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kzyl

银虫 (正式写手)

[求助] 请问,蛋白质分子在不同温度下的构象能否模拟出来?

如题:我想提取在不同温度下蛋白质发生构象变化时的原子坐标,这样就能得到蛋白在不同温度下的构象的三维结构,也就是中间态的结构,不知道用能否实现?用什么软件能得到?请大侠不吝赐教!
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流,哈哈,z版主解答的更细致!赞一个 2012-06-12 16:17:47
kzyl: 金币+5 2012-06-18 10:38:42
MD是可以实现这种功能的,针对你的目的,gromacs,namd以及AMBER都可以实现,但是要观察到折叠态到非折叠的过程,模拟的时间可能需要足够的长~
3楼2012-06-12 15:45:31
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查看全部 9 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-06-12 15:45:38
kzyl: 金币+5, 有帮助, 5 2012-06-18 10:38:34
这个很容易得到吧,用任意一个MD模拟软件,模拟不同温度,然后在VMD中导入轨迹文件就能看到不同温度下是三维结构
2楼2012-06-12 13:44:16
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kzyl

银虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-12 15:45:31
MD是可以实现这种功能的,针对你的目的,gromacs,namd以及AMBER都可以实现,但是要观察到折叠态到非折叠的过程,模拟的时间可能需要足够的长~

不知道楼上可知道:用sybyl或DS软件可以达到这个目的吗?
4楼2012-06-18 10:39:34
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-18 12:57:54
引用回帖:
4楼: Originally posted by kzyl at 2012-06-18 10:39:34
不知道楼上可知道:用sybyl或DS软件可以达到这个目的吗?...

sybyl和DS的长处都不在分子动力学模拟上~我估计比较难以实现,现在做蛋白的变性,大部分看到的软件是我之前说的这些
5楼2012-06-18 11:23:37
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