常氨基酸残基参数如何确定
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jiangshengbo

新虫 (初入文坛)

[交流] 【讨论】蛋白质上的非正常氨基酸残基参数如何确定 已有2人参与

蛋白质中的一个天冬氨酸-CH2-CO-NH2中N上一个氢原子被一个糖分子替代了，现在也想将蛋白质和糖分子一起进行模拟，可是糖分子和氨基酸连接处的参数没法确定，现在只知道用gaussian可以计算出连接处的电荷数，二面角，键脚等参数不知道怎么确定，还请各位支招。
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新手
1楼 2011-03-16 11:04:18
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petersen

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-03-16 22:37:50
你这模拟的是糖蛋白吧？不知道你用的什么软件，如果是amber的话，可以参考ambertool，里面有糖蛋白的例子。
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2楼2011-03-16 19:36:00
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jiangshengbo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by petersen at 2011-03-16 19:36:00:
你这模拟的是糖蛋白吧？不知道你用的什么软件，如果是amber的话，可以参考ambertool，里面有糖蛋白的例子。

谢谢，我的确是模拟糖蛋白，但是我在ambertools里面只查到了如何建立糖的参数，糖分子和氨基酸相连接的部分参数应该怎么弄，我还是不清楚。
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新手
3楼2011-03-17 14:34:22
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petersen

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-18 14:09:24
引用回帖:
Originally posted by jiangshengbo at 2011-03-17 14:34:22:
谢谢，我的确是模拟糖蛋白，但是我在ambertools里面只查到了如何建立糖的参数，糖分子和氨基酸相连接的部分参数应该怎么弄，我还是不清楚。

把糖分子改成amber识别的形式，然后用bond命令将连接原子连接起来，例子仔细看下！
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4楼2011-03-18 10:40:25
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