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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗
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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗 已有3人参与

我看的文献上写的水盒子边上的水层厚度大于一半的cutoff（12）就行，没理解错的话应该没错。
我今下午做了一个conf，先把体系固定在水溶液中，水分子不固定，对体系只做优化relax，程序能运行结束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因为只是优化，没有restart文件。刚开始的时候我是想看看pdb文件里谁的坐标变了没有，结果看到水中原子都没变，想了想pdb文件根本不可能变化。想接着上面的把蛋白质坐标解除固定继续做优化、模拟，现在是不是只要把pdb文件里蛋白质b因子改为0，然后 ？我优化了500000步，这个firsttimestep 后面跟500001就行吧

[ Last edited by 574384607 on 2010-6-26 at 20:20 ]
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1楼 2010-06-21 09:54:38
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-06-23 09:43:44
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-06-23 09:10:37:
你说：生物分子和碳纳米管的pdb和psf文件分别建立, 然后合并. psfgen 有一个合并方法, 毕竟这个SWNT 的psf 不是从top 文件得到，你确定可以实现？
我老板给我发信息说两个PSF相加是不行的，那些数会重复或者乱的，特别是psf里面的那些键脚什么的，必须研究toplogy file。他也没做过这一块，也没用过这软件
用top文件得到的就没这个问题吗，我觉得只要两个分子的psf再做到一起，这个合并问题肯定还会出现，除非是把两个分子放到一个pdb文件里用编好的 top文件一下子就生成一个完整的psf文件就不会出现合并问题
我看网上介绍charmm力场是对所有原子都适用的，par_all27_prot_lipid.inp   这个应该就是立场文件吧，这个也要改是吧

从pdb 到psf 一定要用top+psfgen, 这个top 可能不完整, 但psfgen 非常灵活
合并体系不是说把两个文件贴在一起, 而是使用psfgen 中的某个功能
charmm 仅仅是处理蛋白核算的, 没有CNT, 我再那个脚本中给出了CNT 的top 使用后再删除. 这是个不完整的top 文件. 制作完整的top 文件的工作量和手写psf 一样大
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14楼2010-06-23 09:32:09
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wujiangjie

木虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-21 19:56:09
574384607(金币+1): 2010-06-21 21:20:44
LZ要psf文件干嘛？在VMD导出中应该可以设置然后得到这个文件吧
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2楼2010-06-21 19:24:58
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-06-21 19:24:58:
LZ要psf文件干嘛？在VMD导出中应该可以设置然后得到这个文件吧

lz是什么意思？你是指的碳纳米管吗，不是吧。
我觉得namd要运行conf文件，应该必定需要调用读取pdb和psf文件吧？
不能成功的通过vmd自动生成cnt的psf文件，网上说是因为拓扑结构不合适的原因
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3楼2010-06-21 21:26:36
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-22 10:52:21
574384607(金币+4): 2010-06-22 15:44:07
已解决, 参考http://www.mdbbs.org/thread-26778-1-1.html
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4楼2010-06-22 10:09:40
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