应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗
231/3返回列表123下一页
查看: 2866  |  回复: 22
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗 已有3人参与

我看的文献上写的水盒子边上的水层厚度大于一半的cutoff（12）就行，没理解错的话应该没错。
我今下午做了一个conf，先把体系固定在水溶液中，水分子不固定，对体系只做优化relax，程序能运行结束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因为只是优化，没有restart文件。刚开始的时候我是想看看pdb文件里谁的坐标变了没有，结果看到水中原子都没变，想了想pdb文件根本不可能变化。想接着上面的把蛋白质坐标解除固定继续做优化、模拟，现在是不是只要把pdb文件里蛋白质b因子改为0，然后 ？我优化了500000步，这个firsttimestep 后面跟500001就行吧

[ Last edited by 574384607 on 2010-6-26 at 20:20 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-06-21 09:54:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wujiangjie

木虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-21 19:56:09
574384607(金币+1): 2010-06-21 21:20:44
LZ要psf文件干嘛？在VMD导出中应该可以设置然后得到这个文件吧
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-06-21 19:24:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-06-21 19:24:58:
LZ要psf文件干嘛？在VMD导出中应该可以设置然后得到这个文件吧

lz是什么意思？你是指的碳纳米管吗，不是吧。
我觉得namd要运行conf文件，应该必定需要调用读取pdb和psf文件吧？
不能成功的通过vmd自动生成cnt的psf文件，网上说是因为拓扑结构不合适的原因
赞一下 回复此楼
3楼2010-06-21 21:26:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-22 10:52:21
574384607(金币+4): 2010-06-22 15:44:07
已解决, 参考http://www.mdbbs.org/thread-26778-1-1.html
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-06-22 10:09:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-22 10:09:40:
已解决, 参考http://www.mdbbs.org/thread-26778-1-1.html

先谢谢啦，你说的par我前两个星期好像也看到过，那个文件是干什么的啊
不是力场吧，我先试试，不会的再大哥你请教
非常谢谢
赞一下 回复此楼
5楼2010-06-22 15:47:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
574384607(金币+5): 2010-06-22 16:53:33
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-22 18:37:06
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-06-22 15:47:27:

先谢谢啦，你说的par我前两个星期好像也看到过，那个文件是干什么的啊
不是力场吧，我先试试，不会的再大哥你请教
非常谢谢

par 是参数文件, 这里用的是苯环上C 的参数类型
SWNT 的参数现在争议很大, 微小的数值改变会引起结果的重大差异
使用时候记得改成你自己的
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-06-22 16:34:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-22 10:09:40:
已解决, 参考http://www.mdbbs.org/thread-26778-1-1.html

版主，我没试成功，应该怎么用啊？能不能详细说说啊
看着你说的应该是在tk console里输入的
我想问问是不是在建立起碳纳米管的pdb并且导入之后，再在tk console里面输入如下图：
赞一下 回复此楼
7楼2010-06-22 16:50:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-22 16:34:08:

par 是参数文件, 这里用的是苯环上C 的参数类型
SWNT 的参数现在争议很大, 微小的数值改变会引起结果的重大差异
使用时候记得改成你自己的

你说的应该是par_all27_prot_lipid.inp 吧，这些东西网上一般找不到吧？
赞一下 回复此楼
8楼2010-06-22 16:56:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-22 18:37:20
574384607(金币+5): 2010-06-22 19:31:30
source 后这样调用
nanotube2  7.774  32  24
输出文件名nanotube.pdb/psf, 换个名字比如abc.pdb/psf, 可以
nanotube2  7.774  32  24  abc
原子数较多(4736), 整个过程需要1-3分钟, 耐心等一会
对于10000个原子以上的体系可能会有问题, 到时候在拼接吧

par_all27_prot_lipid.inp 是charmm 力场的文件之一, 免费开放的资源很好找
但这个力场是做蛋白质核酸的, 没有专门针对SWNT 的参数
再提醒一下, SWNT 有若干组参数, 各有优劣各成一体, 不能混用
我手头倒是有一组参数, 不过"版权"不是我的, 我不便传播

[ Last edited by bay__gulf on 2010-6-22 at 17:30 ]
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2010-06-22 17:17:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-22 17:17:06:
source 后这样调用
nanotube2  7.774  32  24
输出文件名nanotube.pdb/psf, 换个名字比如abc.pdb/psf, 可以
nanotube2  7.774  32  24  abc
原子数较多(4736), 整个过程需要1-3分钟, 耐心等一会
对于10000个 ...

奥，O(∩_∩)O谢谢
这原来不是通过vmd自带的modeling或者别的软件生成的文件导成pdb的啊
应该一样的用吧，你没听说过没有可以直接通过pdb导成psf的吗
你这样做的话，我觉得你确实很有水平，但是初始构型就不如用可视化软件调整方便啦
1。我想问问，我自己理解调整初始构型只是调整的pdb文件里的坐标，应该对psf没影响吧，psf文件仍然能够用吧？
2.我想生物分子与纳米管作用的话，是不是应该怎样建初始构型啊？是不是应该把生物分子和纳米管的pdb坐标文件粘贴到一块就行啊，把psf分类粘贴啊
谢谢版主指点啊
赞一下 回复此楼
10楼2010-06-22 20:00:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 574384607 的主题更新
231/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-30 16:34 by xiangy672
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 4/200 2026-08-30 14:05 by GkCVyODlx4mR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-30 14:03 by GkCVyODlx4mR
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 6/300 2026-08-30 13:54 by GkCVyODlx4mR
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 4/200 2026-08-30 13:54 by GkCVyODlx4mR
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +6 德尚中行 2026-08-27 7/350 2026-08-30 12:53 by Bxndjjd
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +8 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-30 11:40 by l0VvVHGBGRLv
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-30 07:28 by ZPa0EcMwuECS
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-30 07:28 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-30 07:17 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 06:57 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-30 06:55 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +4 tannykie 2026-08-29 4/200 2026-08-29 17:14 by lmz0216
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭