24小时热门版块排行榜    

查看: 3881  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] 求助,已有PDB结构的DS同源建模步骤,谢谢

求助,我想用DS同源建模,已有多个PDB模板可以用,请教怎么操作呢?
网上的教程基本上都是需要n95,或者90数据库,从网上download结构。
我有自己的模版,因此改变了一些步骤来做,但是一直不成功,求指导。谢谢
回复此楼
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by huang0106 at 2012-03-18 16:39:20:
听所同源建模的结果是需要跑一下动力学的……

找不到其他办法,我现在也只能是跑动力学了。
8楼2012-03-20 09:09:13
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-17 19:49:58
cfmzxf84: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-03-18 00:16:03
首先把你要建模的目标序列编译成fasta文件
然后打开编好的fasta文件接着打开你要当做模板的pdb文件
接下来在protocol里找到align sequence to template模块,分别放入你的序列文件和pdb文件,修改相应参数
计算完成后打开运行结果然后运行build homology modle放入相应的文件进行运算就ok了。
2楼2012-03-17 19:43:10
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 870609 at 2012-03-17 19:43:10:
首先把你要建模的目标序列编译成fasta文件
然后打开编好的fasta文件接着打开你要当做模板的pdb文件
接下来在protocol里找到align sequence to template模块,分别放入你的序列文件和pdb文件,修改相应参数
计算 ...

再多请教一个问题,我想把小分子配体放入同源建模的蛋白质中,sybyl可以用merge做,但是我merge的时候,总是提示no atoms merged。不知道是不是我操作不对,请问怎么做呢?谢谢
3楼2012-03-18 00:17:52
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-18 08:39:31
你说的应该是要做对接吧?sybyl的我没用过,不太知道。ds也可以做,可以通过libdock,ligandfit,cdocker还有flexible docking达到你的目的。你把几种对接算法都试一下找一个最合适的用就行,对接不一定都会出结果的,没有结果的时候就对相关参数进行微调,说白了模拟和对接这东西都很虚的,能解释实际实验现象就行了。
4楼2012-03-18 08:10:05
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料080500调剂求收留 +6 一颗meteor 2026-03-13 6/300 2026-03-20 10:41 by EBSD
[论文投稿] 申请回稿延期一个月,编辑同意了。但系统上的时间没变,给编辑又写邮件了,没回复 10+3 wangf9518 2026-03-17 4/200 2026-03-19 23:55 by babero
[考研] 材料与化工求调剂 +7 为学666 2026-03-16 7/350 2026-03-19 14:48 by 尽舜尧1
[考研] 085600材料与化工调剂 324分 +10 llllkkkhh 2026-03-18 12/600 2026-03-19 14:33 by llllkkkhh
[考研] 一志愿天大材料与化工(085600)总分338 +5 蔡大美女 2026-03-13 5/250 2026-03-19 10:44 by 是小刘呀~
[考研] 【同济软件】软件(085405)考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 一志愿西南交大,求调剂 +4 材化逐梦人 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:22 by 007_lilei
[考研] 331求调剂(0703有机化学 +7 ZY-05 2026-03-13 8/400 2026-03-18 14:13 by 007_lilei
[考研] 304求调剂 +12 小熊joy 2026-03-14 13/650 2026-03-18 12:34 by Linda Hu
[考研] 303求调剂 +4 睿08 2026-03-17 6/300 2026-03-18 11:01 by Iveryant
[考研] 0703化学调剂 +3 妮妮ninicgb 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:29 by macy2011
[考研] 332求调剂 +6 Zz版 2026-03-13 6/300 2026-03-17 17:03 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 一志愿南京大学,080500材料科学与工程,调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油!? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[考研] 304求调剂 +7 7712b 2026-03-13 7/350 2026-03-13 21:42 by peike
信息提示
请填处理意见