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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] 求助,已有PDB结构的DS同源建模步骤,谢谢

求助,我想用DS同源建模,已有多个PDB模板可以用,请教怎么操作呢?
网上的教程基本上都是需要n95,或者90数据库,从网上download结构。
我有自己的模版,因此改变了一些步骤来做,但是一直不成功,求指导。谢谢
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870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-17 19:49:58
cfmzxf84: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-03-18 00:16:03
首先把你要建模的目标序列编译成fasta文件
然后打开编好的fasta文件接着打开你要当做模板的pdb文件
接下来在protocol里找到align sequence to template模块,分别放入你的序列文件和pdb文件,修改相应参数
计算完成后打开运行结果然后运行build homology modle放入相应的文件进行运算就ok了。
2楼2012-03-17 19:43:10
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 870609 at 2012-03-17 19:43:10:
首先把你要建模的目标序列编译成fasta文件
然后打开编好的fasta文件接着打开你要当做模板的pdb文件
接下来在protocol里找到align sequence to template模块,分别放入你的序列文件和pdb文件,修改相应参数
计算 ...

再多请教一个问题,我想把小分子配体放入同源建模的蛋白质中,sybyl可以用merge做,但是我merge的时候,总是提示no atoms merged。不知道是不是我操作不对,请问怎么做呢?谢谢
3楼2012-03-18 00:17:52
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870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-18 08:39:31
你说的应该是要做对接吧?sybyl的我没用过,不太知道。ds也可以做,可以通过libdock,ligandfit,cdocker还有flexible docking达到你的目的。你把几种对接算法都试一下找一个最合适的用就行,对接不一定都会出结果的,没有结果的时候就对相关参数进行微调,说白了模拟和对接这东西都很虚的,能解释实际实验现象就行了。
4楼2012-03-18 08:10:05
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 870609 at 2012-03-18 08:10:05:
你说的应该是要做对接吧?sybyl的我没用过,不太知道。ds也可以做,可以通过libdock,ligandfit,cdocker还有flexible docking达到你的目的。你把几种对接算法都试一下找一个最合适的用就行,对接不一定都会出结果 ...

不是对接,我想把小分子根据其他试验结果得到的空间结构放入到受体蛋白中,然后来跑动力学。因为同源建模后有些残基不太合理,对接结果不太好
5楼2012-03-18 09:09:40
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huang0106

木虫 (职业作家)

听所同源建模的结果是需要跑一下动力学的……
6楼2012-03-18 16:39:20
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郝明

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cfmzxf84: 金币+8, 有帮助, 嗯,但是对接结果一直不好,所以想是不是因为残基不合理扭转了,但是不知道怎么检查 2012-03-20 09:09:49
在sybyl中做配体对接用ligand docking
选中结合点处的那几个氨基酸 generate产生位点后
点你的配体对接到那个结合点就可以了
7楼2012-03-20 08:31:56
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by huang0106 at 2012-03-18 16:39:20:
听所同源建模的结果是需要跑一下动力学的……

找不到其他办法,我现在也只能是跑动力学了。
8楼2012-03-20 09:09:13
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

9楼2012-05-18 21:37:04
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

10楼2012-05-18 21:37:17
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