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jiangshengbo

新虫 (初入文坛)

[交流] 【讨论】蛋白质上的非正常氨基酸残基参数如何确定 已有2人参与

蛋白质中的一个天冬氨酸-CH2-CO-NH2中N上一个氢原子被一个糖分子替代了,现在也想将蛋白质和糖分子一起进行模拟,可是糖分子和氨基酸连接处的参数没法确定,现在只知道用gaussian可以计算出连接处的电荷数,二面角,键脚等参数不知道怎么确定,还请各位支招。
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新手
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jiangshengbo

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by petersen at 2011-03-16 19:36:00:
你这模拟的是糖蛋白吧?不知道你用的什么软件,如果是amber的话,可以参考ambertool,里面有糖蛋白的例子。

谢谢,我的确是模拟糖蛋白,但是我在ambertools里面只查到了如何建立糖的参数,糖分子和氨基酸相连接的部分参数应该怎么弄,我还是不清楚。
新手
3楼2011-03-17 14:34:22
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petersen

金虫 (小有名气)

★ ★
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zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-03-16 22:37:50
你这模拟的是糖蛋白吧?不知道你用的什么软件,如果是amber的话,可以参考ambertool,里面有糖蛋白的例子。
2楼2011-03-16 19:36:00
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petersen

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-18 14:09:24
引用回帖:
Originally posted by jiangshengbo at 2011-03-17 14:34:22:
谢谢,我的确是模拟糖蛋白,但是我在ambertools里面只查到了如何建立糖的参数,糖分子和氨基酸相连接的部分参数应该怎么弄,我还是不清楚。

把糖分子改成amber识别的形式,然后用bond命令将连接原子连接起来,例子仔细看下!
4楼2011-03-18 10:40:25
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