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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] 同源建模,希望建的蛋白质结构,N端和C端分别使用不同的蛋白模版,请教

对1LCI这个蛋白质建模。
1LCI是蛋白质的完整结构(残基3~550),3IES是其N端与小分子结合之后的结构(残基3~437)
现在我希望N端和3IES完全一样,C端(残基437之后)则根据1LCI来构建
请问用什么软件,怎么做呢?
谢谢大家
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  • 附件 1 : 1LCI.fasta.txt
  • 2012-03-05 11:29:47, 586 bytes
  • 附件 2 : 1LCI_nowater.pdb
  • 2012-03-05 11:29:49, 671.69 K
  • 附件 3 : 3IES_nowater.pdb
  • 2012-03-05 11:29:50, 547.7 K

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godcook

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-03-05 14:36:01
把437以后的片段序列切出来,用easymodeller模建,采用1LCI作为模板。建出来的结构接到3IES。
个人想法,仅供参考。
2楼2012-03-05 11:35:49
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leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2012-03-06 09:04:24
你手头有什么软件,很多软件都 可以这样模建的,首先先将两个模板相似的地方进行alignment,然后就可以选取不同区域建模了啊~~~~~~~~
3楼2012-03-06 00:32:22
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
: Originally posted by leo1252 at 2012-03-06 00:32:22:
你手头有什么软件,很多软件都 可以这样模建的,首先先将两个模板相似的地方进行alignment,然后就可以选取不同区域建模了啊~~~~~~~~

建模的软件我手头有discovery studio , modeller,具体怎么操作呢? 哪个软件比较方便?谢谢
4楼2012-03-06 08:49:49
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leo1252

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cfmzxf84 at 2012-03-06 08:49:49:
建模的软件我手头有discovery studio , modeller,具体怎么操作呢? 哪个软件比较方便?谢谢

Actually, they were based on the same thing (modeller). You can used multiple template using DS.
5楼2012-03-06 16:32:07
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
: Originally posted by leo1252 at 2012-03-06 16:32:07:
Actually, they were based on the same thing (modeller). You can used multiple template using DS.

谢谢啊,我用modeller+easymodeller,可以多模版建模了。但是不知道怎么操作软件来选取不同区域?
6楼2012-03-07 08:58:40
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

7楼2012-05-18 21:39:28
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

8楼2012-05-18 21:39:42
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

9楼2012-05-19 19:58:48
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by ghs25372216 at 2012-05-19 19:58:48:
你建模问题解决了吗?我也遇到了和你同样的问题,能教教我吗?

我也没有解决啊
10楼2012-05-19 22:26:29
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