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lyp1001

木虫 (小有名气)

[求助] 已知N端5个氨基酸,求高手找到整个蛋白序列? 已有1人参与

已知N端5个氨基酸,求高手找到整个蛋白序列?
N端5个氨基酸为ala-arg-val-gln-phe,整个蛋白大小为17~20KD.人源或大肠
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
lyp1001: 金币+1, 这结果我自己也知道,不过还是谢谢你!看来只能通过实验方法来确定了 2012-11-27 09:08:02
The sequence (ARVQF) is probably not long enough to do any searching. Also it seems not a tryptic peptide. Sorry, no answer from me for now unless you give more conditions.
2楼2012-11-26 22:50:46
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零123happy

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
看天: 金币+2, 鼓励 常来 2012-11-27 19:14:59
wizardfan: 能举例说明如果根据氨基酸设计引物吗? 2012-11-28 07:06:04
lyp1001: 金币+1, 感谢参与 2012-12-02 16:45:28
根据这几个氨基酸设计简并引物。然后PCR看能不能P出条带。再将它进行测序翻译成蛋白序列。
生命不息,奋斗不止。
3楼2012-11-27 17:23:12
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与 2012-11-28 07:05:21
lyp1001: 金币+1, 感谢参与 2012-12-02 16:45:41
理论上是不可能的,即使有被归类到同一个酶学编号的酶的基因序列被发布到GENBANK,即使你的这几个氨基酸跟它的末端完全一致,也不能保证你的这个酶序列跟它一致,因为只有变异和进化是不变的。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
4楼2012-11-28 06:08:00
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charliswu

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
lyp1001: 金币+1, 感谢参与 2012-12-02 16:45:54
maybe:Ubx Domain Of Human Ubxd2 Protein
5楼2012-11-28 09:52:43
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renlilove

铜虫 (小有名气)

请问下LZ的问题解决了么?我想问下你的氨基酸序列怎么测定,在哪测定的呢?谢谢
学无止境
6楼2014-07-09 10:54:44
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

只知道N末端5个氨基酸序列就像得出全部序列?不可能!
即使精确鉴定某种已经知道序列的蛋白质是否存在于样品中,也不能如此操作!
如果要鉴定某个纯化的蛋白质样品是否为已知序列的目的蛋白质,那么对于分离生物大分子对于此种生物大分子进行有限酶水解(通常用胰蛋白酶),可以再对于各个水解片段进行MS测定相对分子量;与此同时,用自动测序仪测定N末端和C末端各测定各连续的15个氨基酸左右的氨基酸序列,或者对于此种生物大分子进行有限酶水解(水解酶视蛋白质的相对分子量大小而定,不一定用胰蛋白酶,有必要的话可以用两次不同的水解酶有限水解)后,分别对于两个相邻的水解片段分别用自动测序仪测定序列和用MS测定相对分子量(对于同一次有限水解的每一个蛋白质片段只做一次测定,或者测序或者做MS测定相对分子量),如果这些数据都符合数据库中的与目的蛋白质来源及类型完全相同的蛋白质。
7楼2014-07-09 11:38:00
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