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574384607

银虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗已有3人参与

我看的文献上写的水盒子边上的水层厚度大于一半的cutoff（12）就行，没理解错的话应该没错。
我今下午做了一个conf，先把体系固定在水溶液中，水分子不固定，对体系只做优化relax，程序能运行结束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因为只是优化，没有restart文件

。刚开始的时候我是想看看pdb文件里谁的坐标变了没有，结果看到水中原子都没变，想了想pdb文件根本不可能变化。想接着上面的把蛋白质坐标解除固定继续做优化、模拟，现在是不是只要把pdb文件里蛋白质b因子改为0，然后

？我优化了500000步，这个firsttimestep 后面跟500001就行吧

[ Last edited by 574384607 on 2010-6-26 at 20:20 ]

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1楼2010-06-21 09:54:38

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

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★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-22 18:37:20
574384607(金币+5): 2010-06-22 19:31:30

source 后这样调用
nanotube2 7.774 32 24
输出文件名nanotube.pdb/psf, 换个名字比如abc.pdb/psf, 可以
nanotube2 7.774 32 24 abc
原子数较多(4736), 整个过程需要1-3分钟, 耐心等一会
对于10000个原子以上的体系可能会有问题, 到时候在拼接吧

par_all27_prot_lipid.inp 是charmm 力场的文件之一, 免费开放的资源很好找
但这个力场是做蛋白质核酸的, 没有专门针对SWNT 的参数
再提醒一下, SWNT 有若干组参数, 各有优劣各成一体, 不能混用
我手头倒是有一组参数, 不过"版权"不是我的, 我不便传播

[ Last edited by bay__gulf on 2010-6-22 at 17:30 ]