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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】根据几个测出的氨基酸序列如何进行比对求motif
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shihongling

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】根据几个测出的氨基酸序列如何进行比对求motif

已知氨基酸序列，要求比对，求得保守序列motif，详细过程和软件，谢谢。。我用genedoc可以看到相似序列，可是保守的motif怎么求？用什么网站进行分析呢？求详细指导。。
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1楼2011-03-17 15:09:07
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shihongling

金虫 (小有名气)
好心人帮帮忙啊！
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2楼2011-03-17 22:02:59
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shihongling

金虫 (小有名气)
这么多天了还是没有人啊！
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3楼2011-03-22 09:18:09
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vs570588

木虫 (正式写手)
我也想知道，我准备设计一对引物
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4楼2011-03-22 16:00:31
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chasetju

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by shihongling at 2011-03-17 15:09:07:
已知氨基酸序列，要求比对，求得保守序列motif，详细过程和软件，谢谢。。我用genedoc可以看到相似序列，可是保守的motif怎么求？用什么网站进行分析呢？求详细指导。。

给你如下建议：
1.用其家族基因做Alignment，看保守序列。
2.用prosite在网上搜查数据库中的保守蛋白，肯定能找到对应Motif：http://www.expasy.org/prosite/
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5楼2011-03-22 18:09:08
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shihongling

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by chasetju at 2011-03-22 18:09:08:
给你如下建议：
1.用其家族基因做Alignment，看保守序列。
2.用prosite在网上搜查数据库中的保守蛋白，肯定能找到对应Motif：http://www.expasy.org/prosite/

我查过了，没有与我的目的蛋白相似的模板，没有已有的三维结构！网站预测不出来……
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6楼2011-03-23 09:03:11
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