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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】用Dmol3优化羟自由基输出文件中找somo
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紫鱼天堂

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用Dmol3优化羟自由基输出文件中找somo 已有3人参与

RT.
近期用dmol3优化了羟自由基得到的部分输出文件如下：

Energy of Highest Occupied Molecular Orbital  -0.25437Ha    -6.922eV
  HOMO is orbital number     9
  LUMO is orbital number    10

    state                         eigenvalue        occupation
                              (au)          (ev)

    1   +   1   a        -18.839821      -512.658     1.000
    2   -   1   a        -18.815997      -512.010     1.000
    3   +   2   a         -0.911999       -24.817     1.000
    4   -   2   a         -0.857755       -23.341     1.000
    5   +   3   a         -0.413550       -11.253     1.000
    6   -   3   a         -0.391548       -10.655     1.000
   7   +   4   a         -0.346673        -9.433     1.000
    8   +   5   a         -0.277333        -7.547     1.000
    9   -   4   a         -0.254372        -6.922     1.000
   10   -   5   a         -0.226063        -6.151     0.000   
11   +   6   a          0.037095         1.009     0.000
   12   -   6   a          0.045284         1.232     0.000


  Orbital occupation is:
    5  a  ( 1) alpha and   4  a  ( 1) beta
  Total number electrons:               9.0

从上面分析来看，羟自由基有9个电子，占据了前五个轨道，其中第五个轨道上有1个电子，那么羟自由基的SOMO轨道应该是第五个轨道吧
但是，如上面斜体，从各个轨道的特征值来看，第8行-5轨道的能值比第9行-4轨道的能值还要低，这样的话确定第五个轨道为SOMO对吗？

注：我使用的泛函是GGA/BLYP，基组选择的是DNP.
还请各位高手多多指点，感激不尽。。。

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-12-21 at 19:21 ]
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1楼 2010-12-21 15:51:03
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ykwang

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ellsaking(金币+1):谢谢解答~ 2010-12-21 19:24:41
根据SOMO的定义应该是：
8   +   5   a         -0.277333        -7.547     1.000
赞一下(2人) 回复此楼
Nothing_Is_Impossible!
2楼2010-12-21 17:20:24
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紫鱼天堂

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-12-21 17:20:24:
根据SOMO的定义应该是：
8   +   5   a         -0.277333        -7.547     1.000

哦，这样的话就是说不用考虑他的特征值量大小了是吗？
多谢多谢
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-21 18:19:15
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ykwang

金虫 (正式写手)
★
ellsaking(金币+1):感谢回帖交流~ 2010-12-21 19:24:55
引用回帖:
Originally posted by 紫鱼天堂 at 2010-12-21 18:19:15:
哦，这样的话就是说不用考虑他的特征值量大小了是吗？
多谢多谢

按照定义应该是这样。
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Nothing_Is_Impossible!
4楼2010-12-21 18:31:46
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紫鱼天堂

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-12-21 18:31:46:


按照定义应该是这样。

额，还想请教一个问题。就还比如羟自由基吧，如果比较羟自由基容不容易进攻其他非自由基基团时，是不是拿羟自由基的SOMO与非自由基基团的HOMO或者LUMO相比较就可以了？与HOMO最接近的话就易得到电子，与LUMO接近的话就易失去电子？
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5楼2010-12-21 18:51:55
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ykwang

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 紫鱼天堂 at 2010-12-21 18:51:55:
额，还想请教一个问题。就还比如羟自由基吧，如果比较羟自由基容不容易进攻其他非自由基基团时，是不是拿羟自由基的SOMO与非自由基基团的HOMO或者LUMO相比较就可以了？与HOMO最接近的话就易得到电子，与LUMO接 ...

我从不用这种半经验规律讨论问题，所以无法判断。
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Nothing_Is_Impossible!
6楼2010-12-21 20:34:56
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farfaraway08

铜虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1186677楼: Originally posted by 紫鱼天堂 at 2010-12-21 15:51:03
RT.
近期用dmol3优化了羟自由基得到的部分输出文件如下：

Energy of Highest Occupied Molecular Orbital  -0.25437Ha    -6.922eV
  HOMO is orbital number     9
  LUMO is orbital number    10

    s ...

楼主您好，请问如何在MS中建立羟基自由基的模型的？谢谢您
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7楼2012-09-25 15:40:33
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紫鱼天堂

金虫 (小有名气)
引用回帖:
1978167楼: Originally posted by farfaraway08 at 2012-09-25 15:40:33
楼主您好，请问如何在MS中建立羟基自由基的模型的？谢谢您...

我是按照MS自带的帮助文件来做的
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8楼2012-11-13 12:48:08
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