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shihongling

金虫 (小有名气)


[交流] 【求助/交流】根据几个测出的氨基酸序列如何进行比对求motif

已知氨基酸序列,要求比对,求得保守序列motif,详细过程和软件,谢谢。。我用genedoc可以看到相似序列,可是保守的motif怎么求?用什么网站进行分析呢?求详细指导。。
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shihongling

金虫 (小有名气)


好心人帮帮忙啊!
2楼2011-03-17 22:02:59
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shihongling

金虫 (小有名气)


这么多天了还是没有人啊!
3楼2011-03-22 09:18:09
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vs570588

木虫 (正式写手)


我也想知道,我准备设计一对引物
4楼2011-03-22 16:00:31
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chasetju

新虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by shihongling at 2011-03-17 15:09:07:
已知氨基酸序列,要求比对,求得保守序列motif,详细过程和软件,谢谢。。我用genedoc可以看到相似序列,可是保守的motif怎么求?用什么网站进行分析呢?求详细指导。。

给你如下建议:
1.用其家族基因做Alignment,看保守序列。
2.用prosite在网上搜查数据库中的保守蛋白,肯定能找到对应Motif:http://www.expasy.org/prosite/
5楼2011-03-22 18:09:08
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shihongling

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by chasetju at 2011-03-22 18:09:08:
给你如下建议:
1.用其家族基因做Alignment,看保守序列。
2.用prosite在网上搜查数据库中的保守蛋白,肯定能找到对应Motif:http://www.expasy.org/prosite/

我查过了,没有与我的目的蛋白相似的模板,没有已有的三维结构!网站预测不出来……
6楼2011-03-23 09:03:11
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