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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
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lei0736(金币+6):谢谢 2010-06-22 20:28:30
574384607(金币+20):太佩服你了，版主 2010-06-22 20:53:06
这原来不是通过vmd自带的modeling或者别的软件生成的文件导成pdb的啊
======
用的是vmd 的nanotube builder
自己也能写SWNT 的坐标, 但已有现成的工具就用这个了
要生成封口SWNT 的也请找我


应该一样的用吧，你没听说过没有可以直接通过pdb导成psf的吗
=====
没有+没有+末尾可能缺失的"?", 没看懂什么意思
psf 就是从pdb 导出的
只是nanotube builder 没有键连信息, 所以不能得到正确的psf
pdb-->psf 需要psfgen 这个工具, 在我的脚本中用的就是这个

你这样做的话，我觉得你确实很有水平
======
小弟不才, 去年这时已是namd+vmd 的掌门了

但是初始构型就不如用可视化软件调整方便啦
1。我想问问，我自己理解调整初始构型只是调整的pdb文件里的坐标，应该对psf没影响吧，psf文件仍然能够用吧？
======
得到psf 之后, 坐标就可以随便折腾了
psf 存储的是模拟中不变的信息, 体系不变psf 就不变, 和构象调整无关

2.我想生物分子与纳米管作用的话，是不是应该怎样建初始构型啊？是不是应该把生物分子和纳米管的pdb坐标文件粘贴到一块就行啊，把psf分类粘贴啊
======
分别建立, 然后合并. psfgen 有一个合并方法, 用到时候学一下
毕竟这个SWNT 的psf 不是从top 文件得到
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11楼2010-06-22 20:23:38
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-22 20:23:38:
这原来不是通过vmd自带的modeling或者别的软件生成的文件导成pdb的啊
======
用的是vmd 的nanotube builder
自己也能写SWNT 的坐标, 但已有现成的工具就用这个了
要生成封口SWNT 的也请找我


应该一样的用 ...

版主，真乃牛人也，你说的这些知识我要先好好消化消化
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12楼2010-06-22 20:46:27
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-22 20:23:38:
这原来不是通过vmd自带的modeling或者别的软件生成的文件导成pdb的啊
======
用的是vmd 的nanotube builder
自己也能写SWNT 的坐标, 但已有现成的工具就用这个了
要生成封口SWNT 的也请找我


应该一样的用 ...

版主，你好。
你说：生物分子和碳纳米管的pdb和psf文件分别建立, 然后合并. psfgen 有一个合并方法, 毕竟这个SWNT 的psf 不是从top 文件得到，你确定可以实现？
我老板给我发信息说两个PSF相加是不行的，那些数会重复或者乱的，特别是psf里面的那些键脚什么的，必须研究toplogy file。他也没做过这一块，也没用过这软件
用top文件得到的就没这个问题吗，我觉得只要两个分子的psf再做到一起，这个合并问题肯定还会出现，除非是把两个分子放到一个pdb文件里用编好的top文件一下子就生成一个完整的psf文件就不会出现合并问题
我看网上介绍charmm力场是对所有原子都适用的，par_all27_prot_lipid.inp   这个应该就是立场文件吧，这个也要改是吧
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13楼2010-06-23 09:10:37
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
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ghcacj(金币+4):谢谢 2010-06-23 09:43:44
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-06-23 09:10:37:
你说：生物分子和碳纳米管的pdb和psf文件分别建立, 然后合并. psfgen 有一个合并方法, 毕竟这个SWNT 的psf 不是从top 文件得到，你确定可以实现？
我老板给我发信息说两个PSF相加是不行的，那些数会重复或者乱的，特别是psf里面的那些键脚什么的，必须研究toplogy file。他也没做过这一块，也没用过这软件
用top文件得到的就没这个问题吗，我觉得只要两个分子的psf再做到一起，这个合并问题肯定还会出现，除非是把两个分子放到一个pdb文件里用编好的 top文件一下子就生成一个完整的psf文件就不会出现合并问题
我看网上介绍charmm力场是对所有原子都适用的，par_all27_prot_lipid.inp   这个应该就是立场文件吧，这个也要改是吧

从pdb 到psf 一定要用top+psfgen, 这个top 可能不完整, 但psfgen 非常灵活
合并体系不是说把两个文件贴在一起, 而是使用psfgen 中的某个功能
charmm 仅仅是处理蛋白核算的, 没有CNT, 我再那个脚本中给出了CNT 的top 使用后再删除. 这是个不完整的top 文件. 制作完整的top 文件的工作量和手写psf 一样大
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14楼2010-06-23 09:32:09
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-23 09:32:09:

从pdb 到psf 一定要用top+psfgen, 这个top 可能不完整, 但psfgen 非常灵活
合并体系不是说把两个文件贴在一起, 而是使用psfgen 中的某个功能
charmm 仅仅是处理蛋白核算的, 没有CNT, 我再那个脚本中给出了CNT ...

版主，我现在可以把两个分子的pdb和psf文件可以合到一块去了。现在在建初始构型，我看网上说，一般都要建好水环境，我是通过package require solvate
solvate 1.psf 1.pdb -t 8 -o 2_wb这种做法做的，不知道对不对？先固定生物分子和碳纳米管原子在水溶液中进行几纳秒relax，然后再把蛋白质解固定，再做一下relax，我看到固定原子的命令是        $fixedatom set beta 1，但是不知道怎么选择想要的原子的，应该怎么操作哪？我想可以通过选择原子序数解决吗，我看不同分子原子数是分开的
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15楼2010-06-25 21:54:33
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bay__gulf

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lei0736(金币+4):谢谢 2010-06-26 09:15:40
574384607(金币+1): 2010-06-26 20:00:02
574384607(金币+4): 2010-06-26 20:00:11
solvate 1.psf 1.pdb -t 8 -o 2_wb这种做法做的，不知道对不对？
===========
也对也不对
solvate 是很灵活的加水的方法, 有多种方式可以选择. -t 后面是几应该认真斟酌一下

先固定生物分子和碳纳米管原子在水溶液中进行几纳秒relax，然后再把蛋白质解固定，再做一下relax，我看到固定原子的命令是        $fixedatom set beta 1，但是不知道怎么选择想要的原子的，应该怎么操作哪？我想可以通过选择原子序数解决吗，我看不同分子原子数是分开的
=======
原子集合通过atomselect 定义, 是一个vmd 中的数据类型, vmd 大部分关于原子集合的操作都是通过它进行的, 极端重要. 你该花点时间熟悉一下.
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16楼2010-06-26 09:00:49
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574384607

银虫 (小有名气)
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Originally posted by bay__gulf at 2010-06-26 09:00:49:
solvate 1.psf 1.pdb -t 8 -o 2_wb这种做法做的，不知道对不对？
===========
也对也不对
solvate 是很灵活的加水的方法, 有多种方式可以选择. -t 后面是几应该认真斟酌一下

先固定生物分子和碳纳米管原子在 ...

我看的文献上写的水盒子边上的水层厚度大于一半的cutoff（12）就行，没理解错的话应该没错。
我今下午做了一个conf，先把体系固定在水溶液中，水分子不固定，对体系只做优化relax，程序能运行结束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因为只是优化，没有restart文件。刚开始的时候我是想看看pdb文件里谁的坐标变了没有，结果看到水中原子都没变，想了想pdb文件根本不可能变化。想接着上面的把蛋白质坐标解除固定继续做优化、模拟，现在是不是只要把pdb文件里蛋白质b因子改为0，然后 ？我优化了500000步，这个firsttimestep 后面跟500001就行吧
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17楼2010-06-26 20:08:23
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bay__gulf

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lei0736(金币+6):谢谢 2010-06-27 20:15:14
先学结构/统热, 再看MD 原理
namd 的ug 要打印下来从头到尾精读3+遍
软件操作和原理可以对照着看

上手namd 时候, 先看namd-tutorial 的附录
再找几个和自己体系有关的tutorial, 通一遍
尤其注意各个文件的内容

接着试着做自己的体系
不要一上来就搞全搞大搞复杂
搞溶液的先把纯水模拟熟练, 搞膜蛋白的先把纯膜模拟熟练
MDer 更像是作坊的操作工, 不同人会做出不同的结果 --- 经验决定
磨刀不误砍柴工
否则等发现MD run 完了, 数据分析完了
甚至文章投出去时候才发现模拟有个问题, 耽误的时间更多

我从初学MD 到正式做自己的课题用了8 个月时间, 自认为这是算快的了
你们用了多久呢
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18楼2010-06-27 09:16:43
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
deleted ............................
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19楼2010-06-27 09:17:15
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-27 09:16:43:
先学结构/统热, 再看MD 原理
namd 的ug 要打印下来从头到尾精读3+遍
软件操作和原理可以对照着看

上手namd 时候, 先看namd-tutorial 的附录
再找几个和自己体系有关的tutorial, 通一遍
尤其注意各个文件的 ...

我们这边这个课题以前没人做过，软件也没人用过，研一下半年这不才开始做科研，中间换了一次软件，以前用ms，上边也没师哥师姐指点，老师现在催着我做出模型来，下周将工作进展还没得讲。听版主这么一说，我是学的东一锄头西一锄头的，搞得很没章法，我会参考版主的建议系统的学习的
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20楼2010-06-27 09:57:49
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