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【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗已有3人参与
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我看的文献上写的水盒子边上的水层厚度大于一半的cutoff（12）就行，没理解错的话应该没错。 我今下午做了一个conf，先把体系固定在水溶液中，水分子不固定，对体系只做优化relax，程序能运行结束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因为只是优化，没有restart文件  。刚开始的时候我是想看看pdb文件里谁的坐标变了没有，结果看到水中原子都没变，想了想pdb文件根本不可能变化。想接着上面的把蛋白质坐标解除固定继续做优化、模拟，现在是不是只要把pdb文件里蛋白质b因子改为0，然后 ？我优化了500000步，这个firsttimestep 后面跟500001就行吧[ Last edited by 574384607 on 2010-6-26 at 20:20 ] |
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bay__gulf
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lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-22 10:52:21
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4楼2010-06-22 10:09:40
bay__gulf
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6楼2010-06-22 16:34:08
bay__gulf
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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-22 18:37:20
574384607(金币+5): 2010-06-22 19:31:30
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source 后这样调用 nanotube2 7.774 32 24 输出文件名nanotube.pdb/psf, 换个名字比如abc.pdb/psf, 可以 nanotube2 7.774 32 24 abc 原子数较多(4736), 整个过程需要1-3分钟, 耐心等一会 对于10000个原子以上的体系可能会有问题, 到时候在拼接吧 par_all27_prot_lipid.inp 是charmm 力场的文件之一, 免费开放的资源很好找 但这个力场是做蛋白质核酸的, 没有专门针对SWNT 的参数 再提醒一下, SWNT 有若干组参数, 各有优劣各成一体, 不能混用 我手头倒是有一组参数, 不过"版权"不是我的, 我不便传播 [ Last edited by bay__gulf on 2010-6-22 at 17:30 ] |
9楼2010-06-22 17:17:06
bay__gulf
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lei0736(金币+6):谢谢 2010-06-22 20:28:30
574384607(金币+20):太佩服你了，版主 2010-06-22 20:53:06
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这原来不是通过vmd自带的modeling或者别的软件生成的文件导成pdb的啊 ====== 用的是vmd 的nanotube builder 自己也能写SWNT 的坐标, 但已有现成的工具就用这个了 要生成封口SWNT 的也请找我 应该一样的用吧，你没听说过没有可以直接通过pdb导成psf的吗 ===== 没有+没有+末尾可能缺失的"?", 没看懂什么意思 psf 就是从pdb 导出的 只是nanotube builder 没有键连信息, 所以不能得到正确的psf pdb-->psf 需要psfgen 这个工具, 在我的脚本中用的就是这个 你这样做的话，我觉得你确实很有水平 ====== 小弟不才, 去年这时已是namd+vmd 的掌门了 但是初始构型就不如用可视化软件调整方便啦 1。我想问问，我自己理解调整初始构型只是调整的pdb文件里的坐标，应该对psf没影响吧，psf文件仍然能够用吧？ ====== 得到psf 之后, 坐标就可以随便折腾了 psf 存储的是模拟中不变的信息, 体系不变psf 就不变, 和构象调整无关 2.我想生物分子与纳米管作用的话，是不是应该怎样建初始构型啊？是不是应该把生物分子和纳米管的pdb坐标文件粘贴到一块就行啊，把psf分类粘贴啊 ====== 分别建立, 然后合并. psfgen 有一个合并方法, 用到时候学一下 毕竟这个SWNT 的psf 不是从top 文件得到 |
11楼2010-06-22 20:23:38
bay__gulf
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14楼2010-06-23 09:32:09
bay__gulf
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solvate 1.psf 1.pdb -t 8 -o 2_wb这种做法做的，不知道对不对？ =========== 也对也不对 solvate 是很灵活的加水的方法, 有多种方式可以选择. -t 后面是几应该认真斟酌一下 先固定生物分子和碳纳米管原子在水溶液中进行几纳秒relax，然后再把蛋白质解固定，再做一下relax，我看到固定原子的命令是 $fixedatom set beta 1，但是不知道怎么选择想要的原子的，应该怎么操作哪？我想可以通过选择原子序数解决吗，我看不同分子原子数是分开的 ======= 原子集合通过atomselect 定义, 是一个vmd 中的数据类型, vmd 大部分关于原子集合的操作都是通过它进行的, 极端重要. 你该花点时间熟悉一下. |
16楼2010-06-26 09:00:49
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先学结构/统热, 再看MD 原理 namd 的ug 要打印下来从头到尾精读3+遍 软件操作和原理可以对照着看 上手namd 时候, 先看namd-tutorial 的附录 再找几个和自己体系有关的tutorial, 通一遍 尤其注意各个文件的内容 接着试着做自己的体系 不要一上来就搞全搞大搞复杂 搞溶液的先把纯水模拟熟练, 搞膜蛋白的先把纯膜模拟熟练 MDer 更像是作坊的操作工, 不同人会做出不同的结果 --- 经验决定 磨刀不误砍柴工 否则等发现MD run 完了, 数据分析完了 甚至文章投出去时候才发现模拟有个问题, 耽误的时间更多 我从初学MD 到正式做自己的课题用了8 个月时间, 自认为这是算快的了 你们用了多久呢 |
18楼2010-06-27 09:16:43
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