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【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗 已有3人参与
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我看的文献上写的水盒子边上的水层厚度大于一半的cutoff（12）就行，没理解错的话应该没错。 我今下午做了一个conf，先把体系固定在水溶液中，水分子不固定，对体系只做优化relax，程序能运行结束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因为只是优化，没有restart文件  。刚开始的时候我是想看看pdb文件里谁的坐标变了没有，结果看到水中原子都没变，想了想pdb文件根本不可能变化。想接着上面的把蛋白质坐标解除固定继续做优化、模拟，现在是不是只要把pdb文件里蛋白质b因子改为0，然后 ？我优化了500000步，这个firsttimestep 后面跟500001就行吧[ Last edited by 574384607 on 2010-6-26 at 20:20 ] |
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3楼2010-06-21 21:26:36
wujiangjie
木虫 (正式写手)
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2楼2010-06-21 19:24:58
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
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- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
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lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-22 10:52:21
574384607(金币+4): 2010-06-22 15:44:07
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-22 10:52:21
574384607(金币+4): 2010-06-22 15:44:07
4楼2010-06-22 10:09:40
5楼2010-06-22 15:47:27
