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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗
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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗 已有3人参与

我看的文献上写的水盒子边上的水层厚度大于一半的cutoff（12）就行，没理解错的话应该没错。
我今下午做了一个conf，先把体系固定在水溶液中，水分子不固定，对体系只做优化relax，程序能运行结束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因为只是优化，没有restart文件。刚开始的时候我是想看看pdb文件里谁的坐标变了没有，结果看到水中原子都没变，想了想pdb文件根本不可能变化。想接着上面的把蛋白质坐标解除固定继续做优化、模拟，现在是不是只要把pdb文件里蛋白质b因子改为0，然后 ？我优化了500000步，这个firsttimestep 后面跟500001就行吧

[ Last edited by 574384607 on 2010-6-26 at 20:20 ]
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1楼 2010-06-21 09:54:38
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wujiangjie

木虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-21 19:56:09
574384607(金币+1): 2010-06-21 21:20:44
LZ要psf文件干嘛？在VMD导出中应该可以设置然后得到这个文件吧
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2楼2010-06-21 19:24:58
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-06-21 19:24:58:
LZ要psf文件干嘛？在VMD导出中应该可以设置然后得到这个文件吧

lz是什么意思？你是指的碳纳米管吗，不是吧。
我觉得namd要运行conf文件，应该必定需要调用读取pdb和psf文件吧？
不能成功的通过vmd自动生成cnt的psf文件，网上说是因为拓扑结构不合适的原因
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3楼2010-06-21 21:26:36
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-22 10:52:21
574384607(金币+4): 2010-06-22 15:44:07
已解决, 参考http://www.mdbbs.org/thread-26778-1-1.html
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4楼2010-06-22 10:09:40
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-22 10:09:40:
已解决, 参考http://www.mdbbs.org/thread-26778-1-1.html

先谢谢啦，你说的par我前两个星期好像也看到过，那个文件是干什么的啊
不是力场吧，我先试试，不会的再大哥你请教
非常谢谢
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5楼2010-06-22 15:47:27
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
574384607(金币+5): 2010-06-22 16:53:33
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-22 18:37:06
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-06-22 15:47:27:

先谢谢啦，你说的par我前两个星期好像也看到过，那个文件是干什么的啊
不是力场吧，我先试试，不会的再大哥你请教
非常谢谢

par 是参数文件, 这里用的是苯环上C 的参数类型
SWNT 的参数现在争议很大, 微小的数值改变会引起结果的重大差异
使用时候记得改成你自己的
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-06-22 16:34:08
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-22 10:09:40:
已解决, 参考http://www.mdbbs.org/thread-26778-1-1.html

版主，我没试成功，应该怎么用啊？能不能详细说说啊
看着你说的应该是在tk console里输入的
我想问问是不是在建立起碳纳米管的pdb并且导入之后，再在tk console里面输入如下图：
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7楼2010-06-22 16:50:51
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-22 16:34:08:

par 是参数文件, 这里用的是苯环上C 的参数类型
SWNT 的参数现在争议很大, 微小的数值改变会引起结果的重大差异
使用时候记得改成你自己的

你说的应该是par_all27_prot_lipid.inp 吧，这些东西网上一般找不到吧？
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8楼2010-06-22 16:56:02
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-22 18:37:20
574384607(金币+5): 2010-06-22 19:31:30
source 后这样调用
nanotube2  7.774  32  24
输出文件名nanotube.pdb/psf, 换个名字比如abc.pdb/psf, 可以
nanotube2  7.774  32  24  abc
原子数较多(4736), 整个过程需要1-3分钟, 耐心等一会
对于10000个原子以上的体系可能会有问题, 到时候在拼接吧

par_all27_prot_lipid.inp 是charmm 力场的文件之一, 免费开放的资源很好找
但这个力场是做蛋白质核酸的, 没有专门针对SWNT 的参数
再提醒一下, SWNT 有若干组参数, 各有优劣各成一体, 不能混用
我手头倒是有一组参数, 不过"版权"不是我的, 我不便传播

[ Last edited by bay__gulf on 2010-6-22 at 17:30 ]
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9楼2010-06-22 17:17:06
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-22 17:17:06:
source 后这样调用
nanotube2  7.774  32  24
输出文件名nanotube.pdb/psf, 换个名字比如abc.pdb/psf, 可以
nanotube2  7.774  32  24  abc
原子数较多(4736), 整个过程需要1-3分钟, 耐心等一会
对于10000个 ...

奥，O(∩_∩)O谢谢
这原来不是通过vmd自带的modeling或者别的软件生成的文件导成pdb的啊
应该一样的用吧，你没听说过没有可以直接通过pdb导成psf的吗
你这样做的话，我觉得你确实很有水平，但是初始构型就不如用可视化软件调整方便啦
1。我想问问，我自己理解调整初始构型只是调整的pdb文件里的坐标，应该对psf没影响吧，psf文件仍然能够用吧？
2.我想生物分子与纳米管作用的话，是不是应该怎样建初始构型啊？是不是应该把生物分子和纳米管的pdb坐标文件粘贴到一块就行啊，把psf分类粘贴啊
谢谢版主指点啊
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10楼2010-06-22 20:00:06
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