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xulinan木虫 (小有名气)
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[求助]
什么原因可能会引起MD时蛋白构象没有变化？
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前几天用gromacs做了个两个蛋白相互作用的MD。初始的pdb是由单体蛋白MD的预实验中提取的，然后把两个蛋白的坐标文件合并到了一个gro文件。然后用这个合并的结构文件跑了20ns的MD，过程中没有报错。可提数据的时候问题就出现了，我发现在整个过程中那两个蛋白基本没有动过（mdp中也没做冻结或限定）。所有我觉得是不是初始结构文件做的有问题？具体步骤是这样的（之前发帖提到过） 1、用pdb2gmx分别生成两个已知pdb的top、gro和itp文件（为方便描述，两个蛋白下面分别用a、b表示） 2、修改gro文件。将其中b的gro的坐标复制到a的gro文件中（粘贴到a坐标之后就可以），同时修改原子总数。 3、修改top文件。在a的top文件中加入下列内容 ；Include ligand topology # include “b.itp” 最后在[molecules]结尾加：protein 1（分子的名字和数量） 4、之后的就是正常的MD了（建盒子、加溶剂等等） 其实我的目的是将一个蛋白加到另一个蛋白体系中，然后MD观察相互作用，请问上述方法是否欠妥？若有错误请高手指出，提供些其他的方法也很欢迎。不打算做对接，因为文献中是直接随机加入另一个蛋白的，加完后蛋白距离大于cutoff就行，而对接的结构是直接接触的，反应不了过程的变化吧。 |
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