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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 请问，蛋白质分子在不同温度下的构象能否模拟出来？
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kzyl

银虫 (正式写手)

[求助] 请问，蛋白质分子在不同温度下的构象能否模拟出来？

如题：我想提取在不同温度下蛋白质发生构象变化时的原子坐标，这样就能得到蛋白在不同温度下的构象的三维结构，也就是中间态的结构，不知道用能否实现？用什么软件能得到？请大侠不吝赐教！
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1楼 2012-06-12 09:40:53
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-06-12 15:45:38
kzyl: 金币+5, ★有帮助, 5 2012-06-18 10:38:34
这个很容易得到吧，用任意一个MD模拟软件，模拟不同温度，然后在VMD中导入轨迹文件就能看到不同温度下是三维结构
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2楼2012-06-12 13:44:16
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流,哈哈，z版主解答的更细致！赞一个 2012-06-12 16:17:47
kzyl: 金币+5 2012-06-18 10:38:42
MD是可以实现这种功能的，针对你的目的，gromacs,namd以及AMBER都可以实现，但是要观察到折叠态到非折叠的过程，模拟的时间可能需要足够的长~
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3楼2012-06-12 15:45:31
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kzyl

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-12 15:45:31
MD是可以实现这种功能的，针对你的目的，gromacs,namd以及AMBER都可以实现，但是要观察到折叠态到非折叠的过程，模拟的时间可能需要足够的长~

不知道楼上可知道：用sybyl或DS软件可以达到这个目的吗？
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4楼2012-06-18 10:39:34
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-18 12:57:54
引用回帖:
4楼: Originally posted by kzyl at 2012-06-18 10:39:34
不知道楼上可知道：用sybyl或DS软件可以达到这个目的吗？...

sybyl和DS的长处都不在分子动力学模拟上~我估计比较难以实现，现在做蛋白的变性，大部分看到的软件是我之前说的这些
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5楼2012-06-18 11:23:37
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minwell

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-12 15:45:31
MD是可以实现这种功能的，针对你的目的，gromacs,namd以及AMBER都可以实现，但是要观察到折叠态到非折叠的过程，模拟的时间可能需要足够的长~

我想知道模拟的初始结构呢，是折叠态么？
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6楼2013-02-25 20:28:11
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
6楼: Originally posted by minwell at 2013-02-25 20:28:11
我想知道模拟的初始结构呢，是折叠态么？...

是的
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7楼2013-02-25 20:56:19
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minwell

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zh1987hs at 2013-02-25 20:56:19
是的...

好的，谢谢了。。能做从非折叠态到折叠态的动力学学模拟呢，用什么软件呢？谢谢
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8楼2013-02-26 15:40:57
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by minwell at 2013-02-26 15:40:57
好的，谢谢了。。能做从非折叠态到折叠态的动力学学模拟呢，用什么软件呢？谢谢...

这个貌似用MD做不了，我对具体的原因不是特别了解，不敢瞎说误导你，权且一听哈，就是MD只能取得能量的局部最小值，但是取不到全局最小值，因此很难取到折叠态所具有的构象。
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9楼2013-02-26 22:18:36
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