24小时热门版块排行榜    

查看: 1208  |  回复: 3

jiangshengbo

新虫 (初入文坛)

[交流] 【讨论】蛋白质上的非正常氨基酸残基参数如何确定 已有2人参与

蛋白质中的一个天冬氨酸-CH2-CO-NH2中N上一个氢原子被一个糖分子替代了,现在也想将蛋白质和糖分子一起进行模拟,可是糖分子和氨基酸连接处的参数没法确定,现在只知道用gaussian可以计算出连接处的电荷数,二面角,键脚等参数不知道怎么确定,还请各位支招。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

新手
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

petersen

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-03-16 22:37:50
你这模拟的是糖蛋白吧?不知道你用的什么软件,如果是amber的话,可以参考ambertool,里面有糖蛋白的例子。
2楼2011-03-16 19:36:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiangshengbo

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by petersen at 2011-03-16 19:36:00:
你这模拟的是糖蛋白吧?不知道你用的什么软件,如果是amber的话,可以参考ambertool,里面有糖蛋白的例子。

谢谢,我的确是模拟糖蛋白,但是我在ambertools里面只查到了如何建立糖的参数,糖分子和氨基酸相连接的部分参数应该怎么弄,我还是不清楚。
新手
3楼2011-03-17 14:34:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

petersen

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-18 14:09:24
引用回帖:
Originally posted by jiangshengbo at 2011-03-17 14:34:22:
谢谢,我的确是模拟糖蛋白,但是我在ambertools里面只查到了如何建立糖的参数,糖分子和氨基酸相连接的部分参数应该怎么弄,我还是不清楚。

把糖分子改成amber识别的形式,然后用bond命令将连接原子连接起来,例子仔细看下!
4楼2011-03-18 10:40:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jiangshengbo 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[考博] 欢迎申博同学联系 +3 天道酬勤2026686 2026-03-10 7/350 2026-03-15 19:03 by 天道酬勤2026686
[考研] 0703化学调剂,求各位老师收留 +7 秋有木北 2026-03-14 7/350 2026-03-15 17:30 by 小物理化学
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 268求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-14 6/300 2026-03-14 22:20 by 运气yunqi
[基金申请] 现在如何回避去年的某一个专家,不知道名字 +3 zk200107 2026-03-12 6/300 2026-03-14 17:13 by zk200107
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 297求调剂 +4 学海漂泊 2026-03-13 4/200 2026-03-14 11:51 by 热情沙漠
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-09 3/150 2026-03-14 01:57 by JourneyLucky
[考研] 085600求调剂 +3 a邵星池 2026-03-09 3/150 2026-03-14 01:32 by JourneyLucky
[考研] 306求调剂 +4 唐薏薏 2026-03-09 4/200 2026-03-14 01:19 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +6 yfihxh 2026-03-09 6/300 2026-03-14 01:18 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:30 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +8 zchqwer 2026-03-10 8/400 2026-03-14 00:01 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +6 邱gl 2026-03-12 7/350 2026-03-13 23:24 by 邱gl
[考研] 304求调剂 +7 7712b 2026-03-13 7/350 2026-03-13 21:42 by peike
[考研] 考研调剂 +4 芬达46 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:04 by ruiyingmiao
[考研] 化工学硕306求调剂 +9 42838695 2026-03-12 9/450 2026-03-13 10:16 by houyaoxu
[考研] 341求调剂 +4 捣蛋猪猪 2026-03-11 4/200 2026-03-12 14:47 by ruiyingmiao
[考研] 0856材料与化工353分求调剂 +11 NIFFFfff 2026-03-09 11/550 2026-03-10 18:36 by suyuanhai
信息提示
请填处理意见