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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】关于蛋白或者氨基酸柔性问题
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weipiaoxue

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】关于蛋白或者氨基酸柔性问题 已有3人参与

在PDB文件中，可以找到B因子，也就是温度系数，这个系数可以用来反应蛋白质的柔性，我想知道还有没有别的参数可以用来反应蛋白或者说是氨基酸的柔性呢？
  谢谢！
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1楼 2010-10-21 11:10:37
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gxsulong

至尊木虫 (著名写手)
期待高手回答
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霉菌
2楼2010-10-21 20:28:29
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-10-22 09:24:43
引用回帖:
Originally posted by weipiaoxue at 2010-10-21 11:10:37:
在PDB文件中，可以找到B因子，也就是温度系数，这个系数可以用来反应蛋白质的柔性，我想知道还有没有别的参数可以用来反应蛋白或者说是氨基酸的柔性呢？
  谢谢！

反映氨基酸柔性的参数在分子动力学模拟中可用RMSF
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3楼2010-10-21 23:03:45
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weipiaoxue

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-10-21 23:03:45:

反映氨基酸柔性的参数在分子动力学模拟中可用RMSF

谢谢你给我的回答！
    得到的RMSF数值一般都是拿来和B因子做相互验证，感觉上和直接以B因子做柔性指标差不多，在晶体数据库中直接得来的一些参数，很多不理解是干什么的，比如说R因子，自由R因子，RMS，一些角度啊什么的，这些参数里还有是可以体现柔性的吗？ 看过之后感觉只是用来理解得到的晶体是否可信，不知道是不是理解错误了
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4楼2010-10-22 09:39:00
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